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OPENSEQ.org
test
Genes: A B A+B
Length: 399 605 929
Sequences: 8819 3965 70
Seq/Len: 22.1 6.55 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.25
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.02 0.00
2 0.05 0.02 0.00
5 0.06 0.03 0.01
10 0.07 0.04 0.03
20 0.08 0.05 0.07
100 0.12 0.07 0.32
∞ 0.18 0.13 1.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
282_L 240_V 1.83 0.28 0.00
137_Q 240_V 1.65 0.22 0.00
302_V 103_I 1.39 0.15 0.00
114_L 202_K 1.31 0.13 0.00
390_V 313_L 1.29 0.13 0.00
302_V 202_K 1.29 0.13 0.00
107_V 5_I 1.28 0.12 0.00
107_V 214_V 1.28 0.12 0.00
231_S 248_I 1.26 0.12 0.00
312_A 112_L 1.25 0.12 0.00
80_V 54_A 1.23 0.11 0.00
375_V 418_V 1.23 0.11 0.00
210_I 100_F 1.22 0.11 0.00
293_L 339_I 1.19 0.11 0.00
166_D 339_I 1.17 0.10 0.00
246_Q 212_I 1.16 0.10 0.00
82_L 380_Y 1.14 0.10 0.00
218_A 334_A 1.13 0.10 0.00
330_L 221_N 1.12 0.09 0.00
323_Q 396_D 1.11 0.09 0.00
114_L 64_P 1.11 0.09 0.00
144_H 303_I 1.11 0.09 0.00
134_K 97_R 1.10 0.09 0.00
394_D 192_A 1.10 0.09 0.00
211_S 303_I 1.09 0.09 0.00
182_A 202_K 1.08 0.09 0.00
389_T 216_A 1.06 0.09 0.00
229_L 315_I 1.06 0.09 0.00
282_L 64_P 1.05 0.09 0.00
186_Q 380_Y 1.05 0.08 0.00
157_G 103_I 1.05 0.08 0.00
310_V 202_K 1.04 0.08 0.00
344_I 21_C 1.03 0.08 0.00
343_Q 65_A 1.02 0.08 0.00
211_S 17_I 1.02 0.08 0.00
369_Y 221_N 1.00 0.08 0.00
304_L 122_A 1.00 0.08 0.00
198_Y 251_E 1.00 0.08 0.00
324_P 53_P 0.99 0.08 0.00
375_V 210_V 0.99 0.08 0.00
218_A 224_Y 0.98 0.07 0.00
151_L 365_V 0.98 0.07 0.00
328_V 22_K 0.98 0.07 0.00
101_L 67_I 0.98 0.07 0.00
128_D 576_I 0.98 0.07 0.00
295_E 383_S 0.98 0.07 0.00
69_M 7_I 0.97 0.07 0.00
262_L 418_V 0.97 0.07 0.00
254_S 339_I 0.97 0.07 0.00
386_M 399_I 0.97 0.07 0.00
328_V 26_I 0.97 0.07 0.00
304_L 378_P 0.97 0.07 0.00
114_L 219_Q 0.97 0.07 0.00
239_Y 391_Y 0.96 0.07 0.00
223_D 354_I 0.95 0.07 0.00
158_V 5_I 0.95 0.07 0.00
168_M 351_P 0.95 0.07 0.00
88_G 463_E 0.95 0.07 0.00
344_I 194_S 0.95 0.07 0.00
385_G 381_Y 0.95 0.07 0.00
282_L 67_I 0.95 0.07 0.00
237_R 239_V 0.95 0.07 0.00
340_Y 396_D 0.95 0.07 0.00
149_I 604_I 0.94 0.07 0.00
245_E 219_Q 0.94 0.07 0.00
109_I 249_T 0.94 0.07 0.00
246_Q 377_V 0.94 0.07 0.00
373_I 45_A 0.94 0.07 0.00
274_L 428_E 0.94 0.07 0.00
150_A 17_I 0.94 0.07 0.00
251_A 603_V 0.94 0.07 0.00
276_A 334_A 0.94 0.07 0.00
205_W 216_A 0.94 0.07 0.00
210_I 27_K 0.94 0.07 0.00
210_I 17_I 0.93 0.07 0.00
364_R 583_T 0.93 0.07 0.00
301_T 383_S 0.93 0.07 0.00
208_R 212_I 0.93 0.07 0.00
322_A 76_V 0.92 0.07 0.00
166_D 214_V 0.92 0.07 0.00
126_A 315_I 0.92 0.07 0.00
139_L 103_I 0.92 0.07 0.00
105_G 111_R 0.92 0.07 0.00
142_L 392_G 0.92 0.07 0.00
80_V 69_A 0.92 0.07 0.00
312_A 406_L 0.92 0.07 0.00
195_Q 388_L 0.91 0.07 0.00
135_A 1_M 0.91 0.07 0.00
381_A 303_I 0.91 0.07 0.00
214_D 315_I 0.91 0.07 0.00
394_D 380_Y 0.91 0.07 0.00
105_G 480_R 0.91 0.07 0.00
347_V 111_R 0.90 0.07 0.00
275_I 17_I 0.90 0.07 0.00
140_G 439_Y 0.90 0.07 0.00
342_G 560_V 0.90 0.07 0.00
273_T 90_N 0.90 0.07 0.00
173_R 221_N 0.90 0.07 0.00
335_R 367_W 0.90 0.07 0.00
210_I 303_I 0.90 0.06 0.00
391_Q 394_N 0.90 0.06 0.00
143_D 127_G 0.90 0.06 0.00
249_A 390_C 0.90 0.06 0.00
328_V 127_G 0.90 0.06 0.00
87_A 215_L 0.89 0.06 0.00
180_A 69_A 0.89 0.06 0.00
340_Y 78_I 0.89 0.06 0.00
348_S 397_V 0.89 0.06 0.00
143_D 203_Y 0.89 0.06 0.00
223_D 64_P 0.89 0.06 0.00
299_V 302_M 0.89 0.06 0.00
184_V 101_I 0.89 0.06 0.00
125_L 394_N 0.89 0.06 0.00
390_V 584_V 0.89 0.06 0.00
365_T 450_M 0.89 0.06 0.00
133_I 309_I 0.89 0.06 0.00
135_A 414_I 0.88 0.06 0.00
139_L 426_N 0.88 0.06 0.00
194_A 266_D 0.88 0.06 0.00
128_D 103_I 0.88 0.06 0.00
84_A 265_V 0.88 0.06 0.00
330_L 279_F 0.88 0.06 0.00
343_Q 463_E 0.87 0.06 0.00
244_R 240_V 0.87 0.06 0.00
129_E 583_T 0.87 0.06 0.00
136_G 122_A 0.87 0.06 0.00
181_A 204_L 0.87 0.06 0.00
215_L 214_V 0.87 0.06 0.00
221_S 76_V 0.87 0.06 0.00
183_A 107_A 0.87 0.06 0.00
165_Y 414_I 0.87 0.06 0.00
221_S 550_A 0.87 0.06 0.00
156_A 57_V 0.87 0.06 0.00
188_Q 455_I 0.87 0.06 0.00
372_R 204_L 0.87 0.06 0.00
270_Q 171_V 0.87 0.06 0.00
238_Q 293_I 0.86 0.06 0.00
170_A 7_I 0.86 0.06 0.00
385_G 308_L 0.86 0.06 0.00
90_Y 176_A 0.86 0.06 0.00
186_Q 383_S 0.86 0.06 0.00
262_L 541_Y 0.86 0.06 0.00
122_V 73_T 0.86 0.06 0.00
84_A 464_E 0.86 0.06 0.00
131_D 348_L 0.86 0.06 0.00
93_Y 402_M 0.86 0.06 0.00
84_A 334_A 0.86 0.06 0.00
388_V 396_D 0.86 0.06 0.00
193_Y 22_K 0.85 0.06 0.00
207_S 245_A 0.85 0.06 0.00
225_A 345_N 0.85 0.06 0.00
162_Q 401_R 0.85 0.06 0.00
107_V 240_V 0.85 0.06 0.00
328_V 425_M 0.85 0.06 0.00
184_V 328_V 0.85 0.06 0.00
303_S 293_I 0.85 0.06 0.00
388_V 2_L 0.85 0.06 0.00
173_R 118_S 0.85 0.06 0.00
390_V 187_A 0.85 0.06 0.00
390_V 196_D 0.85 0.06 0.00
163_A 391_Y 0.85 0.06 0.00
88_G 559_N 0.85 0.06 0.00
157_G 5_I 0.84 0.06 0.00
229_L 78_I 0.84 0.06 0.00
234_D 414_I 0.84 0.06 0.00
390_V 169_M 0.84 0.06 0.00
194_A 212_I 0.84 0.06 0.00
219_R 195_N 0.84 0.06 0.00
99_N 103_I 0.84 0.06 0.00
181_A 171_V 0.84 0.06 0.00
182_A 232_M 0.84 0.06 0.00
313_Y 216_A 0.84 0.06 0.00
390_V 122_A 0.84 0.06 0.00
381_A 17_I 0.84 0.06 0.00
208_R 21_C 0.84 0.06 0.00
212_A 365_V 0.83 0.06 0.00
311_R 156_V 0.83 0.06 0.00
131_D 605_E 0.83 0.06 0.00
134_K 306_V 0.83 0.06 0.00
259_Q 2_L 0.83 0.06 0.00
319_L 393_E 0.83 0.06 0.00
218_A 345_N 0.83 0.06 0.00
139_L 385_I 0.83 0.06 0.00
280_G 305_G 0.83 0.06 0.00
376_T 7_I 0.83 0.06 0.00
88_G 254_R 0.83 0.06 0.00
385_G 132_P 0.83 0.06 0.00
328_V 588_L 0.83 0.06 0.00
137_Q 326_E 0.83 0.06 0.00
189_A 195_N 0.83 0.06 0.00
383_R 251_E 0.83 0.06 0.00
276_A 105_P 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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