May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_B_cIII_isp
Genes: A B A+B
Length: 613 190 791
Sequences: 2092 971 177
Seq/Len: 3.41 5.11 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.56
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.01 0.00
10 0.00 0.01 0.00
20 0.00 0.01 0.00
100 0.00 0.01 0.03
∞ 0.01 0.02 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
362_I 39_V 1.36 0.27 0.00
77_F 150_W 1.31 0.24 0.00
169_K 173_N 1.30 0.24 0.00
403_L 188_K 1.25 0.22 0.00
93_T 94_L 1.25 0.22 0.00
396_F 74_K 1.25 0.22 0.00
376_Y 30_A 1.24 0.21 0.00
462_I 78_I 1.23 0.21 0.00
421_G 17_D 1.21 0.20 0.00
194_T 59_S 1.20 0.20 0.00
435_I 39_V 1.20 0.20 0.00
17_L 78_I 1.20 0.20 0.00
133_A 151_F 1.19 0.19 0.00
36_G 35_A 1.19 0.19 0.00
440_K 184_D 1.18 0.19 0.00
87_T 189_L 1.18 0.19 0.00
148_L 47_D 1.17 0.19 0.00
169_K 170_A 1.17 0.19 0.00
376_Y 129_I 1.17 0.19 0.00
169_K 164_R 1.17 0.19 0.00
336_M 41_Q 1.17 0.18 0.00
273_F 184_D 1.16 0.18 0.00
160_D 181_F 1.16 0.18 0.00
383_G 41_Q 1.15 0.18 0.00
326_Q 22_A 1.15 0.18 0.00
420_V 128_M 1.15 0.18 0.00
20_F 61_V 1.15 0.18 0.00
308_L 83_E 1.15 0.18 0.00
160_D 46_A 1.14 0.18 0.00
43_L 186_T 1.12 0.17 0.00
358_H 45_S 1.11 0.17 0.00
187_I 131_V 1.11 0.16 0.00
331_A 34_A 1.10 0.16 0.00
435_I 189_L 1.09 0.16 0.00
169_K 157_S 1.07 0.15 0.00
464_S 78_I 1.07 0.15 0.00
325_V 35_A 1.07 0.15 0.00
358_H 54_I 1.07 0.15 0.00
17_L 31_A 1.06 0.15 0.00
427_L 84_D 1.06 0.15 0.00
40_L 187_I 1.05 0.15 0.00
194_T 129_I 1.05 0.14 0.00
169_K 81_R 1.05 0.14 0.00
78_N 150_W 1.04 0.14 0.00
549_F 19_L 1.04 0.14 0.00
158_Y 178_V 1.04 0.14 0.00
265_L 48_V 1.04 0.14 0.00
112_G 145_G 1.04 0.14 0.00
354_L 77_F 1.03 0.14 0.00
403_L 83_E 1.03 0.14 0.00
331_A 178_V 1.03 0.14 0.00
394_A 131_V 1.03 0.14 0.00
430_F 150_W 1.03 0.14 0.00
64_L 65_T 1.02 0.14 0.00
301_Q 164_R 1.02 0.14 0.00
109_G 176_I 1.02 0.14 0.00
199_E 58_V 1.01 0.13 0.00
288_A 20_Y 1.01 0.13 0.00
463_L 150_W 1.01 0.13 0.00
301_Q 173_N 1.00 0.13 0.00
56_G 68_T 1.00 0.13 0.00
420_V 61_V 1.00 0.13 0.00
101_M 39_V 0.98 0.13 0.00
590_Y 181_F 0.98 0.12 0.00
22_R 34_A 0.97 0.12 0.00
386_L 30_A 0.97 0.12 0.00
461_L 124_E 0.96 0.12 0.00
91_V 42_M 0.96 0.12 0.00
280_L 189_L 0.96 0.12 0.00
78_N 38_L 0.96 0.12 0.00
331_A 42_M 0.96 0.12 0.00
542_D 164_R 0.95 0.12 0.00
20_F 178_V 0.95 0.12 0.00
233_L 47_D 0.95 0.12 0.00
93_T 49_Q 0.95 0.12 0.00
41_A 78_I 0.95 0.12 0.00
109_G 70_K 0.94 0.12 0.00
542_D 81_R 0.94 0.12 0.00
234_P 45_S 0.94 0.12 0.00
133_A 93_D 0.94 0.11 0.00
93_T 123_G 0.94 0.11 0.00
501_A 29_V 0.94 0.11 0.00
378_C 72_L 0.93 0.11 0.00
267_A 78_I 0.93 0.11 0.00
276_T 189_L 0.93 0.11 0.00
307_V 68_T 0.93 0.11 0.00
542_D 173_N 0.93 0.11 0.00
85_S 46_A 0.93 0.11 0.00
289_V 126_L 0.93 0.11 0.00
329_D 40_N 0.93 0.11 0.00
396_F 128_M 0.93 0.11 0.00
360_Q 170_A 0.92 0.11 0.00
389_L 28_T 0.92 0.11 0.00
188_L 78_I 0.92 0.11 0.00
169_K 160_D 0.92 0.11 0.00
158_Y 176_I 0.92 0.11 0.00
370_K 33_A 0.92 0.11 0.00
323_L 162_S 0.92 0.11 0.00
173_V 27_G 0.92 0.11 0.00
234_P 150_W 0.91 0.11 0.00
49_G 188_K 0.91 0.11 0.00
403_L 67_L 0.91 0.11 0.00
7_T 24_A 0.91 0.11 0.00
327_A 179_A 0.91 0.11 0.00
458_I 167_R 0.91 0.11 0.00
331_A 131_V 0.91 0.11 0.00
200_M 61_V 0.90 0.11 0.00
173_V 81_R 0.90 0.10 0.00
393_T 22_A 0.90 0.10 0.00
282_L 189_L 0.90 0.10 0.00
280_L 38_L 0.90 0.10 0.00
370_K 115_E 0.90 0.10 0.00
326_Q 47_D 0.90 0.10 0.00
301_Q 81_R 0.90 0.10 0.00
585_L 131_V 0.90 0.10 0.00
427_L 86_I 0.90 0.10 0.00
168_M 176_I 0.90 0.10 0.00
43_L 87_Q 0.90 0.10 0.00
331_A 32_G 0.90 0.10 0.00
436_V 147_F 0.90 0.10 0.00
410_G 127_V 0.89 0.10 0.00
165_A 61_V 0.89 0.10 0.00
363_F 148_G 0.89 0.10 0.00
381_V 18_F 0.89 0.10 0.00
22_R 22_A 0.89 0.10 0.00
430_F 79_R 0.89 0.10 0.00
301_Q 170_A 0.88 0.10 0.00
169_K 64_G 0.88 0.10 0.00
591_L 184_D 0.88 0.10 0.00
15_F 92_V 0.88 0.10 0.00
42_A 151_F 0.88 0.10 0.00
194_T 32_G 0.87 0.10 0.00
10_L 74_K 0.87 0.10 0.00
192_L 40_N 0.87 0.10 0.00
87_T 12_G 0.87 0.10 0.00
138_L 157_S 0.87 0.10 0.00
426_S 182_L 0.87 0.10 0.00
192_L 79_R 0.87 0.10 0.00
17_L 84_D 0.87 0.10 0.00
36_G 58_V 0.86 0.10 0.00
197_F 150_W 0.86 0.10 0.00
294_A 77_F 0.86 0.10 0.00
323_L 48_V 0.86 0.10 0.00
266_I 94_L 0.86 0.10 0.00
382_G 157_S 0.86 0.10 0.00
182_A 29_V 0.86 0.10 0.00
457_L 82_T 0.86 0.10 0.00
26_S 168_G 0.86 0.10 0.00
218_A 34_A 0.86 0.10 0.00
273_F 189_L 0.86 0.10 0.00
344_L 30_A 0.86 0.10 0.00
421_G 49_Q 0.86 0.10 0.00
98_L 19_L 0.86 0.10 0.00
234_P 47_D 0.86 0.10 0.00
269_T 62_E 0.86 0.10 0.00
169_K 149_G 0.86 0.10 0.00
420_V 31_A 0.86 0.10 0.00
301_Q 160_D 0.86 0.10 0.00
286_V 176_I 0.86 0.10 0.00
453_H 129_I 0.85 0.10 0.00
58_Q 31_A 0.85 0.09 0.00
408_A 80_R 0.85 0.09 0.00
62_Q 77_F 0.85 0.09 0.00
85_S 67_L 0.85 0.09 0.00
194_T 138_V 0.85 0.09 0.00
358_H 174_L 0.85 0.09 0.00
71_G 56_V 0.85 0.09 0.00
320_F 138_V 0.85 0.09 0.00
195_L 45_S 0.84 0.09 0.00
22_R 183_D 0.84 0.09 0.00
205_P 182_L 0.84 0.09 0.00
330_A 66_Q 0.84 0.09 0.00
242_A 77_F 0.84 0.09 0.00
368_L 112_A 0.84 0.09 0.00
325_V 63_T 0.84 0.09 0.00
367_G 29_V 0.84 0.09 0.00
313_M 159_Y 0.84 0.09 0.00
394_A 49_Q 0.84 0.09 0.00
446_H 35_A 0.83 0.09 0.00
330_A 26_A 0.83 0.09 0.00
169_K 97_L 0.83 0.09 0.00
438_H 30_A 0.83 0.09 0.00
64_L 32_G 0.83 0.09 0.00
14_G 185_T 0.83 0.09 0.00
542_D 170_A 0.83 0.09 0.00
542_D 149_G 0.83 0.09 0.00
20_F 28_T 0.83 0.09 0.00
48_I 52_A 0.82 0.09 0.00
181_L 32_G 0.82 0.09 0.00
224_G 13_A 0.82 0.09 0.00
408_A 76_V 0.82 0.09 0.00
323_L 38_L 0.82 0.09 0.00
280_L 72_L 0.82 0.09 0.00
64_L 58_V 0.82 0.09 0.00
44_V 30_A 0.81 0.09 0.00
226_A 22_A 0.81 0.09 0.00
101_M 189_L 0.81 0.09 0.00
356_C 124_E 0.81 0.09 0.00
323_L 35_A 0.81 0.09 0.00
382_G 37_T 0.81 0.09 0.00
360_Q 157_S 0.81 0.09 0.00
138_L 170_A 0.81 0.09 0.00
231_A 164_R 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2412 0.45 cI_B_cIII_isp Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 1) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
2411 0.22 cI_B_cIII_isp Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.4333 seconds.