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OPENSEQ.org
cI_C_D
Genes: A B A+B
Length: 509 485 987
Sequences: 918 144 134
Seq/Len: 1.8 0.3 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.13
2 0.00 0.00 0.13
5 0.00 0.00 0.13
10 0.00 0.00 0.13
20 0.00 0.00 0.13
100 0.00 0.00 0.13
∞ 0.01 0.00 0.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
306_F 474_L 1.66 0.32 0.00
405_V 112_A 1.64 0.32 0.00
433_S 281_I 1.56 0.28 0.00
188_A 415_V 1.52 0.26 0.00
488_T 116_G 1.48 0.24 0.00
91_V 31_R 1.47 0.24 0.00
74_R 324_E 1.47 0.24 0.00
200_T 423_Y 1.44 0.23 0.00
476_V 281_I 1.43 0.23 0.00
401_T 299_G 1.41 0.22 0.00
125_G 347_M 1.40 0.21 0.00
338_Y 232_Q 1.40 0.21 0.00
235_M 94_W 1.40 0.21 0.00
240_L 463_L 1.37 0.20 0.00
91_V 75_L 1.37 0.20 0.00
118_L 347_M 1.37 0.20 0.00
477_L 253_V 1.35 0.20 0.00
110_E 380_M 1.34 0.19 0.00
74_R 397_Y 1.34 0.19 0.00
307_A 137_L 1.33 0.19 0.00
82_A 421_G 1.32 0.19 0.00
140_F 163_S 1.32 0.19 0.00
133_A 462_L 1.32 0.18 0.00
235_M 390_L 1.31 0.18 0.00
54_L 177_V 1.30 0.18 0.00
240_L 359_L 1.30 0.18 0.00
306_F 407_L 1.28 0.17 0.00
306_F 238_V 1.27 0.17 0.00
440_L 325_A 1.27 0.17 0.00
204_T 276_I 1.27 0.17 0.00
117_H 428_V 1.26 0.17 0.00
267_A 138_P 1.26 0.17 0.00
271_L 281_I 1.26 0.17 0.00
213_T 433_Y 1.26 0.17 0.00
481_Y 423_Y 1.26 0.17 0.00
289_I 76_Y 1.26 0.17 0.00
459_G 299_G 1.25 0.16 0.00
422_T 398_V 1.25 0.16 0.00
191_A 189_L 1.25 0.16 0.00
118_L 138_P 1.23 0.16 0.00
362_L 423_Y 1.22 0.16 0.00
118_L 448_W 1.22 0.16 0.00
471_L 28_I 1.22 0.15 0.00
485_I 189_L 1.22 0.15 0.00
475_L 15_L 1.22 0.15 0.00
352_A 131_G 1.22 0.15 0.00
431_F 16_I 1.22 0.15 0.00
460_M 294_I 1.21 0.15 0.00
21_E 257_L 1.21 0.15 0.00
240_L 43_I 1.21 0.15 0.00
141_F 257_L 1.21 0.15 0.00
295_V 336_S 1.21 0.15 0.00
390_F 281_I 1.21 0.15 0.00
249_S 94_W 1.21 0.15 0.00
168_I 430_V 1.21 0.15 0.00
422_T 130_L 1.20 0.15 0.00
408_F 103_D 1.20 0.15 0.00
468_I 281_I 1.20 0.15 0.00
156_L 434_L 1.20 0.15 0.00
409_M 276_I 1.19 0.15 0.00
228_F 32_R 1.19 0.15 0.00
21_E 432_L 1.19 0.15 0.00
496_I 232_Q 1.19 0.14 0.00
389_L 394_G 1.18 0.14 0.00
487_D 269_I 1.18 0.14 0.00
498_Q 41_S 1.18 0.14 0.00
121_M 215_G 1.18 0.14 0.00
361_Q 138_P 1.18 0.14 0.00
303_W 232_Q 1.17 0.14 0.00
202_V 143_V 1.17 0.14 0.00
353_A 219_S 1.17 0.14 0.00
141_F 376_M 1.17 0.14 0.00
132_L 337_S 1.16 0.14 0.00
398_M 142_L 1.16 0.14 0.00
233_V 25_M 1.16 0.14 0.00
240_L 4_T 1.16 0.14 0.00
332_T 324_E 1.16 0.14 0.00
287_A 336_S 1.15 0.14 0.00
140_F 417_G 1.15 0.14 0.00
180_A 164_A 1.15 0.14 0.00
434_V 281_I 1.14 0.13 0.00
329_A 232_Q 1.14 0.13 0.00
346_I 167_S 1.14 0.13 0.00
289_I 9_I 1.14 0.13 0.00
9_I 156_S 1.14 0.13 0.00
109_I 224_H 1.14 0.13 0.00
331_Y 239_S 1.14 0.13 0.00
86_L 403_V 1.13 0.13 0.00
354_G 147_F 1.13 0.13 0.00
103_L 150_K 1.13 0.13 0.00
408_F 142_L 1.12 0.13 0.00
387_L 475_I 1.12 0.13 0.00
123_I 172_F 1.12 0.13 0.00
13_G 251_F 1.12 0.13 0.00
409_M 336_S 1.12 0.13 0.00
90_M 87_T 1.11 0.13 0.00
267_A 299_G 1.11 0.13 0.00
492_A 273_L 1.11 0.13 0.00
443_A 121_N 1.11 0.13 0.00
187_I 357_D 1.11 0.13 0.00
99_V 80_V 1.11 0.12 0.00
363_Y 138_P 1.10 0.12 0.00
128_I 436_A 1.10 0.12 0.00
235_M 209_L 1.10 0.12 0.00
242_G 432_L 1.10 0.12 0.00
101_A 181_S 1.10 0.12 0.00
249_S 451_S 1.09 0.12 0.00
309_T 202_L 1.09 0.12 0.00
240_L 464_V 1.09 0.12 0.00
257_V 25_M 1.09 0.12 0.00
331_Y 138_P 1.09 0.12 0.00
471_L 297_L 1.09 0.12 0.00
125_G 46_N 1.09 0.12 0.00
289_I 33_N 1.09 0.12 0.00
235_M 132_I 1.09 0.12 0.00
318_T 181_S 1.09 0.12 0.00
187_I 353_G 1.08 0.12 0.00
297_G 374_A 1.08 0.12 0.00
127_V 242_L 1.08 0.12 0.00
331_Y 147_F 1.08 0.12 0.00
389_L 119_L 1.07 0.12 0.00
10_P 328_V 1.07 0.12 0.00
140_F 219_S 1.07 0.12 0.00
445_F 27_S 1.07 0.12 0.00
387_L 278_F 1.07 0.12 0.00
377_L 131_G 1.07 0.12 0.00
464_E 48_A 1.07 0.12 0.00
485_I 135_I 1.07 0.12 0.00
75_F 398_V 1.06 0.12 0.00
275_S 299_G 1.06 0.12 0.00
242_G 138_P 1.06 0.12 0.00
412_F 17_V 1.06 0.12 0.00
102_V 120_A 1.06 0.12 0.00
410_I 55_V 1.06 0.12 0.00
59_G 73_A 1.06 0.11 0.00
331_Y 184_L 1.06 0.11 0.00
305_A 139_L 1.06 0.11 0.00
344_Q 209_L 1.06 0.11 0.00
460_M 376_M 1.05 0.11 0.00
187_I 47_A 1.05 0.11 0.00
408_F 130_L 1.05 0.11 0.00
206_N 258_F 1.05 0.11 0.00
420_V 22_V 1.05 0.11 0.00
15_F 41_S 1.05 0.11 0.00
12_I 204_L 1.05 0.11 0.00
184_V 215_G 1.05 0.11 0.00
428_G 415_V 1.05 0.11 0.00
112_Y 255_M 1.05 0.11 0.00
86_L 81_L 1.05 0.11 0.00
335_Q 253_V 1.05 0.11 0.00
405_V 68_R 1.04 0.11 0.00
181_S 228_P 1.04 0.11 0.00
296_I 433_Y 1.04 0.11 0.00
118_L 454_G 1.04 0.11 0.00
328_I 51_S 1.04 0.11 0.00
401_T 141_G 1.04 0.11 0.00
203_W 281_I 1.04 0.11 0.00
13_G 131_G 1.04 0.11 0.00
395_T 336_S 1.04 0.11 0.00
443_A 265_D 1.04 0.11 0.00
91_V 368_H 1.03 0.11 0.00
203_W 421_G 1.03 0.11 0.00
485_I 255_M 1.03 0.11 0.00
445_F 164_A 1.03 0.11 0.00
336_L 363_R 1.03 0.11 0.00
347_A 343_V 1.03 0.11 0.00
22_R 8_L 1.03 0.11 0.00
148_V 463_L 1.03 0.11 0.00
253_T 277_A 1.03 0.11 0.00
235_M 137_L 1.03 0.11 0.00
118_L 122_A 1.03 0.11 0.00
184_V 294_I 1.03 0.11 0.00
459_G 113_A 1.03 0.11 0.00
492_A 41_S 1.03 0.11 0.00
484_P 34_H 1.03 0.11 0.00
101_A 204_L 1.03 0.11 0.00
394_A 139_L 1.03 0.11 0.00
433_S 149_Q 1.02 0.11 0.00
223_L 419_A 1.02 0.11 0.00
346_I 411_V 1.02 0.11 0.00
329_A 283_F 1.02 0.11 0.00
398_M 402_G 1.02 0.11 0.00
291_M 172_F 1.02 0.11 0.00
155_A 346_L 1.02 0.11 0.00
178_T 305_H 1.02 0.10 0.00
489_S 338_L 1.01 0.10 0.00
184_V 112_A 1.01 0.10 0.00
52_Y 51_S 1.01 0.10 0.00
188_A 161_I 1.01 0.10 0.00
329_A 411_V 1.01 0.10 0.00
485_I 465_L 1.01 0.10 0.00
473_V 113_A 1.01 0.10 0.00
334_S 432_L 1.01 0.10 0.00
10_P 8_L 1.01 0.10 0.00
441_H 161_I 1.01 0.10 0.00
180_A 419_A 1.01 0.10 0.00
242_G 240_T 1.01 0.10 0.00
229_I 261_A 1.01 0.10 0.00
194_F 400_A 1.01 0.10 0.00
354_G 401_V 1.01 0.10 0.00
334_S 41_S 1.01 0.10 0.00
204_T 407_L 1.01 0.10 0.00
480_F 403_V 1.01 0.10 0.00
432_A 77_T 1.00 0.10 0.00
127_V 349_S 1.00 0.10 0.00
385_P 328_V 1.00 0.10 0.00
334_S 130_L 1.00 0.10 0.00
92_V 250_I 1.00 0.10 0.00
477_L 132_I 1.00 0.10 0.00
164_G 46_N 1.00 0.10 0.00
242_G 111_I 1.00 0.10 0.00
429_L 85_L 1.00 0.10 0.00
238_V 421_G 1.00 0.10 0.00
269_Y 108_L 1.00 0.10 0.00
337_A 26_L 1.00 0.10 0.00
336_L 95_L 1.00 0.10 0.00
22_R 63_V 1.00 0.10 0.00
216_S 75_L 1.00 0.10 0.00
156_L 306_L 1.00 0.10 0.00
91_V 121_N 1.00 0.10 0.00
311_I 376_M 1.00 0.10 0.00
341_A 96_E 1.00 0.10 0.00
156_L 138_P 0.99 0.10 0.00
468_I 314_I 0.99 0.10 0.00
489_S 40_L 0.99 0.10 0.00
133_A 103_D 0.99 0.10 0.00
223_L 64_T 0.99 0.10 0.00
293_L 107_L 0.99 0.10 0.00
238_V 140_F 0.99 0.10 0.00
329_A 94_W 0.99 0.10 0.00
185_M 25_M 0.99 0.10 0.00
230_A 373_A 0.99 0.10 0.00
382_K 414_V 0.99 0.10 0.00
265_K 395_K 0.99 0.10 0.00
38_L 273_L 0.99 0.10 0.00
223_L 177_V 0.99 0.10 0.00
386_A 475_I 0.99 0.10 0.00
433_S 152_S 0.99 0.10 0.00
91_V 398_V 0.99 0.10 0.00
196_H 75_L 0.99 0.10 0.00
32_A 219_S 0.99 0.10 0.00
172_T 164_A 0.99 0.10 0.00
394_A 384_A 0.98 0.10 0.00
235_M 140_F 0.98 0.10 0.00
320_V 122_A 0.98 0.10 0.00
349_G 337_S 0.98 0.10 0.00
337_A 251_F 0.98 0.10 0.00
103_L 169_F 0.98 0.10 0.00
350_L 202_L 0.98 0.10 0.00
69_M 326_V 0.98 0.10 0.00
90_M 160_T 0.98 0.10 0.00
36_M 138_P 0.98 0.10 0.00
133_A 237_P 0.98 0.10 0.00
268_A 237_P 0.98 0.10 0.00
318_T 165_A 0.98 0.10 0.00
480_F 144_G 0.98 0.10 0.00
461_S 135_I 0.97 0.10 0.00
30_W 107_L 0.97 0.10 0.00
134_I 143_V 0.97 0.10 0.00
377_L 309_L 0.97 0.10 0.00
343_I 210_M 0.97 0.10 0.00
130_V 417_G 0.97 0.10 0.00
277_P 230_V 0.97 0.10 0.00
410_I 208_G 0.97 0.10 0.00
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177_Y 328_V 0.86 0.08 0.00
402_G 186_F 0.86 0.08 0.00
405_V 328_V 0.86 0.08 0.00
249_S 450_Y 0.86 0.08 0.00
433_S 105_F 0.86 0.08 0.00
128_I 45_L 0.86 0.08 0.00
249_S 332_G 0.86 0.08 0.00
318_T 450_Y 0.86 0.08 0.00
83_I 41_S 0.86 0.08 0.00
334_S 22_V 0.86 0.08 0.00
31_I 428_V 0.86 0.08 0.00
10_P 141_G 0.86 0.08 0.00
485_I 459_I 0.86 0.08 0.00
445_F 140_F 0.86 0.08 0.00
331_Y 219_S 0.86 0.08 0.00
289_I 120_A 0.86 0.08 0.00
11_F 44_G 0.86 0.08 0.00
30_W 25_M 0.86 0.08 0.00
38_L 18_G 0.86 0.08 0.00
109_I 293_N 0.86 0.08 0.00
240_L 423_Y 0.86 0.08 0.00
177_Y 349_S 0.86 0.08 0.00
478_L 314_I 0.86 0.08 0.00
27_V 411_V 0.86 0.08 0.00
177_Y 414_V 0.86 0.08 0.00
405_V 23_V 0.86 0.08 0.00
346_I 253_V 0.86 0.08 0.00
305_A 166_A 0.86 0.08 0.00
199_A 196_G 0.86 0.08 0.00
166_T 138_P 0.85 0.08 0.00
332_T 6_Q 0.85 0.08 0.00
367_H 90_F 0.85 0.08 0.00
474_L 299_G 0.85 0.08 0.00
291_M 250_I 0.85 0.08 0.00
130_V 430_V 0.85 0.08 0.00
185_M 277_A 0.85 0.08 0.00
220_E 15_L 0.85 0.08 0.00
393_V 165_A 0.85 0.08 0.00
128_I 371_I 0.85 0.08 0.00
320_V 349_S 0.85 0.08 0.00
13_G 10_A 0.85 0.07 0.00
163_D 109_V 0.85 0.07 0.00
445_F 105_F 0.85 0.07 0.00
230_A 301_S 0.85 0.07 0.00
118_L 248_I 0.85 0.07 0.00
431_F 432_L 0.85 0.07 0.00
409_M 376_M 0.85 0.07 0.00
331_Y 242_L 0.85 0.07 0.00
500_F 478_V 0.85 0.07 0.00
193_V 184_L 0.85 0.07 0.00
422_T 438_E 0.85 0.07 0.00
439_M 101_N 0.85 0.07 0.00
249_S 248_I 0.85 0.07 0.00
493_I 230_V 0.85 0.07 0.00
110_E 142_L 0.85 0.07 0.00
434_V 96_E 0.85 0.07 0.00
117_H 165_A 0.85 0.07 0.00
425_S 221_V 0.85 0.07 0.00
330_I 313_L 0.85 0.07 0.00
11_F 299_G 0.85 0.07 0.00
361_Q 454_G 0.85 0.07 0.00
329_A 240_T 0.85 0.07 0.00
21_E 163_S 0.85 0.07 0.00
384_L 461_A 0.85 0.07 0.00
40_L 199_N 0.85 0.07 0.00
324_G 395_K 0.85 0.07 0.00
445_F 221_V 0.85 0.07 0.00
76_G 340_A 0.84 0.07 0.00
27_V 105_F 0.84 0.07 0.00
163_D 88_C 0.84 0.07 0.00
485_I 167_S 0.84 0.07 0.00
491_S 11_L 0.84 0.07 0.00
188_A 75_L 0.84 0.07 0.00
304_M 61_M 0.84 0.07 0.00
431_F 35_F 0.84 0.07 0.00
423_V 431_S 0.84 0.07 0.00
498_Q 326_V 0.84 0.07 0.00
95_G 7_N 0.84 0.07 0.00
331_Y 448_W 0.84 0.07 0.00
29_R 38_A 0.84 0.07 0.00
38_L 297_L 0.84 0.07 0.00
402_G 357_D 0.84 0.07 0.00
115_F 343_V 0.84 0.07 0.00
338_Y 94_W 0.84 0.07 0.00
416_Q 132_I 0.84 0.07 0.00
481_Y 374_A 0.84 0.07 0.00
121_M 96_E 0.84 0.07 0.00
155_A 163_S 0.84 0.07 0.00
33_L 40_L 0.84 0.07 0.00
433_S 407_L 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2373 1.53 cI_C_D_60_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.98 Done - Shared
2371 0.67 cI_C_D_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.09 Done - Shared
2369 0.14 cI_C_D Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 1) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
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