May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_C_D_60_40
Genes: A B A+B
Length: 509 485 966
Sequences: 1997 1691 1481
Seq/Len: 3.92 3.49 1.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.31
2 0.00 0.00 1.32
5 0.01 0.00 1.35
10 0.01 0.00 1.36
20 0.01 0.01 1.38
100 0.01 0.01 1.41
∞ 0.03 0.02 1.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
179_Q 386_I 2.29 0.99 0.98
183_L 419_A 1.72 0.94 0.86
187_I 403_V 1.58 0.90 0.79
183_L 415_V 1.45 0.84 0.69
349_G 142_L 1.17 0.62 0.41
155_A 434_L 1.15 0.60 0.39
187_I 411_V 1.12 0.57 0.36
230_A 242_L 1.10 0.55 0.34
389_L 394_G 1.09 0.54 0.33
79_I 163_S 1.08 0.53 0.32
176_I 419_A 1.08 0.53 0.32
180_A 419_A 1.08 0.53 0.32
117_H 297_L 1.07 0.52 0.31
169_T 172_F 1.05 0.50 0.29
445_F 155_A 1.05 0.50 0.29
246_D 172_F 1.04 0.49 0.28
432_A 305_H 0.99 0.43 0.23
258_D 399_L 0.98 0.42 0.22
400_G 213_G 0.97 0.42 0.22
408_F 386_I 0.97 0.41 0.22
334_S 161_I 0.92 0.36 0.18
372_R 378_V 0.92 0.36 0.17
41_A 469_V 0.91 0.35 0.17
86_L 257_L 0.91 0.35 0.17
185_M 108_L 0.90 0.35 0.17
176_I 422_L 0.88 0.33 0.15
38_L 112_A 0.88 0.33 0.15
476_V 344_V 0.88 0.33 0.15
419_P 168_S 0.87 0.32 0.14
245_P 388_M 0.86 0.32 0.14
297_G 165_A 0.86 0.31 0.14
146_M 305_H 0.86 0.31 0.14
355_L 184_L 0.85 0.30 0.13
155_A 432_L 0.85 0.30 0.13
261_G 399_L 0.85 0.30 0.13
184_V 416_V 0.85 0.30 0.13
230_A 389_T 0.85 0.30 0.13
137_F 396_F 0.84 0.29 0.13
276_L 202_L 0.84 0.29 0.13
302_A 376_M 0.84 0.29 0.12
310_D 234_A 0.83 0.29 0.12
227_F 206_G 0.83 0.28 0.12
176_I 206_G 0.83 0.28 0.12
447_K 283_F 0.83 0.28 0.12
34_I 263_V 0.83 0.28 0.12
415_F 81_L 0.82 0.28 0.12
483_Q 308_Y 0.82 0.27 0.11
16_L 152_S 0.82 0.27 0.11
328_I 285_N 0.82 0.27 0.11
343_I 161_I 0.82 0.27 0.11
79_I 258_F 0.81 0.27 0.11
297_G 161_I 0.81 0.27 0.11
33_L 177_V 0.81 0.27 0.11
331_Y 162_L 0.81 0.27 0.11
461_S 335_F 0.81 0.26 0.11
406_G 135_I 0.81 0.26 0.11
323_M 165_A 0.80 0.26 0.11
177_Y 220_L 0.80 0.26 0.11
148_V 381_L 0.80 0.26 0.11
489_S 308_Y 0.79 0.25 0.10
326_V 129_F 0.79 0.25 0.10
368_T 113_A 0.79 0.25 0.10
210_L 389_T 0.79 0.25 0.10
122_W 378_V 0.79 0.25 0.10
368_T 31_R 0.79 0.25 0.10
302_A 242_L 0.79 0.25 0.10
95_G 311_V 0.79 0.25 0.10
417_V 79_L 0.79 0.25 0.10
91_V 26_L 0.78 0.25 0.10
354_G 306_L 0.78 0.25 0.10
339_Q 377_T 0.78 0.25 0.10
187_I 415_V 0.78 0.25 0.10
480_F 82_L 0.78 0.24 0.10
469_L 41_S 0.78 0.24 0.10
246_D 216_F 0.78 0.24 0.10
105_S 308_Y 0.78 0.24 0.09
153_L 135_I 0.78 0.24 0.09
175_F 426_L 0.77 0.24 0.09
435_Y 133_E 0.77 0.24 0.09
279_F 305_H 0.77 0.23 0.09
53_S 297_L 0.76 0.23 0.09
320_V 178_Y 0.76 0.23 0.09
354_G 104_E 0.76 0.23 0.09
156_L 252_G 0.76 0.23 0.09
261_G 372_L 0.76 0.23 0.09
351_S 175_A 0.76 0.23 0.09
457_L 286_L 0.76 0.23 0.09
287_A 181_S 0.76 0.23 0.09
170_A 418_S 0.76 0.23 0.09
90_M 129_F 0.76 0.23 0.09
351_S 246_S 0.76 0.23 0.08
337_A 175_A 0.75 0.22 0.08
96_L 277_A 0.75 0.22 0.08
423_V 374_A 0.75 0.22 0.08
9_I 82_L 0.75 0.22 0.08
94_T 386_I 0.75 0.22 0.08
233_V 361_S 0.74 0.22 0.08
149_P 133_E 0.74 0.22 0.08
425_S 318_T 0.74 0.22 0.08
334_S 177_V 0.74 0.22 0.08
473_V 310_L 0.74 0.21 0.08
190_L 396_F 0.74 0.21 0.08
128_I 206_G 0.74 0.21 0.08
362_L 162_L 0.74 0.21 0.08
169_T 128_L 0.74 0.21 0.08
12_I 313_L 0.73 0.21 0.07
411_L 139_L 0.73 0.21 0.07
189_I 264_G 0.73 0.21 0.07
385_P 155_A 0.73 0.21 0.07
143_W 398_V 0.73 0.21 0.07
411_L 421_G 0.73 0.21 0.07
360_G 122_A 0.73 0.21 0.07
390_F 427_R 0.73 0.21 0.07
230_A 135_I 0.73 0.21 0.07
439_M 177_V 0.73 0.20 0.07
347_A 283_F 0.73 0.20 0.07
174_F 423_Y 0.72 0.20 0.07
262_I 66_L 0.72 0.20 0.07
96_L 360_F 0.72 0.20 0.07
483_Q 186_F 0.72 0.20 0.07
104_C 371_I 0.72 0.20 0.07
422_T 167_S 0.72 0.20 0.07
438_A 433_Y 0.72 0.20 0.07
400_G 339_G 0.72 0.20 0.07
120_L 419_A 0.72 0.20 0.07
75_F 286_L 0.72 0.20 0.07
448_A 166_A 0.71 0.20 0.07
151_Y 106_Y 0.71 0.20 0.07
91_V 57_Q 0.71 0.20 0.07
141_F 219_S 0.71 0.20 0.07
105_S 278_F 0.71 0.20 0.07
55_T 142_L 0.71 0.20 0.07
415_F 241_F 0.71 0.19 0.07
168_I 380_M 0.71 0.19 0.07
174_F 344_V 0.70 0.19 0.07
249_S 175_A 0.70 0.19 0.06
390_F 389_T 0.70 0.19 0.06
272_L 303_I 0.70 0.19 0.06
130_V 172_F 0.70 0.19 0.06
481_Y 189_L 0.70 0.19 0.06
351_S 430_V 0.70 0.19 0.06
396_L 305_H 0.70 0.19 0.06
91_V 375_V 0.70 0.19 0.06
233_V 215_G 0.70 0.19 0.06
469_L 207_F 0.70 0.19 0.06
321_S 227_T 0.70 0.19 0.06
90_M 288_A 0.70 0.19 0.06
130_V 383_L 0.70 0.19 0.06
442_R 108_L 0.70 0.19 0.06
172_T 430_V 0.70 0.19 0.06
214_P 367_W 0.70 0.19 0.06
450_S 279_A 0.70 0.18 0.06
365_R 426_L 0.70 0.18 0.06
271_L 336_S 0.70 0.18 0.06
371_M 245_A 0.69 0.18 0.06
472_V 156_S 0.69 0.18 0.06
347_A 336_S 0.69 0.18 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2373 1.53 cI_C_D_60_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.98 Done - Shared
2371 0.67 cI_C_D_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.09 Done - Shared
2369 0.14 cI_C_D Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 1) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
Page generated in 1.314 seconds.