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OPENSEQ.org
cIV_C_60_cIII_cyt1_40_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 273 263 516
Sequences: 2410 570 133
Seq/Len: 8.83 2.17 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.62
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.01
20 0.00 0.02 0.01
100 0.00 0.02 0.04
∞ 0.00 0.02 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
10_I 213_A 1.87 0.61 0.01
221_I 104_P 1.54 0.41 0.00
179_V 94_I 1.54 0.40 0.00
221_I 59_S 1.47 0.36 0.00
146_L 130_R 1.45 0.35 0.00
190_A 42_F 1.40 0.32 0.00
177_V 224_M 1.39 0.32 0.00
112_A 184_I 1.31 0.27 0.00
138_W 75_E 1.26 0.25 0.00
10_I 90_A 1.25 0.24 0.00
142_L 223_K 1.25 0.24 0.00
198_F 197_Y 1.24 0.24 0.00
167_D 191_S 1.22 0.23 0.00
167_D 204_T 1.22 0.23 0.00
210_Y 201_T 1.21 0.22 0.00
92_L 130_R 1.19 0.21 0.00
138_W 78_P 1.18 0.21 0.00
206_A 130_R 1.17 0.21 0.00
249_A 95_T 1.17 0.20 0.00
186_T 77_G 1.16 0.20 0.00
150_L 156_A 1.15 0.20 0.00
70_V 75_E 1.15 0.20 0.00
55_L 232_F 1.15 0.20 0.00
23_G 95_T 1.14 0.20 0.00
205_Y 252_L 1.14 0.19 0.00
178_A 138_G 1.13 0.19 0.00
268_I 187_A 1.13 0.19 0.00
183_V 52_Q 1.12 0.19 0.00
23_G 196_T 1.09 0.18 0.00
60_Y 232_F 1.09 0.18 0.00
178_A 140_G 1.09 0.17 0.00
7_D 85_V 1.09 0.17 0.00
162_F 212_V 1.09 0.17 0.00
210_Y 203_A 1.08 0.17 0.00
55_L 19_A 1.08 0.17 0.00
154_A 140_G 1.08 0.17 0.00
195_H 87_A 1.08 0.17 0.00
132_I 239_I 1.08 0.17 0.00
11_L 213_A 1.06 0.16 0.00
8_Y 77_G 1.06 0.16 0.00
268_I 156_A 1.05 0.16 0.00
232_I 243_A 1.05 0.16 0.00
59_L 91_N 1.05 0.16 0.00
121_P 240_V 1.04 0.16 0.00
201_A 209_A 1.04 0.16 0.00
138_W 77_G 1.04 0.16 0.00
34_W 214_A 1.04 0.16 0.00
222_I 247_L 1.04 0.16 0.00
138_W 134_H 1.04 0.15 0.00
242_K 164_E 1.04 0.15 0.00
231_L 85_V 1.04 0.15 0.00
186_T 73_A 1.03 0.15 0.00
267_V 18_E 1.03 0.15 0.00
103_A 152_E 1.02 0.15 0.00
28_L 225_M 1.02 0.15 0.00
165_E 86_R 1.02 0.15 0.00
24_A 258_H 1.02 0.15 0.00
155_V 240_V 1.02 0.15 0.00
188_L 41_K 1.02 0.15 0.00
59_L 242_A 1.01 0.15 0.00
73_G 21_D 1.01 0.15 0.00
10_I 134_H 1.01 0.15 0.00
81_V 46_Q 1.01 0.15 0.00
69_V 184_I 1.01 0.15 0.00
12_P 99_T 1.00 0.14 0.00
134_T 130_R 1.00 0.14 0.00
242_K 250_K 1.00 0.14 0.00
113_L 221_E 0.99 0.14 0.00
61_V 134_H 0.99 0.14 0.00
56_V 201_T 0.98 0.14 0.00
228_F 175_H 0.98 0.14 0.00
168_R 34_S 0.98 0.14 0.00
178_A 139_T 0.98 0.14 0.00
134_T 174_Y 0.98 0.14 0.00
15_I 33_F 0.97 0.14 0.00
245_V 136_P 0.97 0.13 0.00
245_V 95_T 0.97 0.13 0.00
22_I 59_S 0.97 0.13 0.00
67_A 53_V 0.96 0.13 0.00
28_L 51_L 0.96 0.13 0.00
55_L 197_Y 0.95 0.13 0.00
8_Y 229_Q 0.95 0.13 0.00
130_E 168_E 0.95 0.13 0.00
53_I 57_V 0.95 0.13 0.00
61_V 187_A 0.94 0.13 0.00
207_G 224_M 0.94 0.13 0.00
26_V 116_G 0.94 0.13 0.00
108_F 223_K 0.94 0.12 0.00
70_V 220_A 0.93 0.12 0.00
27_M 108_T 0.93 0.12 0.00
271_W 84_Q 0.93 0.12 0.00
161_A 87_A 0.93 0.12 0.00
154_A 138_G 0.93 0.12 0.00
222_I 217_M 0.93 0.12 0.00
63_F 209_A 0.93 0.12 0.00
104_W 223_K 0.93 0.12 0.00
136_D 255_P 0.93 0.12 0.00
5_N 27_H 0.92 0.12 0.00
178_A 114_V 0.92 0.12 0.00
104_W 233_V 0.92 0.12 0.00
15_I 98_E 0.92 0.12 0.00
174_G 214_A 0.92 0.12 0.00
207_G 210_T 0.91 0.12 0.00
267_V 11_A 0.91 0.12 0.00
134_T 28_I 0.91 0.12 0.00
131_G 112_P 0.91 0.12 0.00
186_T 163_G 0.90 0.12 0.00
178_A 133_F 0.90 0.12 0.00
179_V 158_L 0.90 0.12 0.00
88_Y 77_G 0.90 0.11 0.00
190_A 55_T 0.90 0.11 0.00
272_G 52_Q 0.90 0.11 0.00
110_K 249_N 0.90 0.11 0.00
15_I 97_P 0.89 0.11 0.00
4_K 66_Y 0.89 0.11 0.00
19_F 113_T 0.89 0.11 0.00
184_C 212_V 0.89 0.11 0.00
67_A 105_R 0.89 0.11 0.00
210_Y 233_V 0.89 0.11 0.00
32_V 151_P 0.89 0.11 0.00
210_Y 88_Y 0.89 0.11 0.00
271_W 182_N 0.88 0.11 0.00
102_V 73_A 0.88 0.11 0.00
140_L 214_A 0.88 0.11 0.00
238_Q 26_A 0.88 0.11 0.00
15_I 117_E 0.88 0.11 0.00
103_A 181_G 0.88 0.11 0.00
266_V 151_P 0.88 0.11 0.00
3_V 188_A 0.88 0.11 0.00
7_D 127_A 0.87 0.11 0.00
15_I 167_E 0.87 0.11 0.00
19_F 105_R 0.87 0.11 0.00
238_Q 194_Q 0.87 0.11 0.00
271_W 220_A 0.87 0.11 0.00
173_N 44_Q 0.87 0.11 0.00
119_D 208_M 0.87 0.11 0.00
179_V 65_R 0.86 0.11 0.00
178_A 115_S 0.86 0.11 0.00
32_V 224_M 0.86 0.10 0.00
71_N 52_Q 0.86 0.10 0.00
88_Y 223_K 0.86 0.10 0.00
186_T 54_Y 0.86 0.10 0.00
51_F 224_M 0.86 0.10 0.00
146_L 126_M 0.86 0.10 0.00
266_V 179_F 0.86 0.10 0.00
270_I 90_A 0.86 0.10 0.00
126_V 59_S 0.86 0.10 0.00
268_I 188_A 0.86 0.10 0.00
188_L 59_S 0.86 0.10 0.00
161_A 66_Y 0.86 0.10 0.00
184_C 170_G 0.86 0.10 0.00
234_L 7_P 0.85 0.10 0.00
8_Y 158_L 0.85 0.10 0.00
79_T 37_G 0.85 0.10 0.00
111_N 191_S 0.85 0.10 0.00
180_I 166_K 0.85 0.10 0.00
143_I 149_G 0.84 0.10 0.00
108_F 132_G 0.84 0.10 0.00
103_A 151_P 0.84 0.10 0.00
115_P 257_K 0.84 0.10 0.00
202_D 230_V 0.84 0.10 0.00
266_V 174_Y 0.84 0.10 0.00
142_L 56_E 0.84 0.10 0.00
208_A 148_I 0.84 0.10 0.00
228_F 52_Q 0.84 0.10 0.00
186_T 63_G 0.84 0.10 0.00
114_Y 136_P 0.84 0.10 0.00
178_A 132_G 0.84 0.10 0.00
236_K 256_I 0.84 0.10 0.00
154_A 249_N 0.84 0.10 0.00
84_I 223_K 0.84 0.10 0.00
262_L 228_K 0.84 0.10 0.00
7_D 56_E 0.83 0.10 0.00
18_F 225_M 0.83 0.10 0.00
218_A 41_K 0.83 0.10 0.00
205_Y 172_V 0.83 0.10 0.00
63_F 240_V 0.83 0.10 0.00
15_I 71_T 0.83 0.10 0.00
73_G 23_H 0.83 0.10 0.00
169_K 51_L 0.83 0.10 0.00
165_E 251_K 0.83 0.10 0.00
140_L 46_Q 0.83 0.10 0.00
76_G 77_G 0.83 0.10 0.00
162_F 56_E 0.83 0.10 0.00
164_L 8_G 0.83 0.10 0.00
76_G 214_A 0.82 0.10 0.00
80_P 223_K 0.82 0.10 0.00
143_I 128_K 0.82 0.10 0.00
34_W 67_V 0.82 0.10 0.00
266_V 60_A 0.82 0.10 0.00
63_F 185_Q 0.82 0.10 0.00
111_N 99_T 0.82 0.10 0.00
20_G 197_Y 0.82 0.10 0.00
126_V 20_G 0.82 0.10 0.00
169_K 57_V 0.82 0.10 0.00
210_Y 142_S 0.82 0.10 0.00
272_G 47_L 0.82 0.09 0.00
15_I 60_A 0.81 0.09 0.00
25_F 151_P 0.81 0.09 0.00
8_Y 87_A 0.81 0.09 0.00
115_P 14_G 0.81 0.09 0.00
64_G 196_T 0.81 0.09 0.00
241_Q 85_V 0.81 0.09 0.00
197_A 21_D 0.81 0.09 0.00
19_F 188_A 0.81 0.09 0.00
119_D 97_P 0.81 0.09 0.00
12_P 207_Q 0.81 0.09 0.00
222_I 145_F 0.81 0.09 0.00
178_A 136_P 0.81 0.09 0.00
153_V 101_E 0.81 0.09 0.00
135_F 171_A 0.81 0.09 0.00
47_G 52_Q 0.81 0.09 0.00
29_T 52_Q 0.81 0.09 0.00
80_P 147_G 0.81 0.09 0.00
241_Q 52_Q 0.80 0.09 0.00
222_I 224_M 0.80 0.09 0.00
34_W 46_Q 0.80 0.09 0.00
18_F 85_V 0.80 0.09 0.00
221_I 152_E 0.80 0.09 0.00
153_V 207_Q 0.80 0.09 0.00
56_V 159_T 0.80 0.09 0.00
84_I 197_Y 0.80 0.09 0.00
272_G 90_A 0.80 0.09 0.00
92_L 223_K 0.80 0.09 0.00
267_V 243_A 0.80 0.09 0.00
49_W 92_F 0.80 0.09 0.00
47_G 173_L 0.80 0.09 0.00
92_L 18_E 0.80 0.09 0.00
67_A 59_S 0.80 0.09 0.00
249_A 149_G 0.80 0.09 0.00
15_I 114_V 0.80 0.09 0.00
29_T 254_Q 0.80 0.09 0.00
85_G 41_K 0.79 0.09 0.00
204_V 97_P 0.79 0.09 0.00
104_W 250_K 0.79 0.09 0.00
184_C 169_A 0.79 0.09 0.00
56_V 17_Q 0.79 0.09 0.00
48_P 44_Q 0.79 0.09 0.00
186_T 248_T 0.79 0.09 0.00
57_G 219_T 0.79 0.09 0.00
180_I 12_P 0.79 0.09 0.00
35_M 237_F 0.79 0.09 0.00
12_P 9_T 0.79 0.09 0.00
178_A 128_K 0.79 0.09 0.00
15_I 139_T 0.79 0.09 0.00
56_V 224_M 0.79 0.09 0.00
184_C 163_G 0.79 0.09 0.00
51_F 112_P 0.79 0.09 0.00
123_K 97_P 0.79 0.09 0.00
32_V 52_Q 0.79 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3142 0.63 cIV_C_4_cIII_cyt1_4_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3137 0.26 cIV_C_60_cIII_cyt1_60_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3136 0.26 cIV_C_60_cIII_cyt1_40_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
3135 0.34 cIV_C_40_cIII_cyt1_20_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3134 0.26 cIV_C_40_cIII_cyt1_40_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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