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OPENSEQ.org
cI_L_M
Genes: A B A+B
Length: 613 509 1094
Sequences: 12163 16578 11829
Seq/Len: 19.84 32.57 10.81
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 1.00
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[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.39 0.52 10.55
2 0.43 0.57 10.56
5 0.59 0.71 10.56
10 0.60 0.71 10.57
20 0.60 0.71 10.57
100 0.60 0.72 10.57
∞ 0.60 0.72 10.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
213_N 218_G 4.93 1.00 1.00
451_V 462_L 4.92 1.00 1.00
408_A 416_Q 4.89 1.00 1.00
462_I 473_V 4.86 1.00 1.00
466_F 477_L 4.82 1.00 1.00
440_K 447_K 4.80 1.00 1.00
282_L 289_I 4.79 1.00 1.00
455_L 466_F 4.79 1.00 1.00
458_I 469_L 4.79 1.00 1.00
416_V 423_V 4.78 1.00 1.00
377_L 386_A 4.74 1.00 1.00
443_I 450_S 4.74 1.00 1.00
278_E 285_E 4.72 1.00 1.00
285_I 292_W 4.71 1.00 1.00
216_M 221_Y 4.69 1.00 1.00
420_V 427_F 4.66 1.00 1.00
374_L 383_W 4.65 1.00 1.00
217_W 222_L 4.61 1.00 1.00
220_L 225_L 4.56 1.00 1.00
211_G 216_S 4.55 1.00 1.00
411_H 419_P 4.53 1.00 1.00
470_L 481_Y 4.52 1.00 1.00
47_F 45_Q 4.52 1.00 1.00
281_H 288_P 4.52 1.00 1.00
371_S 380_K 4.52 1.00 1.00
214_M 219_V 4.51 1.00 1.00
212_N 217_S 4.50 1.00 1.00
50_V 48_L 4.46 1.00 1.00
289_V 296_I 4.46 1.00 1.00
452_T 463_R 4.45 1.00 1.00
409_N 417_V 4.43 1.00 1.00
51_D 49_Q 4.42 1.00 1.00
417_A 424_I 4.40 1.00 1.00
36_G 34_I 4.37 1.00 1.00
370_K 379_S 4.37 1.00 1.00
441_E 448_A 4.36 1.00 1.00
454_S 465_L 4.36 1.00 1.00
410_G 418_V 4.33 1.00 1.00
459_V 470_L 4.31 1.00 1.00
32_I 30_W 4.29 1.00 1.00
329_D 339_Q 4.28 1.00 1.00
76_G 78_S 4.27 1.00 1.00
442_Q 449_K 4.24 1.00 1.00
277_P 284_A 4.23 1.00 1.00
43_L 41_A 4.23 1.00 1.00
472_V 483_Q 4.22 1.00 1.00
40_L 38_L 4.21 1.00 1.00
87_T 89_L 4.20 1.00 1.00
224_G 229_I 4.20 1.00 1.00
444_H 451_Q 4.17 1.00 1.00
90_S 92_V 4.17 1.00 1.00
463_L 474_L 4.16 1.00 1.00
39_G 37_G 4.14 1.00 1.00
380_L 389_L 4.13 1.00 1.00
296_F 303_W 4.13 1.00 1.00
469_A 480_F 4.09 1.00 1.00
288_A 295_V 4.09 1.00 1.00
94_G 96_L 4.08 1.00 1.00
450_G 461_S 4.07 1.00 1.00
162_K 166_T 4.07 1.00 1.00
101_M 103_L 4.05 1.00 1.00
104_S 106_W 4.05 1.00 1.00
406_A 414_S 4.04 1.00 1.00
378_C 387_L 4.04 1.00 1.00
46_A 44_L 4.03 1.00 1.00
364_K 373_M 4.03 1.00 1.00
302_T 309_T 4.02 1.00 1.00
176_V 180_A 4.02 1.00 1.00
183_F 187_I 4.01 1.00 1.00
81_L 83_I 4.01 1.00 1.00
78_N 80_H 4.00 1.00 1.00
86_L 88_L 4.00 1.00 1.00
29_V 27_V 3.99 1.00 1.00
407_M 415_F 3.98 1.00 1.00
381_V 390_F 3.97 1.00 1.00
97_F 99_V 3.97 1.00 1.00
292_L 299_F 3.96 1.00 1.00
28_N 26_K 3.96 1.00 1.00
414_L 421_I 3.96 1.00 1.00
44_V 42_L 3.96 1.00 1.00
467_V 478_L 3.96 1.00 1.00
114_S 114_G 3.94 1.00 1.00
465_T 476_V 3.94 1.00 1.00
37_S 35_T 3.93 1.00 1.00
461_L 472_V 3.92 1.00 1.00
476_Q 487_D 3.92 1.00 1.00
280_L 287_A 3.92 1.00 1.00
286_V 293_L 3.90 1.00 1.00
336_M 346_I 3.90 1.00 1.00
33_V 31_I 3.89 1.00 1.00
53_F 51_G 3.89 1.00 1.00
284_G 291_M 3.88 1.00 1.00
445_A 452_I 3.88 1.00 1.00
105_W 107_K 3.88 1.00 1.00
473_P 484_P 3.87 1.00 1.00
325_V 332_T 3.87 1.00 1.00
369_R 378_W 3.86 1.00 1.00
118_A 118_L 3.85 1.00 1.00
328_W 338_Y 3.85 1.00 1.00
187_I 191_A 3.85 1.00 1.00
191_E 199_A 3.83 1.00 1.00
215_L 220_E 3.82 1.00 1.00
125_A 125_G 3.81 1.00 1.00
474_P 485_I 3.81 1.00 1.00
79_L 81_L 3.79 1.00 1.00
89_L 91_V 3.78 1.00 1.00
128_V 128_I 3.77 1.00 1.00
122_L 122_W 3.77 1.00 1.00
98_L 100_L 3.75 1.00 1.00
436_V 443_A 3.75 1.00 1.00
419_L 426_T 3.74 1.00 1.00
427_L 434_V 3.72 1.00 1.00
188_L 192_L 3.71 1.00 1.00
218_A 223_L 3.71 1.00 1.00
475_L 486_L 3.70 1.00 1.00
433_I 440_L 3.70 1.00 1.00
404_A 412_F 3.68 1.00 1.00
279_V 286_F 3.67 1.00 1.00
435_I 442_R 3.67 1.00 1.00
75_I 77_I 3.67 1.00 1.00
13_I 12_I 3.66 1.00 1.00
132_L 132_L 3.66 1.00 1.00
272_L 278_L 3.65 1.00 1.00
186_F 190_L 3.65 1.00 1.00
351_S 361_Q 3.65 1.00 1.00
17_L 16_L 3.65 1.00 1.00
93_T 95_G 3.64 1.00 1.00
49_G 47_W 3.64 1.00 1.00
430_F 437_L 3.63 1.00 1.00
332_I 342_V 3.62 1.00 1.00
219_T 224_M 3.62 1.00 1.00
423_F 430_V 3.62 1.00 1.00
185_L 189_I 3.60 1.00 1.00
48_I 46_L 3.60 1.00 1.00
100_H 102_V 3.59 1.00 1.00
190_N 198_N 3.59 1.00 1.00
72_D 74_R 3.59 1.00 1.00
16_V 15_F 3.59 1.00 1.00
38_V 36_M 3.59 1.00 1.00
401_E 409_M 3.58 1.00 1.00
21_S 20_T 3.57 1.00 1.00
196_N 204_T 3.57 1.00 1.00
321_L 328_I 3.57 1.00 1.00
323_L 330_I 3.56 1.00 1.00
74_N 76_G 3.55 1.00 1.00
389_L 398_M 3.55 1.00 1.00
223_L 228_F 3.54 1.00 1.00
192_L 200_T 3.54 1.00 1.00
415_M 422_T 3.53 1.00 1.00
35_V 33_L 3.52 1.00 1.00
41_A 39_T 3.52 1.00 1.00
172_V 176_I 3.52 1.00 1.00
137_L 137_F 3.51 1.00 1.00
209_A 214_P 3.49 1.00 1.00
356_C 366_I 3.49 1.00 1.00
299_L 306_F 3.49 1.00 1.00
300_V 307_A 3.48 1.00 1.00
293_L 300_Y 3.48 1.00 1.00
83_G 85_G 3.48 1.00 1.00
376_Y 385_P 3.47 1.00 1.00
80_V 82_A 3.47 1.00 1.00
363_F 372_R 3.47 1.00 1.00
355_A 365_R 3.47 1.00 1.00
20_F 19_Q 3.46 1.00 1.00
432_M 439_M 3.44 1.00 1.00
73_F 75_F 3.44 1.00 1.00
141_L 141_F 3.44 1.00 1.00
405_G 413_G 3.43 1.00 1.00
222_L 227_F 3.43 1.00 1.00
348_A 358_L 3.42 1.00 1.00
52_F 50_G 3.42 1.00 1.00
91_V 93_L 3.41 1.00 1.00
352_V 362_L 3.41 1.00 1.00
77_F 79_I 3.41 1.00 1.00
438_H 445_F 3.40 1.00 1.00
165_A 169_T 3.38 1.00 1.00
283_V 290_A 3.38 1.00 1.00
168_M 172_T 3.38 1.00 1.00
340_F 350_L 3.37 1.00 1.00
424_M 431_F 3.36 1.00 1.00
179_V 183_L 3.35 1.00 1.00
274_L 280_P 3.34 1.00 1.00
464_S 475_L 3.34 1.00 1.00
27_E 25_V 3.33 1.00 1.00
457_L 468_I 3.33 1.00 1.00
434_F 441_H 3.33 1.00 1.00
320_F 327_L 3.33 1.00 1.00
180_F 184_V 3.33 1.00 1.00
383_G 392_A 3.32 1.00 1.00
418_G 425_S 3.32 1.00 1.00
45_T 43_S 3.32 1.00 1.00
379_F 388_S 3.31 1.00 1.00
42_A 40_L 3.31 1.00 1.00
384_A 393_V 3.31 1.00 1.00
136_L 136_M 3.30 1.00 1.00
477_G 488_T 3.30 1.00 1.00
304_I 311_I 3.30 1.00 1.00
164_G 168_I 3.30 1.00 1.00
297_A 304_M 3.29 1.00 1.00
120_T 120_L 3.28 1.00 1.00
210_D 215_M 3.25 1.00 1.00
6_L 5_W 3.25 1.00 1.00
23_G 22_R 3.25 1.00 1.00
479_L 490_H 3.24 1.00 1.00
197_F 205_F 3.24 1.00 1.00
372_I 381_M 3.23 1.00 1.00
333_F 343_I 3.22 1.00 1.00
362_I 371_M 3.22 1.00 1.00
221_M 226_G 3.21 1.00 1.00
117_F 117_H 3.21 1.00 1.00
9_I 8_L 3.21 1.00 1.00
30_S 28_P 3.20 1.00 1.00
34_G 32_A 3.19 1.00 1.00
326_Q 333_G 3.19 1.00 1.00
273_F 279_F 3.18 1.00 1.00
456_P 467_M 3.16 1.00 1.00
361_N 370_D 3.16 1.00 1.00
85_S 87_S 3.16 1.00 1.00
397_F 405_V 3.16 1.00 1.00
227_V 232_A 3.15 1.00 1.00
387_S 396_L 3.11 1.00 1.00
439_G 446_G 3.11 1.00 1.00
18_L 17_C 3.09 1.00 1.00
10_L 9_I 3.09 1.00 1.00
331_A 341_A 3.08 1.00 1.00
359_E 368_T 3.08 1.00 1.00
368_L 377_L 3.07 1.00 1.00
129_V 129_G 3.05 1.00 1.00
478_V 489_S 3.05 1.00 1.00
233_L 238_V 3.04 1.00 1.00
327_A 337_A 3.04 1.00 1.00
480_P 491_S 3.04 1.00 1.00
31_A 29_R 3.04 1.00 1.00
375_V 384_L 3.02 1.00 1.00
124_I 124_L 3.02 1.00 1.00
19_A 18_W 3.01 1.00 1.00
403_L 411_L 3.00 1.00 1.00
421_G 428_G 3.00 1.00 1.00
148_L 148_V 3.00 1.00 1.00
22_R 21_E 2.99 1.00 1.00
349_S 359_C 2.99 1.00 1.00
84_L 86_L 2.98 1.00 1.00
8_I 7_I 2.98 1.00 1.00
426_S 433_S 2.96 1.00 1.00
194_T 202_V 2.96 1.00 1.00
14_G 13_G 2.95 1.00 1.00
138_L 138_L 2.95 1.00 1.00
412_I 420_V 2.94 1.00 1.00
96_G 98_G 2.94 1.00 1.00
145_G 145_M 2.93 1.00 1.00
121_N 121_M 2.93 1.00 1.00
103_A 105_S 2.91 1.00 1.00
115_R 115_F 2.89 1.00 1.00
99_I 101_A 2.89 1.00 1.00
394_A 402_G 2.88 1.00 1.00
134_D 134_I 2.88 1.00 1.00
173_V 177_Y 2.88 1.00 1.00
119_Y 119_N 2.87 1.00 1.00
402_I 410_I 2.87 1.00 1.00
453_H 464_E 2.87 1.00 1.00
195_L 203_W 2.85 1.00 1.00
184_A 188_A 2.85 1.00 1.00
158_Y 158_G 2.85 1.00 1.00
271_G 277_P 2.85 1.00 1.00
483_T 494_G 2.85 1.00 1.00
358_H 367_H 2.84 1.00 1.00
447_A 458_P 2.84 1.00 1.00
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441_E 450_S 0.13 0.03 0.00
231_A 244_L 0.13 0.03 0.00
134_D 82_A 0.13 0.03 0.00
317_G 294_G 0.13 0.03 0.00
42_A 44_L 0.13 0.03 0.00
160_D 167_R 0.13 0.03 0.00
315_Q 321_S 0.13 0.03 0.00
261_A 130_V 0.13 0.03 0.00
330_A 413_G 0.13 0.03 0.00
436_V 371_M 0.13 0.03 0.00
35_V 37_G 0.13 0.03 0.00
265_L 139_F 0.13 0.03 0.00
312_T 348_H 0.13 0.03 0.00
292_L 428_G 0.13 0.03 0.00
139_M 270_G 0.13 0.03 0.00
42_A 37_G 0.13 0.03 0.00
223_L 290_A 0.13 0.03 0.00
428_Y 322_H 0.13 0.03 0.00
44_V 39_T 0.13 0.03 0.00
62_Q 67_F 0.13 0.03 0.00
314_S 322_H 0.13 0.03 0.00
338_H 319_S 0.13 0.03 0.00
239_L 236_P 0.13 0.03 0.00
38_V 40_L 0.13 0.03 0.00
281_H 292_W 0.13 0.03 0.00
49_G 50_G 0.13 0.03 0.00
315_Q 435_Y 0.13 0.03 0.00
125_A 7_I 0.13 0.03 0.00
72_D 73_P 0.13 0.03 0.00
12_L 14_G 0.12 0.03 0.00
109_G 113_Q 0.12 0.03 0.00
246_P 251_A 0.12 0.03 0.00
187_I 223_L 0.12 0.03 0.00
202_E 206_N 0.12 0.03 0.00
244_A 170_A 0.12 0.03 0.00
336_M 89_L 0.12 0.03 0.00
40_L 42_L 0.12 0.03 0.00
29_V 24_G 0.12 0.03 0.00
93_T 43_S 0.12 0.03 0.00
287_G 324_G 0.12 0.03 0.00
258_M 150_M 0.12 0.03 0.00
339_A 93_L 0.12 0.03 0.00
77_F 77_I 0.12 0.03 0.00
87_T 346_I 0.12 0.03 0.00
73_F 74_R 0.12 0.03 0.00
425_T 322_H 0.12 0.03 0.00
53_F 48_L 0.12 0.03 0.00
443_I 449_K 0.12 0.03 0.00
412_I 423_V 0.12 0.03 0.00
100_H 120_L 0.12 0.03 0.00
29_V 31_I 0.12 0.03 0.00
108_R 113_Q 0.12 0.03 0.00
36_G 35_T 0.12 0.03 0.00
36_G 37_G 0.12 0.03 0.00
109_G 112_Y 0.12 0.03 0.00
265_L 231_F 0.12 0.03 0.00
95_V 353_A 0.12 0.03 0.00
42_A 43_S 0.12 0.03 0.00
449_K 456_E 0.12 0.03 0.00
425_T 321_S 0.12 0.03 0.00
272_L 277_P 0.12 0.03 0.00
432_M 311_I 0.12 0.03 0.00
383_G 388_S 0.12 0.03 0.00
379_F 392_A 0.12 0.03 0.00
53_F 50_G 0.12 0.03 0.00
162_K 250_Q 0.12 0.03 0.00
304_I 439_M 0.12 0.03 0.00
173_V 242_G 0.12 0.03 0.00
312_T 260_A 0.12 0.03 0.00
51_D 48_L 0.12 0.03 0.00
44_V 45_Q 0.12 0.03 0.00
127_M 123_I 0.12 0.03 0.00
429_T 395_T 0.12 0.03 0.00
340_F 474_L 0.12 0.03 0.00
123_F 127_V 0.12 0.03 0.00
120_T 102_V 0.12 0.03 0.00
421_G 299_F 0.12 0.03 0.00
386_L 436_S 0.12 0.03 0.00
202_E 213_T 0.12 0.03 0.00
102_Y 360_G 0.12 0.03 0.00
237_T 177_Y 0.12 0.03 0.00
486_A 496_I 0.12 0.03 0.00
315_Q 432_A 0.12 0.03 0.00
10_L 12_I 0.12 0.03 0.00
278_E 288_P 0.12 0.03 0.00
461_L 390_F 0.12 0.03 0.00
343_A 97_L 0.12 0.03 0.00
329_D 490_H 0.12 0.03 0.00
39_G 41_A 0.12 0.03 0.00
362_I 443_A 0.12 0.03 0.00
36_G 38_L 0.12 0.03 0.00
376_Y 440_L 0.12 0.03 0.00
194_T 200_T 0.12 0.03 0.00
192_L 197_Y 0.12 0.03 0.00
464_S 402_G 0.12 0.03 0.00
258_M 146_M 0.12 0.03 0.00
295_G 318_T 0.12 0.03 0.00
295_G 428_G 0.12 0.03 0.00
470_L 483_Q 0.12 0.03 0.00
334_H 351_S 0.12 0.03 0.00
418_G 411_L 0.12 0.03 0.00
227_V 237_V 0.12 0.03 0.00
487_H 494_G 0.12 0.03 0.00
433_I 385_P 0.12 0.03 0.00
247_T 252_P 0.12 0.03 0.00
26_S 25_V 0.12 0.03 0.00
421_G 302_A 0.11 0.03 0.00
350_G 104_C 0.11 0.03 0.00
146_V 264_L 0.11 0.03 0.00
452_T 462_L 0.11 0.03 0.00
433_I 392_A 0.11 0.03 0.00
267_A 341_A 0.11 0.03 0.00
218_A 199_A 0.11 0.03 0.00
479_L 487_D 0.11 0.03 0.00
201_V 277_P 0.11 0.03 0.00
47_F 42_L 0.11 0.03 0.00
7_T 9_I 0.11 0.03 0.00
402_I 329_A 0.11 0.03 0.00
322_A 410_I 0.11 0.03 0.00
204_A 215_M 0.11 0.03 0.00
46_A 45_Q 0.11 0.03 0.00
394_A 475_L 0.11 0.03 0.00
81_L 132_L 0.11 0.03 0.00
341_F 344_Q 0.11 0.03 0.00
383_G 440_L 0.11 0.03 0.00
22_R 22_R 0.11 0.03 0.00
476_Q 490_H 0.11 0.03 0.00
132_L 83_I 0.11 0.03 0.00
414_L 291_M 0.11 0.03 0.00
472_V 481_Y 0.11 0.03 0.00
45_T 39_T 0.11 0.03 0.00
45_T 95_G 0.11 0.03 0.00
200_M 200_T 0.11 0.03 0.00
410_G 419_P 0.11 0.03 0.00
37_S 36_M 0.11 0.03 0.00
40_L 35_T 0.11 0.03 0.00
32_I 34_I 0.11 0.03 0.00
261_A 146_M 0.11 0.03 0.00
311_S 302_A 0.11 0.03 0.00
203_L 206_N 0.11 0.03 0.00
403_L 425_S 0.11 0.03 0.00
232_Q 232_A 0.11 0.03 0.00
230_S 268_A 0.11 0.03 0.00
112_G 110_E 0.11 0.03 0.00
194_T 207_Y 0.11 0.03 0.00
326_Q 334_S 0.11 0.03 0.00
225_G 188_A 0.11 0.03 0.00
136_L 207_Y 0.11 0.03 0.00
184_A 230_A 0.11 0.03 0.00
281_H 285_E 0.11 0.03 0.00
43_L 40_L 0.11 0.03 0.00
112_G 111_K 0.11 0.03 0.00
288_A 424_I 0.11 0.03 0.00
417_A 295_V 0.11 0.03 0.00
29_V 28_P 0.11 0.03 0.00
314_S 432_A 0.11 0.03 0.00
213_N 222_L 0.11 0.03 0.00
76_G 68_D 0.11 0.03 0.00
228_G 240_L 0.11 0.03 0.00
51_D 46_L 0.11 0.03 0.00
395_G 351_S 0.11 0.03 0.00
257_T 264_L 0.11 0.03 0.00
481_Q 491_S 0.11 0.03 0.00
420_V 423_V 0.11 0.03 0.00
25_W 27_V 0.11 0.03 0.00
69_S 74_R 0.11 0.03 0.00
442_Q 450_S 0.11 0.03 0.00
428_Y 321_S 0.11 0.03 0.00
47_F 46_L 0.11 0.03 0.00
52_F 51_G 0.11 0.03 0.00
463_L 350_L 0.11 0.03 0.00
43_L 37_G 0.11 0.03 0.00
372_I 382_K 0.11 0.03 0.00
41_A 43_S 0.11 0.03 0.00
373_P 381_M 0.11 0.03 0.00
163_N 250_Q 0.11 0.03 0.00
235_L 233_V 0.11 0.03 0.00
391_L 398_M 0.11 0.03 0.00
42_A 95_G 0.11 0.03 0.00
314_S 435_Y 0.11 0.03 0.00
406_A 422_T 0.11 0.03 0.00
120_T 258_D 0.11 0.03 0.00
114_S 21_E 0.11 0.03 0.00
50_V 44_L 0.11 0.03 0.00
194_T 206_N 0.11 0.03 0.00
205_P 210_L 0.11 0.03 0.00
203_L 217_S 0.11 0.03 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.155), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2377 1 cI_B_C Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.95 Done - Shared
2263 0.01 cI_L_M Δgene:(1, 1) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) Killed - Shared
2262 10.81 cI_L_M Δgene:(0, 0) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 1.00 Done - Shared
2261 0.02 cI_L_M Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) Killed - Shared
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