May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PafA-Mpa-HHblits
Genes: A B A+B
Length: 452 609 980
Sequences: 488 221 241
Seq/Len: 1.08 0.36 0.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.11 0.12 0.17
2 0.28 0.12 0.18
5 0.64 0.12 0.21
10 0.80 0.12 0.22
20 0.85 0.12 0.22
100 0.85 0.12 0.23
∞ 0.86 0.13 0.23
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
182_A 396_L 1.62 0.45 0.00
370_L 285_P 1.55 0.40 0.00
380_T 382_T 1.52 0.38 0.00
274_S 115_V 1.51 0.38 0.00
243_F 189_A 1.49 0.36 0.00
277_D 459_V 1.48 0.36 0.00
175_I 124_L 1.42 0.32 0.00
425_N 301_L 1.40 0.32 0.00
85_V 522_V 1.33 0.27 0.00
85_V 225_K 1.29 0.26 0.00
281_E 161_I 1.29 0.26 0.00
324_E 220_L 1.27 0.24 0.00
338_Q 420_M 1.26 0.24 0.00
190_I 556_A 1.26 0.24 0.00
85_V 332_I 1.25 0.24 0.00
257_H 83_Q 1.24 0.23 0.00
83_E 104_L 1.24 0.23 0.00
48_L 569_D 1.23 0.23 0.00
298_Q 122_M 1.21 0.22 0.00
83_E 558_N 1.21 0.22 0.00
278_I 172_H 1.21 0.22 0.00
174_H 289_V 1.21 0.22 0.00
108_L 420_M 1.20 0.21 0.00
286_A 482_V 1.20 0.21 0.00
357_Y 420_M 1.19 0.21 0.00
234_I 102_G 1.19 0.21 0.00
286_A 66_L 1.18 0.21 0.00
414_D 165_R 1.18 0.21 0.00
345_L 415_S 1.18 0.20 0.00
375_L 130_I 1.17 0.20 0.00
257_H 119_G 1.17 0.20 0.00
156_K 533_S 1.17 0.20 0.00
48_L 146_A 1.16 0.20 0.00
156_K 546_H 1.16 0.20 0.00
83_E 83_Q 1.15 0.19 0.00
383_E 127_S 1.14 0.19 0.00
137_I 341_F 1.14 0.19 0.00
312_A 220_L 1.14 0.19 0.00
139_D 478_M 1.14 0.19 0.00
425_N 239_E 1.13 0.19 0.00
117_G 97_P 1.13 0.18 0.00
366_I 69_R 1.12 0.18 0.00
232_E 69_R 1.12 0.18 0.00
196_P 301_L 1.12 0.18 0.00
175_I 66_L 1.12 0.18 0.00
203_Y 449_Y 1.11 0.18 0.00
164_A 390_T 1.11 0.18 0.00
279_Q 415_S 1.11 0.18 0.00
120_Y 251_Y 1.11 0.18 0.00
48_L 96_Q 1.10 0.18 0.00
361_K 581_I 1.10 0.18 0.00
422_L 155_F 1.10 0.17 0.00
305_L 341_F 1.10 0.17 0.00
392_P 512_D 1.10 0.17 0.00
129_V 103_V 1.10 0.17 0.00
44_S 518_M 1.09 0.17 0.00
90_L 367_I 1.09 0.17 0.00
72_L 457_L 1.09 0.17 0.00
340_R 306_V 1.08 0.17 0.00
270_G 557_E 1.08 0.17 0.00
255_V 184_R 1.08 0.17 0.00
380_T 332_I 1.08 0.17 0.00
188_P 162_S 1.07 0.17 0.00
399_R 139_Q 1.07 0.16 0.00
406_S 115_V 1.07 0.16 0.00
108_L 487_Y 1.07 0.16 0.00
406_S 312_K 1.07 0.16 0.00
303_V 225_K 1.06 0.16 0.00
382_D 164_L 1.06 0.16 0.00
418_D 420_M 1.06 0.16 0.00
259_V 87_L 1.06 0.16 0.00
351_A 415_S 1.06 0.16 0.00
329_I 418_E 1.06 0.16 0.00
326_D 76_T 1.05 0.16 0.00
188_P 419_D 1.05 0.16 0.00
175_I 84_L 1.04 0.15 0.00
190_I 405_G 1.04 0.15 0.00
243_F 223_D 1.04 0.15 0.00
375_L 549_D 1.04 0.15 0.00
160_T 524_D 1.04 0.15 0.00
70_D 274_H 1.04 0.15 0.00
405_I 126_C 1.03 0.15 0.00
326_D 99_S 1.03 0.15 0.00
382_D 154_T 1.03 0.15 0.00
117_G 94_L 1.03 0.15 0.00
215_M 328_Y 1.03 0.15 0.00
217_E 485_R 1.02 0.15 0.00
160_T 572_R 1.02 0.15 0.00
255_V 71_S 1.02 0.15 0.00
160_T 546_H 1.02 0.15 0.00
437_P 415_S 1.02 0.15 0.00
345_L 284_R 1.02 0.15 0.00
203_Y 142_R 1.02 0.14 0.00
271_R 220_L 1.01 0.14 0.00
70_D 95_G 1.01 0.14 0.00
326_D 420_M 1.01 0.14 0.00
113_T 153_G 1.01 0.14 0.00
215_M 339_N 1.00 0.14 0.00
340_R 285_P 1.00 0.14 0.00
367_F 151_E 1.00 0.14 0.00
363_G 281_Y 1.00 0.14 0.00
378_R 101_Y 1.00 0.14 0.00
352_Q 115_V 1.00 0.14 0.00
251_A 223_D 1.00 0.14 0.00
151_I 519_I 1.00 0.14 0.00
216_S 147_L 0.99 0.14 0.00
133_E 569_D 0.99 0.14 0.00
362_R 164_L 0.99 0.14 0.00
166_Y 195_E 0.99 0.14 0.00
315_S 547_L 0.99 0.14 0.00
65_A 508_M 0.99 0.14 0.00
144_F 390_T 0.99 0.14 0.00
176_W 377_F 0.98 0.14 0.00
40_W 478_M 0.98 0.14 0.00
184_T 396_L 0.98 0.14 0.00
115_S 390_T 0.98 0.14 0.00
152_C 332_I 0.98 0.14 0.00
404_F 362_E 0.98 0.14 0.00
229_L 572_R 0.98 0.13 0.00
132_G 92_D 0.98 0.13 0.00
315_S 285_P 0.98 0.13 0.00
145_L 129_N 0.98 0.13 0.00
300_E 276_E 0.97 0.13 0.00
225_G 534_V 0.97 0.13 0.00
333_L 151_E 0.97 0.13 0.00
156_K 524_D 0.97 0.13 0.00
75_L 253_D 0.97 0.13 0.00
145_L 141_V 0.97 0.13 0.00
135_S 535_L 0.97 0.13 0.00
145_L 464_L 0.97 0.13 0.00
175_I 225_K 0.97 0.13 0.00
316_Q 126_C 0.97 0.13 0.00
325_I 285_P 0.96 0.13 0.00
174_H 569_D 0.96 0.13 0.00
83_E 229_A 0.96 0.13 0.00
416_T 325_A 0.96 0.13 0.00
120_Y 345_T 0.96 0.13 0.00
357_Y 367_I 0.96 0.13 0.00
224_V 348_H 0.96 0.13 0.00
145_L 363_G 0.96 0.13 0.00
405_I 425_I 0.96 0.13 0.00
367_F 154_T 0.96 0.13 0.00
160_T 533_S 0.96 0.13 0.00
438_F 249_V 0.95 0.13 0.00
365_G 451_K 0.95 0.13 0.00
131_A 384_V 0.95 0.13 0.00
220_T 551_I 0.95 0.13 0.00
252_I 151_E 0.95 0.13 0.00
66_T 122_M 0.95 0.13 0.00
424_L 436_K 0.95 0.13 0.00
299_I 359_K 0.95 0.13 0.00
255_V 73_L 0.95 0.12 0.00
431_T 575_G 0.95 0.12 0.00
309_Q 220_L 0.95 0.12 0.00
346_S 367_I 0.94 0.12 0.00
432_V 237_E 0.94 0.12 0.00
409_Q 453_L 0.94 0.12 0.00
52_A 382_T 0.94 0.12 0.00
182_A 345_T 0.94 0.12 0.00
350_I 176_V 0.94 0.12 0.00
247_N 221_L 0.94 0.12 0.00
402_G 128_P 0.94 0.12 0.00
286_A 52_S 0.94 0.12 0.00
230_V 528_K 0.94 0.12 0.00
325_I 240_D 0.93 0.12 0.00
335_Q 415_S 0.93 0.12 0.00
376_A 445_A 0.93 0.12 0.00
119_S 358_E 0.93 0.12 0.00
405_I 221_L 0.93 0.12 0.00
284_T 237_E 0.93 0.12 0.00
334_F 102_G 0.93 0.12 0.00
426_D 495_F 0.93 0.12 0.00
325_I 322_A 0.93 0.12 0.00
219_T 281_Y 0.93 0.12 0.00
113_T 520_Q 0.93 0.12 0.00
302_V 69_R 0.93 0.12 0.00
421_H 301_L 0.93 0.12 0.00
180_S 392_V 0.93 0.12 0.00
353_L 519_I 0.92 0.12 0.00
224_V 339_N 0.92 0.12 0.00
117_G 518_M 0.92 0.12 0.00
282_Y 528_K 0.92 0.12 0.00
136_R 488_A 0.92 0.12 0.00
128_I 419_D 0.92 0.12 0.00
325_I 99_S 0.91 0.12 0.00
190_I 62_R 0.91 0.12 0.00
363_G 491_D 0.91 0.12 0.00
129_V 221_L 0.91 0.12 0.00
303_V 360_A 0.91 0.12 0.00
175_I 358_E 0.91 0.12 0.00
261_G 215_R 0.91 0.12 0.00
422_L 92_D 0.91 0.12 0.00
356_A 370_F 0.91 0.12 0.00
318_F 562_P 0.91 0.11 0.00
400_L 486_M 0.91 0.11 0.00
326_D 80_A 0.91 0.11 0.00
184_T 418_E 0.91 0.11 0.00
376_A 102_G 0.91 0.11 0.00
182_A 81_R 0.91 0.11 0.00
144_F 528_K 0.91 0.11 0.00
144_F 220_L 0.91 0.11 0.00
338_Q 361_S 0.91 0.11 0.00
385_I 129_N 0.91 0.11 0.00
347_H 438_E 0.91 0.11 0.00
219_T 375_S 0.91 0.11 0.00
188_P 142_R 0.91 0.11 0.00
278_I 360_A 0.91 0.11 0.00
186_S 587_L 0.91 0.11 0.00
375_L 284_R 0.90 0.11 0.00
217_E 267_A 0.90 0.11 0.00
133_E 487_Y 0.90 0.11 0.00
185_R 518_M 0.90 0.11 0.00
204_R 571_A 0.90 0.11 0.00
392_P 240_D 0.90 0.11 0.00
346_S 281_Y 0.90 0.11 0.00
147_T 534_V 0.90 0.11 0.00
47_F 553_D 0.90 0.11 0.00
428_A 278_Y 0.90 0.11 0.00
161_P 185_V 0.90 0.11 0.00
166_Y 104_L 0.90 0.11 0.00
375_L 502_N 0.90 0.11 0.00
353_L 374_D 0.90 0.11 0.00
188_P 376_I 0.90 0.11 0.00
48_L 121_K 0.90 0.11 0.00
257_H 388_V 0.90 0.11 0.00
440_A 579_E 0.90 0.11 0.00
279_Q 239_E 0.89 0.11 0.00
319_A 276_E 0.89 0.11 0.00
169_S 360_A 0.89 0.11 0.00
414_D 185_V 0.89 0.11 0.00
358_H 236_A 0.89 0.11 0.00
326_D 128_P 0.89 0.11 0.00
392_P 445_A 0.89 0.11 0.00
42_R 367_I 0.89 0.11 0.00
349_K 284_R 0.89 0.11 0.00
79_D 418_E 0.89 0.11 0.00
168_L 178_G 0.89 0.11 0.00
203_Y 459_V 0.89 0.11 0.00
357_Y 405_G 0.89 0.11 0.00
181_S 386_S 0.88 0.11 0.00
399_R 568_D 0.88 0.11 0.00
181_S 303_A 0.88 0.11 0.00
181_S 373_M 0.88 0.11 0.00
181_S 397_L 0.88 0.11 0.00
181_S 413_G 0.88 0.11 0.00
422_L 105_L 0.88 0.11 0.00
182_A 528_K 0.88 0.11 0.00
429_Q 53_A 0.88 0.11 0.00
52_A 433_V 0.88 0.11 0.00
106_I 522_V 0.88 0.11 0.00
190_I 228_Y 0.88 0.11 0.00
226_T 509_Y 0.88 0.11 0.00
84_W 482_V 0.88 0.11 0.00
56_L 303_A 0.88 0.11 0.00
56_L 373_M 0.88 0.11 0.00
56_L 397_L 0.88 0.11 0.00
56_L 413_G 0.88 0.11 0.00
70_D 245_E 0.88 0.11 0.00
208_V 482_V 0.88 0.11 0.00
169_S 374_D 0.87 0.11 0.00
377_A 498_V 0.87 0.10 0.00
88_D 276_E 0.87 0.10 0.00
399_R 104_L 0.87 0.10 0.00
365_G 74_M 0.87 0.10 0.00
259_V 103_V 0.87 0.10 0.00
202_K 507_V 0.87 0.10 0.00
404_F 391_T 0.87 0.10 0.00
389_V 68_A 0.87 0.10 0.00
145_L 72_K 0.87 0.10 0.00
227_A 103_V 0.87 0.10 0.00
431_T 561_L 0.87 0.10 0.00
93_A 367_I 0.87 0.10 0.00
437_P 140_T 0.87 0.10 0.00
226_T 452_Y 0.87 0.10 0.00
76_V 442_A 0.87 0.10 0.00
278_I 504_D 0.87 0.10 0.00
323_T 258_S 0.86 0.10 0.00
277_D 382_T 0.86 0.10 0.00
181_S 283_L 0.86 0.10 0.00
366_I 542_L 0.86 0.10 0.00
70_D 584_I 0.86 0.10 0.00
322_D 360_A 0.86 0.10 0.00
349_K 415_S 0.86 0.10 0.00
432_V 488_A 0.86 0.10 0.00
247_N 330_L 0.86 0.10 0.00
329_I 425_I 0.86 0.10 0.00
431_T 225_K 0.86 0.10 0.00
166_Y 374_D 0.86 0.10 0.00
410_E 152_A 0.86 0.10 0.00
416_T 332_I 0.86 0.10 0.00
232_E 376_I 0.86 0.10 0.00
400_L 568_D 0.86 0.10 0.00
150_L 68_A 0.86 0.10 0.00
150_L 462_D 0.86 0.10 0.00
407_A 498_V 0.86 0.10 0.00
255_V 368_V 0.86 0.10 0.00
247_N 332_I 0.86 0.10 0.00
109_F 550_S 0.86 0.10 0.00
386_A 113_V 0.86 0.10 0.00
157_V 98_P 0.86 0.10 0.00
145_L 154_T 0.86 0.10 0.00
90_L 584_I 0.85 0.10 0.00
433_L 121_K 0.85 0.10 0.00
184_T 431_L 0.85 0.10 0.00
84_W 284_R 0.85 0.10 0.00
389_V 311_A 0.85 0.10 0.00
255_V 455_E 0.85 0.10 0.00
131_A 536_E 0.85 0.10 0.00
185_R 339_N 0.85 0.10 0.00
128_I 224_T 0.85 0.10 0.00
227_A 63_I 0.85 0.10 0.00
188_P 144_N 0.85 0.10 0.00
90_L 175_L 0.85 0.10 0.00
257_H 392_V 0.85 0.10 0.00
278_I 151_E 0.85 0.10 0.00
277_D 531_I 0.85 0.10 0.00
283_Y 522_V 0.85 0.10 0.00
93_A 484_D 0.85 0.10 0.00
269_G 446_Q 0.85 0.10 0.00
174_H 52_S 0.85 0.10 0.00
119_S 336_E 0.84 0.10 0.00
356_A 410_I 0.84 0.10 0.00
185_R 513_F 0.84 0.10 0.00
141_L 352_I 0.84 0.10 0.00
427_Q 89_E 0.84 0.10 0.00
352_Q 229_A 0.84 0.10 0.00
182_A 418_E 0.84 0.10 0.00
386_A 92_D 0.84 0.10 0.00
154_A 150_V 0.84 0.10 0.00
357_Y 376_I 0.84 0.10 0.00
316_Q 573_I 0.84 0.10 0.00
302_V 82_Q 0.84 0.10 0.00
128_I 456_F 0.84 0.10 0.00
224_V 471_R 0.84 0.10 0.00
425_N 582_V 0.84 0.10 0.00
70_D 246_V 0.84 0.10 0.00
159_Q 405_G 0.84 0.10 0.00
181_S 381_G 0.84 0.10 0.00
44_S 153_G 0.84 0.10 0.00
299_I 281_Y 0.84 0.10 0.00
311_D 155_F 0.83 0.10 0.00
350_I 576_K 0.83 0.10 0.00
182_A 546_H 0.83 0.10 0.00
182_A 251_Y 0.83 0.10 0.00
283_Y 341_F 0.83 0.10 0.00
302_V 522_V 0.83 0.10 0.00
408_A 189_A 0.83 0.10 0.00
437_P 98_P 0.83 0.10 0.00
206_L 161_I 0.83 0.10 0.00
436_D 412_I 0.83 0.10 0.00
410_E 561_L 0.83 0.10 0.00
308_R 502_N 0.83 0.10 0.00
234_I 215_R 0.83 0.10 0.00
223_K 434_K 0.83 0.10 0.00
440_A 415_S 0.83 0.10 0.00
367_F 180_A 0.83 0.10 0.00
88_D 522_V 0.83 0.10 0.00
49_R 425_I 0.83 0.10 0.00
132_G 233_I 0.83 0.10 0.00
45_N 573_I 0.83 0.10 0.00
252_I 289_V 0.83 0.10 0.00
394_Q 332_I 0.83 0.10 0.00
180_S 419_D 0.83 0.10 0.00
424_L 557_E 0.83 0.10 0.00
395_T 246_V 0.83 0.10 0.00
282_Y 447_D 0.83 0.10 0.00
54_L 400_I 0.83 0.10 0.00
414_D 478_M 0.83 0.10 0.00
232_E 102_G 0.83 0.10 0.00
181_S 387_D 0.83 0.10 0.00
359_D 123_R 0.83 0.10 0.00
164_A 535_L 0.83 0.10 0.00
46_V 186_V 0.83 0.10 0.00
400_L 375_S 0.83 0.10 0.00
410_E 326_K 0.83 0.10 0.00
215_M 268_V 0.83 0.10 0.00
265_V 71_S 0.82 0.09 0.00
159_Q 230_F 0.82 0.09 0.00
224_V 332_I 0.82 0.09 0.00
115_S 142_R 0.82 0.09 0.00
43_S 565_T 0.82 0.09 0.00
274_S 220_L 0.82 0.09 0.00
335_Q 420_M 0.82 0.09 0.00
159_Q 546_H 0.82 0.09 0.00
329_I 396_L 0.82 0.09 0.00
367_F 234_P 0.82 0.09 0.00
338_Q 415_S 0.82 0.09 0.00
206_L 261_I 0.82 0.09 0.00
223_K 460_H 0.82 0.09 0.00
349_K 121_K 0.82 0.09 0.00
69_C 524_D 0.82 0.09 0.00
149_Q 351_L 0.82 0.09 0.00
422_L 258_S 0.82 0.09 0.00
43_S 358_E 0.82 0.09 0.00
174_H 66_L 0.82 0.09 0.00
128_I 474_C 0.82 0.09 0.00
145_L 502_N 0.82 0.09 0.00
107_Y 496_L 0.82 0.09 0.00
56_L 387_D 0.82 0.09 0.00
416_T 425_I 0.82 0.09 0.00
280_R 115_V 0.82 0.09 0.00
74_Q 245_E 0.82 0.09 0.00
216_S 229_A 0.82 0.09 0.00
418_D 265_R 0.82 0.09 0.00
182_A 328_Y 0.82 0.09 0.00
156_K 390_T 0.82 0.09 0.00
215_M 510_F 0.82 0.09 0.00
105_D 449_Y 0.82 0.09 0.00
347_H 102_G 0.81 0.09 0.00
188_P 84_L 0.81 0.09 0.00
181_S 389_E 0.81 0.09 0.00
389_V 252_A 0.81 0.09 0.00
251_A 215_R 0.81 0.09 0.00
232_E 76_T 0.81 0.09 0.00
325_I 374_D 0.81 0.09 0.00
86_L 150_V 0.81 0.09 0.00
160_T 420_M 0.81 0.09 0.00
369_L 301_L 0.81 0.09 0.00
188_P 72_K 0.81 0.09 0.00
224_V 462_D 0.81 0.09 0.00
290_L 164_L 0.81 0.09 0.00
156_K 420_M 0.81 0.09 0.00
334_F 92_D 0.81 0.09 0.00
408_A 452_Y 0.81 0.09 0.00
115_S 153_G 0.81 0.09 0.00
392_P 115_V 0.81 0.09 0.00
357_Y 123_R 0.81 0.09 0.00
188_P 99_S 0.81 0.09 0.00
440_A 63_I 0.81 0.09 0.00
384_E 488_A 0.81 0.09 0.00
309_Q 104_L 0.81 0.09 0.00
277_D 259_R 0.81 0.09 0.00
271_R 510_F 0.81 0.09 0.00
45_N 337_L 0.81 0.09 0.00
361_K 84_L 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence A, there is a high ratio (0.86 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3067 0.25 PafA-Mpa-HHblits Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
3066 0.08 PafA-Mpa Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.284 seconds.