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OPENSEQ.org
slhAsliP
Genes: A B A+B
Length: 692 215 889
Sequences: 1469 1428 986
Seq/Len: 2.12 6.64 1.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.02
5 0.01 0.01 0.78
10 0.01 0.01 0.95
20 0.02 0.02 1.09
100 0.03 0.03 1.26
∞ 0.07 0.07 1.42
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
24_G 161_I 1.63 0.86 0.15
177_G 106_A 1.37 0.70 0.07
395_A 183_P 1.35 0.68 0.07
62_A 39_I 1.24 0.59 0.05
265_G 186_T 1.23 0.58 0.05
47_L 104_L 1.20 0.55 0.04
259_V 61_G 1.20 0.55 0.04
180_E 104_L 1.19 0.54 0.04
471_K 105_R 1.19 0.54 0.04
464_I 160_F 1.19 0.54 0.04
505_G 145_V 1.17 0.52 0.04
37_L 176_A 1.13 0.49 0.04
469_A 159_I 1.10 0.45 0.03
29_L 210_A 1.08 0.44 0.03
28_I 58_V 1.08 0.44 0.03
188_V 180_M 1.07 0.43 0.03
540_V 169_V 1.07 0.43 0.03
521_P 195_L 1.07 0.42 0.03
405_V 164_L 1.06 0.42 0.03
308_M 109_L 1.05 0.41 0.03
605_A 159_I 1.05 0.41 0.03
686_T 95_E 1.05 0.41 0.03
318_A 95_E 1.03 0.39 0.03
198_M 149_L 1.03 0.39 0.03
213_I 185_A 1.03 0.39 0.02
533_T 31_M 1.02 0.39 0.02
57_M 39_I 1.02 0.38 0.02
278_G 195_L 1.01 0.38 0.02
129_V 41_F 1.01 0.38 0.02
178_E 183_P 1.01 0.37 0.02
286_F 193_L 1.00 0.37 0.02
160_M 70_I 1.00 0.37 0.02
265_G 18_I 0.99 0.36 0.02
243_T 68_F 0.99 0.36 0.02
616_G 105_R 0.99 0.35 0.02
160_M 161_I 0.98 0.35 0.02
667_P 204_L 0.98 0.35 0.02
23_A 134_A 0.98 0.34 0.02
143_K 180_M 0.98 0.34 0.02
469_A 143_A 0.97 0.34 0.02
329_G 84_Q 0.97 0.34 0.02
583_G 22_T 0.97 0.34 0.02
247_I 15_L 0.97 0.34 0.02
363_L 16_V 0.97 0.34 0.02
142_T 162_P 0.96 0.33 0.02
677_L 67_T 0.96 0.33 0.02
632_T 84_Q 0.96 0.33 0.02
62_A 180_M 0.96 0.33 0.02
51_N 149_L 0.95 0.32 0.02
148_I 194_M 0.95 0.32 0.02
514_D 150_K 0.95 0.32 0.02
368_G 36_R 0.95 0.32 0.02
125_I 150_K 0.95 0.32 0.02
480_T 65_F 0.95 0.32 0.02
683_I 13_Q 0.94 0.32 0.02
27_L 74_V 0.94 0.31 0.02
107_A 44_L 0.94 0.31 0.02
303_G 141_L 0.94 0.31 0.02
177_G 193_L 0.94 0.31 0.02
496_I 48_L 0.93 0.31 0.02
56_I 193_L 0.93 0.31 0.02
511_Q 160_F 0.93 0.31 0.02
148_I 175_M 0.93 0.30 0.02
438_L 91_I 0.93 0.30 0.02
533_T 88_E 0.93 0.30 0.02
35_M 27_I 0.93 0.30 0.02
250_G 189_L 0.93 0.30 0.02
60_L 164_L 0.93 0.30 0.02
289_P 147_S 0.93 0.30 0.02
414_Q 39_I 0.93 0.30 0.02
680_N 193_L 0.92 0.30 0.02
277_V 203_Q 0.92 0.30 0.02
401_L 46_N 0.92 0.30 0.02
78_L 30_M 0.92 0.29 0.02
81_T 186_T 0.92 0.29 0.02
550_P 206_M 0.92 0.29 0.02
26_I 39_I 0.92 0.29 0.02
209_A 157_F 0.92 0.29 0.02
652_H 119_L 0.92 0.29 0.02
94_R 162_P 0.91 0.29 0.02
264_A 145_V 0.91 0.29 0.02
218_I 112_T 0.91 0.29 0.02
567_L 59_L 0.91 0.29 0.02
76_T 87_S 0.91 0.29 0.02
492_L 158_T 0.91 0.29 0.02
267_I 187_I 0.91 0.29 0.01
239_A 173_V 0.91 0.29 0.01
613_A 187_I 0.91 0.29 0.01
690_G 210_A 0.91 0.28 0.01
57_M 102_Q 0.90 0.28 0.01
295_A 159_I 0.90 0.28 0.01
506_R 183_P 0.90 0.28 0.01
127_I 144_Y 0.90 0.28 0.01
387_I 47_A 0.90 0.28 0.01
530_G 187_I 0.90 0.28 0.01
367_V 59_L 0.90 0.28 0.01
145_A 132_P 0.89 0.28 0.01
49_T 159_I 0.89 0.28 0.01
685_M 43_L 0.89 0.28 0.01
608_R 160_F 0.89 0.28 0.01
187_E 125_N 0.89 0.28 0.01
489_A 191_F 0.89 0.27 0.01
166_A 175_M 0.89 0.27 0.01
370_R 173_V 0.89 0.27 0.01
459_F 113_R 0.89 0.27 0.01
318_A 81_D 0.89 0.27 0.01
139_M 160_F 0.89 0.27 0.01
586_I 181_M 0.89 0.27 0.01
424_G 19_T 0.89 0.27 0.01
270_R 52_S 0.88 0.27 0.01
269_T 104_L 0.88 0.27 0.01
571_P 143_A 0.88 0.27 0.01
205_V 149_L 0.88 0.27 0.01
527_L 21_L 0.88 0.27 0.01
106_A 44_L 0.88 0.27 0.01
213_I 161_I 0.88 0.27 0.01
590_W 188_A 0.88 0.27 0.01
669_L 193_L 0.88 0.27 0.01
459_F 57_Q 0.88 0.27 0.01
27_L 193_L 0.88 0.26 0.01
46_L 80_V 0.88 0.26 0.01
394_F 143_A 0.87 0.26 0.01
323_L 173_V 0.87 0.26 0.01
46_L 30_M 0.87 0.26 0.01
363_L 137_M 0.87 0.26 0.01
257_A 64_L 0.87 0.26 0.01
46_L 98_D 0.87 0.26 0.01
117_F 50_T 0.86 0.26 0.01
293_L 100_G 0.86 0.25 0.01
26_I 58_V 0.86 0.25 0.01
71_F 185_A 0.86 0.25 0.01
47_L 100_G 0.86 0.25 0.01
291_V 144_Y 0.86 0.25 0.01
145_A 164_L 0.86 0.25 0.01
290_R 115_A 0.85 0.25 0.01
98_M 141_L 0.85 0.25 0.01
20_Q 105_R 0.85 0.25 0.01
335_P 134_A 0.85 0.25 0.01
301_L 26_A 0.85 0.25 0.01
235_I 74_V 0.85 0.24 0.01
92_S 191_F 0.85 0.24 0.01
435_G 12_V 0.85 0.24 0.01
210_I 22_T 0.85 0.24 0.01
410_N 57_Q 0.85 0.24 0.01
221_V 100_G 0.85 0.24 0.01
350_V 173_V 0.85 0.24 0.01
213_I 177_L 0.85 0.24 0.01
123_F 53_A 0.85 0.24 0.01
213_I 59_L 0.85 0.24 0.01
673_S 62_L 0.84 0.24 0.01
636_L 205_L 0.84 0.24 0.01
305_V 143_A 0.84 0.24 0.01
210_I 121_A 0.84 0.24 0.01
612_Q 22_T 0.84 0.24 0.01
192_A 14_T 0.84 0.24 0.01
274_D 33_S 0.84 0.24 0.01
136_I 208_S 0.84 0.24 0.01
411_M 57_Q 0.84 0.24 0.01
107_A 157_F 0.84 0.24 0.01
335_P 98_D 0.84 0.23 0.01
46_L 134_A 0.84 0.23 0.01
617_G 70_I 0.84 0.23 0.01
55_S 39_I 0.84 0.23 0.01
637_S 13_Q 0.84 0.23 0.01
228_V 193_L 0.83 0.23 0.01
314_L 100_G 0.83 0.23 0.01
127_I 165_I 0.83 0.23 0.01
137_N 46_N 0.83 0.23 0.01
137_N 180_M 0.83 0.23 0.01
74_F 71_M 0.83 0.23 0.01
606_L 176_A 0.83 0.23 0.01
656_P 152_A 0.83 0.23 0.01
314_L 106_A 0.83 0.23 0.01
220_V 169_V 0.83 0.23 0.01
549_V 133_E 0.83 0.23 0.01
597_V 42_G 0.83 0.23 0.01
128_V 203_Q 0.83 0.23 0.01
296_A 141_L 0.83 0.23 0.01
403_P 176_A 0.82 0.23 0.01
620_L 143_A 0.82 0.23 0.01
103_G 207_G 0.82 0.23 0.01
287_S 74_V 0.82 0.23 0.01
502_E 187_I 0.82 0.23 0.01
663_R 120_F 0.82 0.23 0.01
680_N 70_I 0.82 0.23 0.01
197_S 94_Q 0.82 0.22 0.01
600_I 69_F 0.82 0.22 0.01
550_P 12_V 0.82 0.22 0.01
40_P 160_F 0.82 0.22 0.01
71_F 45_R 0.82 0.22 0.01
60_L 185_A 0.82 0.22 0.01
95_I 152_A 0.82 0.22 0.01
171_L 15_L 0.82 0.22 0.01
264_A 26_A 0.82 0.22 0.01
221_V 193_L 0.82 0.22 0.01
71_F 162_P 0.82 0.22 0.01
365_M 137_M 0.82 0.22 0.01
573_E 74_V 0.82 0.22 0.01
152_G 20_S 0.82 0.22 0.01
673_S 155_I 0.82 0.22 0.01
261_S 75_I 0.81 0.22 0.01
214_L 161_I 0.81 0.22 0.01
361_D 136_P 0.81 0.22 0.01
288_N 41_F 0.81 0.22 0.01
145_A 64_L 0.81 0.22 0.01
677_L 145_V 0.81 0.22 0.01
166_A 182_V 0.81 0.22 0.01
32_L 199_V 0.81 0.22 0.01
504_F 135_V 0.81 0.22 0.01
549_V 197_V 0.81 0.22 0.01
137_N 207_G 0.81 0.22 0.01
560_T 115_A 0.81 0.22 0.01
584_R 66_L 0.81 0.22 0.01
139_M 193_L 0.81 0.22 0.01
599_V 182_V 0.81 0.21 0.01
490_T 85_P 0.81 0.21 0.01
67_R 63_A 0.81 0.21 0.01
228_V 118_A 0.81 0.21 0.01
18_Q 104_L 0.80 0.21 0.01
50_F 161_I 0.80 0.21 0.01
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121_G 44_L 0.80 0.21 0.01
545_L 172_S 0.80 0.21 0.01
209_A 147_S 0.80 0.21 0.01
316_F 105_R 0.80 0.21 0.01
218_I 16_V 0.80 0.21 0.01
581_A 100_G 0.80 0.21 0.01
69_L 189_L 0.80 0.21 0.01
321_L 126_S 0.80 0.21 0.01
166_A 207_G 0.79 0.21 0.01
516_V 182_V 0.79 0.20 0.01
188_V 11_S 0.79 0.20 0.01
437_W 55_P 0.79 0.20 0.01
70_D 164_L 0.79 0.20 0.01
179_D 67_T 0.79 0.20 0.01
290_R 33_S 0.79 0.20 0.01
129_V 154_Q 0.79 0.20 0.01
63_M 161_I 0.79 0.20 0.01
688_T 159_I 0.79 0.20 0.01
596_E 165_I 0.79 0.20 0.01
445_A 160_F 0.79 0.20 0.01
586_I 187_I 0.79 0.20 0.01
284_Q 103_P 0.78 0.20 0.01
281_M 165_I 0.78 0.20 0.01
457_P 85_P 0.78 0.20 0.01
213_I 160_F 0.78 0.20 0.01
358_Q 183_P 0.78 0.20 0.01
656_P 161_I 0.78 0.20 0.01
580_V 160_F 0.78 0.20 0.01
678_S 213_F 0.78 0.20 0.01
92_S 171_A 0.78 0.20 0.01
184_R 148_E 0.78 0.20 0.01
571_P 41_F 0.78 0.20 0.01
325_W 176_A 0.77 0.20 0.01
523_L 128_P 0.77 0.20 0.01
681_R 171_A 0.77 0.20 0.01
509_A 33_S 0.77 0.19 0.01
493_N 145_V 0.77 0.19 0.01
231_H 168_L 0.77 0.19 0.01
49_T 44_L 0.77 0.19 0.01
362_S 55_P 0.77 0.19 0.01
406_H 55_P 0.77 0.19 0.01
597_V 28_L 0.77 0.19 0.01
232_G 74_V 0.77 0.19 0.01
180_E 164_L 0.77 0.19 0.01
131_I 121_A 0.77 0.19 0.01
43_I 100_G 0.77 0.19 0.01
621_E 129_L 0.77 0.19 0.01
378_Q 16_V 0.77 0.19 0.01
403_P 50_T 0.77 0.19 0.01
453_K 194_M 0.77 0.19 0.01
617_G 18_I 0.77 0.19 0.01
100_G 207_G 0.77 0.19 0.01
317_T 89_Q 0.77 0.19 0.01
28_I 180_M 0.77 0.19 0.01
255_I 23_F 0.77 0.19 0.01
127_I 150_K 0.77 0.19 0.01
276_D 176_A 0.77 0.19 0.01
613_A 193_L 0.77 0.19 0.01
137_N 59_L 0.77 0.19 0.01
156_V 194_M 0.77 0.19 0.01
111_V 86_F 0.77 0.19 0.01
282_V 75_I 0.77 0.19 0.01
600_I 63_A 0.76 0.19 0.01
510_Q 139_I 0.76 0.19 0.01
572_H 205_L 0.76 0.19 0.01
507_Q 14_T 0.76 0.19 0.01
145_A 44_L 0.76 0.19 0.01
553_D 171_A 0.76 0.19 0.01
633_Q 72_S 0.76 0.19 0.01
382_E 194_M 0.76 0.19 0.01
514_D 81_D 0.76 0.19 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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