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OPENSEQ.org
cI_B_cIII_cyt1
Genes: A B A+B
Length: 613 263 854
Sequences: 2092 574 102
Seq/Len: 3.41 2.18 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.45
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.00
2 0.00 0.01 0.00
5 0.00 0.01 0.00
10 0.00 0.01 0.00
20 0.00 0.01 0.00
100 0.00 0.01 0.02
∞ 0.01 0.02 0.12
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
19_A 105_R 1.86 0.39 0.00
133_A 224_M 1.64 0.28 0.00
133_A 232_F 1.56 0.25 0.00
326_Q 223_K 1.56 0.25 0.00
204_A 180_A 1.35 0.18 0.00
307_V 47_L 1.32 0.17 0.00
226_A 47_L 1.31 0.17 0.00
90_S 206_D 1.31 0.17 0.00
64_L 232_F 1.30 0.16 0.00
436_V 47_L 1.28 0.16 0.00
33_V 82_E 1.25 0.15 0.00
373_P 48_Q 1.23 0.14 0.00
168_M 168_E 1.23 0.14 0.00
215_L 144_L 1.23 0.14 0.00
15_F 251_K 1.22 0.14 0.00
172_V 64_L 1.22 0.14 0.00
85_S 246_Y 1.21 0.14 0.00
118_A 29_E 1.20 0.14 0.00
93_T 237_F 1.19 0.13 0.00
276_T 130_R 1.16 0.13 0.00
224_G 208_M 1.16 0.13 0.00
226_A 217_M 1.13 0.12 0.00
201_V 59_S 1.13 0.12 0.00
362_I 95_T 1.13 0.12 0.00
369_R 214_A 1.13 0.12 0.00
90_S 68_P 1.12 0.12 0.00
194_T 229_Q 1.11 0.12 0.00
234_P 223_K 1.11 0.12 0.00
325_V 230_V 1.11 0.12 0.00
215_L 134_H 1.10 0.11 0.00
405_G 193_D 1.10 0.11 0.00
389_L 130_R 1.10 0.11 0.00
159_T 94_I 1.10 0.11 0.00
424_M 256_I 1.07 0.11 0.00
552_P 220_A 1.06 0.11 0.00
167_A 161_Y 1.06 0.10 0.00
33_V 108_T 1.06 0.10 0.00
44_V 85_V 1.06 0.10 0.00
321_L 147_G 1.05 0.10 0.00
117_F 147_G 1.05 0.10 0.00
417_A 164_E 1.05 0.10 0.00
283_V 30_D 1.05 0.10 0.00
374_L 94_I 1.05 0.10 0.00
433_I 192_D 1.05 0.10 0.00
182_A 209_A 1.04 0.10 0.00
396_F 250_K 1.04 0.10 0.00
148_L 33_F 1.04 0.10 0.00
133_A 206_D 1.03 0.10 0.00
391_L 105_R 1.03 0.10 0.00
396_F 29_E 1.03 0.10 0.00
72_D 141_L 1.03 0.10 0.00
16_V 156_A 1.02 0.10 0.00
226_A 214_A 1.02 0.10 0.00
556_I 178_A 1.02 0.10 0.00
436_V 39_F 1.02 0.10 0.00
321_L 146_N 1.02 0.10 0.00
389_L 115_S 1.01 0.10 0.00
409_N 82_E 1.01 0.10 0.00
64_L 184_I 1.01 0.10 0.00
122_L 139_T 1.00 0.09 0.00
461_L 185_Q 1.00 0.09 0.00
135_N 55_T 1.00 0.09 0.00
330_A 249_N 1.00 0.09 0.00
71_G 244_L 1.00 0.09 0.00
369_R 213_A 0.99 0.09 0.00
93_T 92_F 0.99 0.09 0.00
15_F 28_I 0.99 0.09 0.00
241_D 218_W 0.99 0.09 0.00
394_A 143_Q 0.99 0.09 0.00
438_H 250_K 0.99 0.09 0.00
97_F 127_A 0.99 0.09 0.00
449_K 105_R 0.98 0.09 0.00
104_S 67_V 0.98 0.09 0.00
133_A 10_T 0.98 0.09 0.00
383_G 223_K 0.98 0.09 0.00
470_L 110_H 0.97 0.09 0.00
62_Q 236_I 0.97 0.09 0.00
73_F 253_W 0.97 0.09 0.00
344_L 139_T 0.97 0.09 0.00
396_F 182_N 0.96 0.09 0.00
387_S 46_Q 0.96 0.09 0.00
272_L 179_F 0.96 0.09 0.00
187_I 42_F 0.96 0.09 0.00
391_L 213_A 0.96 0.09 0.00
220_L 107_P 0.96 0.09 0.00
161_P 220_A 0.96 0.09 0.00
307_V 46_Q 0.95 0.09 0.00
181_L 64_L 0.95 0.09 0.00
182_A 171_A 0.95 0.09 0.00
117_F 204_T 0.95 0.09 0.00
160_D 52_Q 0.95 0.09 0.00
192_L 108_T 0.95 0.09 0.00
475_L 181_G 0.95 0.09 0.00
558_W 144_L 0.95 0.09 0.00
7_T 69_L 0.95 0.09 0.00
200_M 174_Y 0.95 0.09 0.00
117_F 146_N 0.95 0.09 0.00
194_T 95_T 0.95 0.09 0.00
168_M 187_A 0.95 0.09 0.00
136_L 156_A 0.94 0.08 0.00
426_S 232_F 0.94 0.08 0.00
79_L 196_T 0.94 0.08 0.00
241_D 76_G 0.94 0.08 0.00
161_P 226_D 0.94 0.08 0.00
188_L 81_P 0.94 0.08 0.00
282_L 240_V 0.94 0.08 0.00
135_N 154_I 0.94 0.08 0.00
117_F 184_I 0.94 0.08 0.00
369_R 154_I 0.93 0.08 0.00
137_L 100_E 0.93 0.08 0.00
134_D 133_F 0.93 0.08 0.00
283_V 182_N 0.92 0.08 0.00
278_E 240_V 0.92 0.08 0.00
280_L 246_Y 0.92 0.08 0.00
128_V 238_L 0.92 0.08 0.00
451_V 198_E 0.92 0.08 0.00
78_N 192_D 0.92 0.08 0.00
33_V 91_N 0.92 0.08 0.00
463_L 71_T 0.92 0.08 0.00
357_H 151_P 0.92 0.08 0.00
357_H 253_W 0.91 0.08 0.00
446_H 180_A 0.91 0.08 0.00
118_A 112_P 0.91 0.08 0.00
424_M 247_L 0.91 0.08 0.00
392_V 177_A 0.91 0.08 0.00
388_A 37_G 0.91 0.08 0.00
73_F 194_Q 0.91 0.08 0.00
117_F 122_D 0.91 0.08 0.00
438_H 81_P 0.91 0.08 0.00
133_A 73_A 0.90 0.08 0.00
405_G 250_K 0.90 0.08 0.00
157_Y 140_G 0.90 0.08 0.00
41_A 134_H 0.90 0.08 0.00
114_S 224_M 0.90 0.08 0.00
556_I 154_I 0.90 0.08 0.00
249_V 34_S 0.89 0.08 0.00
356_C 177_A 0.89 0.08 0.00
16_V 240_V 0.89 0.08 0.00
397_F 46_Q 0.89 0.08 0.00
20_F 154_I 0.89 0.08 0.00
298_A 214_A 0.89 0.08 0.00
168_M 69_L 0.89 0.08 0.00
81_L 151_P 0.89 0.08 0.00
307_V 214_A 0.89 0.08 0.00
435_I 75_E 0.89 0.08 0.00
409_N 69_L 0.89 0.07 0.00
188_L 149_G 0.89 0.07 0.00
403_L 85_V 0.89 0.07 0.00
157_Y 138_G 0.89 0.07 0.00
133_A 143_Q 0.89 0.07 0.00
562_R 144_L 0.89 0.07 0.00
133_A 85_V 0.89 0.07 0.00
332_I 83_D 0.88 0.07 0.00
117_F 233_V 0.88 0.07 0.00
570_N 39_F 0.88 0.07 0.00
283_V 19_A 0.88 0.07 0.00
38_V 240_V 0.88 0.07 0.00
356_C 185_Q 0.88 0.07 0.00
133_A 64_L 0.87 0.07 0.00
277_P 48_Q 0.87 0.07 0.00
330_A 247_L 0.87 0.07 0.00
93_T 44_Q 0.87 0.07 0.00
440_K 64_L 0.87 0.07 0.00
148_L 223_K 0.87 0.07 0.00
376_Y 81_P 0.87 0.07 0.00
228_G 222_P 0.87 0.07 0.00
349_S 85_V 0.87 0.07 0.00
148_L 230_V 0.87 0.07 0.00
265_L 189_P 0.87 0.07 0.00
435_I 9_T 0.87 0.07 0.00
134_D 90_A 0.87 0.07 0.00
548_V 182_N 0.87 0.07 0.00
9_I 93_D 0.87 0.07 0.00
277_P 130_R 0.87 0.07 0.00
344_L 140_G 0.87 0.07 0.00
454_S 256_I 0.87 0.07 0.00
158_Y 187_A 0.86 0.07 0.00
265_L 210_T 0.86 0.07 0.00
392_V 42_F 0.86 0.07 0.00
276_T 63_G 0.86 0.07 0.00
459_V 83_D 0.86 0.07 0.00
357_H 219_T 0.86 0.07 0.00
413_N 256_I 0.86 0.07 0.00
193_G 256_I 0.86 0.07 0.00
86_L 214_A 0.86 0.07 0.00
160_D 98_E 0.86 0.07 0.00
407_M 155_H 0.85 0.07 0.00
168_M 224_M 0.85 0.07 0.00
10_L 98_E 0.85 0.07 0.00
344_L 138_G 0.85 0.07 0.00
284_G 105_R 0.85 0.07 0.00
373_P 135_G 0.85 0.07 0.00
419_L 247_L 0.85 0.07 0.00
71_G 39_F 0.85 0.07 0.00
64_L 236_I 0.85 0.07 0.00
194_T 248_T 0.85 0.07 0.00
183_F 59_S 0.85 0.07 0.00
327_A 142_S 0.85 0.07 0.00
204_A 137_Y 0.84 0.07 0.00
242_A 218_W 0.84 0.07 0.00
133_A 90_A 0.84 0.07 0.00
188_L 210_T 0.84 0.07 0.00
427_L 143_Q 0.84 0.07 0.00
219_T 178_A 0.84 0.07 0.00
356_C 245_L 0.84 0.07 0.00
445_A 205_V 0.84 0.07 0.00
372_I 42_F 0.84 0.07 0.00
570_N 151_P 0.84 0.07 0.00
407_M 55_T 0.84 0.07 0.00
394_A 37_G 0.84 0.07 0.00
226_A 223_K 0.84 0.07 0.00
588_N 104_P 0.84 0.07 0.00
283_V 208_M 0.84 0.07 0.00
161_P 67_V 0.84 0.07 0.00
129_V 154_I 0.84 0.07 0.00
396_F 69_L 0.83 0.07 0.00
497_S 219_T 0.83 0.07 0.00
421_G 89_A 0.83 0.07 0.00
269_T 145_F 0.83 0.07 0.00
496_T 152_E 0.83 0.07 0.00
46_A 69_L 0.83 0.07 0.00
407_M 80_L 0.83 0.07 0.00
332_I 21_D 0.83 0.07 0.00
111_E 257_K 0.83 0.07 0.00
282_L 74_D 0.83 0.07 0.00
332_I 31_I 0.83 0.07 0.00
219_T 234_S 0.83 0.07 0.00
557_A 171_A 0.83 0.07 0.00
104_S 110_H 0.83 0.07 0.00
283_V 206_D 0.83 0.07 0.00
280_L 108_T 0.83 0.07 0.00
307_V 251_K 0.83 0.07 0.00
172_V 177_A 0.83 0.07 0.00
365_M 140_G 0.83 0.07 0.00
41_A 155_H 0.82 0.07 0.00
440_K 196_T 0.82 0.07 0.00
24_R 154_I 0.82 0.07 0.00
64_L 130_R 0.82 0.07 0.00
188_L 245_L 0.82 0.07 0.00
344_L 142_S 0.82 0.07 0.00
205_P 78_P 0.82 0.07 0.00
220_L 154_I 0.82 0.07 0.00
220_L 234_S 0.82 0.07 0.00
242_A 53_V 0.82 0.07 0.00
356_C 183_W 0.82 0.07 0.00
306_R 63_G 0.82 0.07 0.00
442_Q 59_S 0.82 0.07 0.00
544_L 252_L 0.82 0.07 0.00
32_I 155_H 0.82 0.07 0.00
386_L 180_A 0.82 0.07 0.00
215_L 32_S 0.82 0.07 0.00
76_G 185_Q 0.82 0.07 0.00
465_T 250_K 0.81 0.07 0.00
365_M 142_S 0.81 0.07 0.00
137_L 254_Q 0.81 0.07 0.00
419_L 144_L 0.81 0.07 0.00
137_L 113_T 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2450 0.21 cI_L_cIII_cyt1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 1) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
2449 0.18 cI_L_cIII_cyt1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
2413 0.21 cI_B_cIII_cyt1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 1) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
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