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OPENSEQ.org
secya
Genes: A B A+B
Length: 443 901 1335
Sequences: 1696 1738 1050
Seq/Len: 3.83 1.93 0.79
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.05
10 0.00 0.00 0.05
20 0.00 0.00 0.05
100 0.00 0.01 0.14
∞ 0.02 0.05 0.78
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
263_T 788_G 1.48 0.69 0.00
171_L 325_D 1.28 0.52 0.00
265_L 795_A 1.22 0.47 0.00
82_I 803_Y 1.21 0.46 0.00
164_L 70_V 1.19 0.44 0.00
356_I 51_R 1.19 0.44 0.00
132_S 129_V 1.16 0.41 0.00
282_S 16_R 1.11 0.38 0.00
128_A 587_Y 1.10 0.37 0.00
234_V 89_L 1.10 0.37 0.00
139_L 797_K 1.09 0.36 0.00
246_V 791_L 1.09 0.36 0.00
272_A 276_E 1.09 0.36 0.00
240_G 612_M 1.08 0.35 0.00
265_L 793_G 1.07 0.35 0.00
335_L 640_D 1.07 0.34 0.00
162_V 172_A 1.07 0.34 0.00
88_A 290_G 1.07 0.34 0.00
256_R 388_A 1.06 0.33 0.00
364_K 764_K 1.06 0.33 0.00
23_L 786_R 1.05 0.33 0.00
68_S 819_K 1.04 0.32 0.00
351_A 380_Y 1.04 0.32 0.00
290_I 587_Y 1.03 0.31 0.00
406_L 272_V 1.03 0.31 0.00
310_L 197_E 1.02 0.31 0.00
228_F 204_H 1.01 0.30 0.00
341_E 365_I 1.00 0.29 0.00
221_L 205_Y 1.00 0.29 0.00
416_F 800_K 0.99 0.29 0.00
244_I 205_Y 0.99 0.29 0.00
63_M 595_M 0.99 0.28 0.00
228_F 153_T 0.99 0.28 0.00
166_T 438_I 0.97 0.27 0.00
170_F 647_E 0.97 0.27 0.00
203_I 9_V 0.97 0.27 0.00
77_I 428_Y 0.96 0.26 0.00
238_E 299_Y 0.95 0.26 0.00
346_L 613_K 0.94 0.25 0.00
265_L 470_T 0.94 0.25 0.00
264_H 788_G 0.94 0.25 0.00
132_S 84_F 0.94 0.25 0.00
166_T 84_F 0.93 0.25 0.00
104_E 325_D 0.93 0.24 0.00
361_Q 793_G 0.93 0.24 0.00
378_A 808_F 0.92 0.24 0.00
250_K 793_G 0.92 0.24 0.00
22_R 737_E 0.92 0.24 0.00
317_Y 166_K 0.92 0.24 0.00
375_L 684_F 0.92 0.23 0.00
334_A 370_Q 0.91 0.23 0.00
237_V 263_F 0.91 0.23 0.00
61_I 63_L 0.91 0.23 0.00
83_M 623_V 0.91 0.23 0.00
291_A 204_H 0.91 0.23 0.00
157_Y 166_K 0.91 0.23 0.00
118_Q 428_Y 0.91 0.23 0.00
392_R 429_M 0.91 0.23 0.00
237_V 128_V 0.90 0.23 0.00
87_S 645_L 0.90 0.22 0.00
403_G 646_L 0.90 0.22 0.00
410_V 332_E 0.89 0.22 0.00
67_F 588_L 0.89 0.22 0.00
58_G 777_E 0.89 0.22 0.00
180_E 556_I 0.89 0.22 0.00
76_S 682_D 0.89 0.22 0.00
35_I 333_V 0.89 0.22 0.00
378_A 315_R 0.88 0.21 0.00
49_L 310_V 0.87 0.21 0.00
196_V 153_T 0.87 0.21 0.00
95_L 838_E 0.87 0.21 0.00
274_V 213_S 0.86 0.20 0.00
258_Y 457_I 0.86 0.20 0.00
358_P 139_D 0.86 0.20 0.00
364_K 330_D 0.86 0.20 0.00
82_I 788_G 0.86 0.20 0.00
92_I 310_V 0.86 0.20 0.00
23_L 625_K 0.85 0.20 0.00
272_A 814_M 0.85 0.20 0.00
25_F 214_I 0.85 0.20 0.00
189_I 557_I 0.85 0.20 0.00
264_H 377_F 0.85 0.20 0.00
52_L 344_M 0.84 0.19 0.00
92_I 142_N 0.84 0.19 0.00
235_V 21_M 0.84 0.19 0.00
73_S 609_K 0.83 0.19 0.00
24_L 42_E 0.83 0.19 0.00
383_F 428_Y 0.83 0.19 0.00
132_S 435_I 0.83 0.19 0.00
235_V 823_I 0.83 0.19 0.00
82_I 149_F 0.83 0.18 0.00
196_V 805_R 0.82 0.18 0.00
36_G 511_T 0.82 0.18 0.00
357_R 283_E 0.82 0.18 0.00
358_P 138_R 0.82 0.18 0.00
87_S 351_D 0.82 0.18 0.00
345_N 63_L 0.82 0.18 0.00
44_I 498_A 0.82 0.18 0.00
221_L 489_A 0.82 0.18 0.00
80_L 99_I 0.82 0.18 0.00
130_F 831_V 0.82 0.18 0.00
267_L 601_D 0.82 0.18 0.00
227_V 157_N 0.82 0.18 0.00
306_I 165_A 0.81 0.18 0.00
92_I 18_L 0.81 0.18 0.00
92_I 609_K 0.81 0.18 0.00
48_V 412_V 0.81 0.18 0.00
161_V 551_A 0.81 0.18 0.00
99_H 468_E 0.81 0.18 0.00
369_V 157_N 0.81 0.17 0.00
330_F 76_K 0.81 0.17 0.00
37_S 435_I 0.81 0.17 0.00
236_F 305_M 0.81 0.17 0.00
23_L 427_V 0.80 0.17 0.00
33_F 192_A 0.80 0.17 0.00
106_K 491_V 0.80 0.17 0.00
76_S 607_M 0.80 0.17 0.00
135_I 208_V 0.80 0.17 0.00
291_A 50_F 0.80 0.17 0.00
81_G 623_V 0.80 0.17 0.00
134_G 430_T 0.80 0.17 0.00
340_R 556_I 0.80 0.17 0.00
366_I 773_S 0.80 0.17 0.00
81_G 644_Q 0.80 0.17 0.00
374_T 370_Q 0.80 0.17 0.00
245_V 764_K 0.80 0.17 0.00
40_P 798_D 0.79 0.17 0.00
353_V 4_K 0.79 0.17 0.00
222_L 63_L 0.79 0.17 0.00
95_L 365_I 0.79 0.16 0.00
105_I 827_S 0.79 0.16 0.00
164_L 115_P 0.79 0.16 0.00
255_R 782_M 0.79 0.16 0.00
148_L 166_K 0.79 0.16 0.00
76_S 830_Q 0.79 0.16 0.00
76_S 660_Y 0.79 0.16 0.00
44_I 626_A 0.79 0.16 0.00
275_I 369_N 0.79 0.16 0.00
373_L 78_V 0.78 0.16 0.00
39_I 214_I 0.78 0.16 0.00
353_V 331_G 0.78 0.16 0.00
125_L 364_Q 0.78 0.16 0.00
306_I 575_S 0.78 0.16 0.00
174_L 548_V 0.78 0.16 0.00
269_V 51_R 0.78 0.16 0.00
209_Q 166_K 0.78 0.16 0.00
81_G 795_A 0.78 0.16 0.00
210_A 607_M 0.78 0.16 0.00
396_K 51_R 0.78 0.16 0.00
205_H 595_M 0.78 0.16 0.00
218_L 427_V 0.78 0.16 0.00
234_V 821_E 0.77 0.16 0.00
23_L 204_H 0.77 0.16 0.00
66_M 146_L 0.77 0.16 0.00
37_S 374_S 0.77 0.16 0.00
401_F 141_E 0.77 0.16 0.00
36_G 646_L 0.77 0.16 0.00
312_P 666_L 0.77 0.16 0.00
438_L 764_K 0.77 0.16 0.00
127_L 701_W 0.77 0.16 0.00
269_V 53_R 0.77 0.16 0.00
125_L 423_L 0.77 0.15 0.00
272_A 597_I 0.77 0.15 0.00
37_S 403_S 0.77 0.15 0.00
414_M 633_K 0.77 0.15 0.00
245_V 782_M 0.76 0.15 0.00
232_F 84_F 0.76 0.15 0.00
40_P 283_E 0.76 0.15 0.00
264_H 344_M 0.76 0.15 0.00
73_S 633_K 0.76 0.15 0.00
243_R 133_D 0.76 0.15 0.00
119_Y 205_Y 0.76 0.15 0.00
311_Q 415_N 0.76 0.15 0.00
148_L 409_T 0.76 0.15 0.00
88_A 311_T 0.76 0.15 0.00
54_E 8_K 0.75 0.15 0.00
30_L 263_F 0.75 0.15 0.00
284_I 207_L 0.75 0.15 0.00
329_C 262_H 0.75 0.15 0.00
82_I 412_V 0.75 0.15 0.00
173_W 466_S 0.75 0.14 0.00
264_H 777_E 0.75 0.14 0.00
23_L 174_I 0.74 0.14 0.00
41_I 28_I 0.74 0.14 0.00
98_V 602_R 0.74 0.14 0.00
387_I 610_L 0.74 0.14 0.00
232_F 619_E 0.74 0.14 0.00
396_K 636_S 0.74 0.14 0.00
82_I 633_K 0.74 0.14 0.00
96_T 23_K 0.74 0.14 0.00
180_E 345_Q 0.74 0.14 0.00
346_L 763_E 0.74 0.14 0.00
74_R 807_S 0.74 0.14 0.00
346_L 804_K 0.74 0.14 0.00
409_V 623_V 0.74 0.14 0.00
180_E 627_I 0.74 0.14 0.00
190_I 197_E 0.74 0.14 0.00
132_S 383_L 0.74 0.14 0.00
163_S 459_I 0.74 0.14 0.00
33_F 143_N 0.74 0.14 0.00
177_Q 205_Y 0.74 0.14 0.00
358_P 169_A 0.74 0.14 0.00
168_T 757_E 0.74 0.14 0.00
330_F 731_H 0.74 0.14 0.00
139_L 112_A 0.74 0.14 0.00
406_L 208_V 0.74 0.14 0.00
433_L 486_N 0.74 0.14 0.00
431_S 652_A 0.74 0.14 0.00
38_F 807_S 0.74 0.14 0.00
22_R 310_V 0.74 0.14 0.00
356_I 603_V 0.74 0.14 0.00
194_G 382_R 0.74 0.14 0.00
237_V 682_D 0.74 0.14 0.00
23_L 442_I 0.73 0.14 0.00
291_A 826_L 0.73 0.14 0.00
384_I 89_L 0.73 0.14 0.00
162_V 152_L 0.73 0.14 0.00
136_A 116_A 0.73 0.14 0.00
352_F 676_I 0.73 0.14 0.00
311_Q 171_A 0.73 0.14 0.00
330_F 12_S 0.73 0.14 0.00
277_A 667_L 0.73 0.14 0.00
240_G 89_L 0.73 0.14 0.00
66_M 398_A 0.73 0.14 0.00
255_R 116_A 0.73 0.14 0.00
343_A 427_V 0.73 0.14 0.00
48_V 736_R 0.73 0.14 0.00
244_I 406_K 0.73 0.14 0.00
228_F 427_V 0.73 0.14 0.00
269_V 807_S 0.73 0.14 0.00
38_F 739_I 0.73 0.14 0.00
122_Y 789_I 0.73 0.14 0.00
22_R 750_K 0.73 0.14 0.00
45_D 685_K 0.72 0.14 0.00
168_T 21_M 0.72 0.14 0.00
422_T 824_S 0.72 0.14 0.00
106_K 803_Y 0.72 0.14 0.00
39_I 303_N 0.72 0.14 0.00
379_L 363_V 0.72 0.14 0.00
372_R 61_E 0.72 0.14 0.00
256_R 427_V 0.72 0.14 0.00
235_V 91_G 0.72 0.14 0.00
27_I 171_A 0.72 0.14 0.00
265_L 873_Q 0.72 0.14 0.00
252_Q 644_Q 0.72 0.14 0.00
33_F 157_N 0.72 0.13 0.00
125_L 845_R 0.72 0.13 0.00
283_I 878_K 0.72 0.13 0.00
367_D 271_Q 0.72 0.13 0.00
129_I 648_Y 0.72 0.13 0.00
87_S 793_G 0.72 0.13 0.00
366_I 309_H 0.72 0.13 0.00
74_R 116_A 0.72 0.13 0.00
379_L 205_Y 0.72 0.13 0.00
333_T 15_D 0.72 0.13 0.00
43_G 804_K 0.72 0.13 0.00
115_K 416_R 0.71 0.13 0.00
45_D 38_L 0.71 0.13 0.00
320_L 17_T 0.71 0.13 0.00
373_L 791_L 0.71 0.13 0.00
92_I 24_V 0.71 0.13 0.00
303_L 786_R 0.71 0.13 0.00
153_G 16_R 0.71 0.13 0.00
291_A 383_L 0.71 0.13 0.00
364_K 557_I 0.71 0.13 0.00
44_I 691_Y 0.71 0.13 0.00
117_S 370_Q 0.71 0.13 0.00
422_T 416_R 0.71 0.13 0.00
332_Y 127_H 0.71 0.13 0.00
55_Q 764_K 0.71 0.13 0.00
356_I 826_L 0.71 0.13 0.00
23_L 676_I 0.71 0.13 0.00
88_A 626_A 0.71 0.13 0.00
352_F 166_K 0.71 0.13 0.00
271_M 795_A 0.71 0.13 0.00
256_R 195_P 0.71 0.13 0.00
264_H 28_I 0.71 0.13 0.00
214_D 644_Q 0.71 0.13 0.00
378_A 137_Q 0.71 0.13 0.00
190_I 492_A 0.71 0.13 0.00
336_V 418_M 0.71 0.13 0.00
124_T 78_V 0.71 0.13 0.00
161_V 789_I 0.70 0.13 0.00
253_Q 530_T 0.70 0.13 0.00
318_V 336_V 0.70 0.13 0.00
294_F 166_K 0.70 0.13 0.00
51_K 627_I 0.70 0.13 0.00
382_T 458_S 0.70 0.13 0.00
261_Q 344_M 0.70 0.13 0.00
39_I 238_R 0.70 0.13 0.00
53_L 814_M 0.70 0.13 0.00
66_M 263_F 0.70 0.13 0.00
331_F 384_Y 0.70 0.13 0.00
423_L 205_Y 0.70 0.13 0.00
238_E 805_R 0.70 0.13 0.00
136_A 426_L 0.70 0.13 0.00
370_M 624_T 0.70 0.12 0.00
425_M 556_I 0.70 0.12 0.00
403_G 213_S 0.70 0.12 0.00
87_S 317_H 0.70 0.12 0.00
26_V 514_V 0.70 0.12 0.00
82_I 156_I 0.70 0.12 0.00
424_M 486_N 0.70 0.12 0.00
76_S 815_L 0.70 0.12 0.00
401_F 600_S 0.70 0.12 0.00
163_S 39_S 0.70 0.12 0.00
179_T 28_I 0.70 0.12 0.00
214_D 776_K 0.69 0.12 0.00
32_V 168_E 0.69 0.12 0.00
61_I 147_F 0.69 0.12 0.00
132_S 757_E 0.69 0.12 0.00
317_Y 653_N 0.69 0.12 0.00
332_Y 125_G 0.69 0.12 0.00
240_G 883_D 0.69 0.12 0.00
440_G 810_M 0.69 0.12 0.00
269_V 167_R 0.69 0.12 0.00
22_R 801_Q 0.69 0.12 0.00
105_I 146_L 0.69 0.12 0.00
62_E 618_I 0.69 0.12 0.00
119_Y 575_S 0.69 0.12 0.00
176_E 334_I 0.69 0.12 0.00
82_I 2_L 0.69 0.12 0.00
381_I 800_K 0.69 0.12 0.00
187_I 611_G 0.69 0.12 0.00
68_S 648_Y 0.69 0.12 0.00
239_R 821_E 0.69 0.12 0.00
386_L 231_D 0.69 0.12 0.00
40_P 136_A 0.69 0.12 0.00
286_F 782_M 0.69 0.12 0.00
70_G 213_S 0.69 0.12 0.00
183_I 726_K 0.69 0.12 0.00
284_I 13_R 0.69 0.12 0.00
317_Y 338_E 0.69 0.12 0.00
370_M 140_A 0.69 0.12 0.00
407_L 286_L 0.69 0.12 0.00
72_L 305_M 0.69 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11289 0.07 SecY-SecA Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
0262 0.88 secya Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.02 Done
0261 0.79 secya Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done - Shared
0141 0.79 SecY-SecA Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done
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