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OPENSEQ.org
wspAwspD
Genes: A B A+B
Length: 542 229 765
Sequences: 16042 145 109
Seq/Len: 29.6 0.63 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.14 0.00 0.02
2 0.15 0.00 0.02
5 0.17 0.00 0.14
10 0.19 0.00 0.14
20 0.21 0.00 0.14
100 0.27 0.00 0.14
∞ 0.30 0.00 0.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
473_Q 133_C 2.12 0.57 0.03
481_V 170_A 1.54 0.27 0.01
3_N 169_V 1.49 0.25 0.01
509_T 192_A 1.47 0.24 0.01
293_T 51_L 1.46 0.24 0.01
542_V 169_V 1.46 0.24 0.01
432_V 112_L 1.46 0.24 0.01
249_I 170_A 1.40 0.21 0.00
85_D 81_R 1.34 0.19 0.00
312_T 127_R 1.28 0.17 0.00
380_V 170_A 1.28 0.17 0.00
271_S 168_V 1.27 0.17 0.00
509_T 213_T 1.27 0.17 0.00
513_V 124_T 1.26 0.17 0.00
285_S 88_L 1.25 0.17 0.00
433_R 160_I 1.24 0.16 0.00
368_K 169_V 1.23 0.16 0.00
262_G 200_H 1.23 0.16 0.00
306_S 159_L 1.22 0.15 0.00
310_A 88_L 1.22 0.15 0.00
301_E 205_L 1.21 0.15 0.00
438_A 110_H 1.21 0.15 0.00
440_S 43_V 1.20 0.15 0.00
445_G 48_A 1.20 0.15 0.00
431_M 133_C 1.19 0.15 0.00
368_K 109_I 1.19 0.15 0.00
42_V 88_L 1.19 0.15 0.00
267_A 84_L 1.18 0.14 0.00
195_V 200_H 1.17 0.14 0.00
433_R 221_L 1.17 0.14 0.00
465_E 115_Q 1.17 0.14 0.00
317_V 70_S 1.16 0.14 0.00
482_Q 31_R 1.16 0.14 0.00
251_T 142_L 1.16 0.14 0.00
307_R 84_L 1.15 0.14 0.00
276_T 137_G 1.15 0.14 0.00
361_K 120_L 1.15 0.14 0.00
455_R 112_L 1.15 0.14 0.00
441_A 48_A 1.15 0.14 0.00
259_E 159_L 1.15 0.14 0.00
306_S 228_L 1.15 0.13 0.00
278_V 159_L 1.15 0.13 0.00
271_S 48_A 1.14 0.13 0.00
510_G 190_N 1.12 0.13 0.00
440_S 100_L 1.12 0.13 0.00
414_V 190_N 1.12 0.13 0.00
284_T 48_A 1.11 0.13 0.00
500_Q 31_R 1.10 0.12 0.00
327_A 222_Q 1.10 0.12 0.00
306_S 49_T 1.10 0.12 0.00
231_G 229_A 1.09 0.12 0.00
414_V 170_A 1.09 0.12 0.00
431_M 37_H 1.09 0.12 0.00
357_L 190_N 1.09 0.12 0.00
414_V 224_V 1.09 0.12 0.00
537_V 228_L 1.09 0.12 0.00
193_M 115_Q 1.09 0.12 0.00
109_E 144_P 1.09 0.12 0.00
97_Q 150_S 1.09 0.12 0.00
146_G 200_H 1.09 0.12 0.00
66_Q 203_G 1.09 0.12 0.00
257_A 103_V 1.09 0.12 0.00
358_V 167_P 1.09 0.12 0.00
500_Q 159_L 1.09 0.12 0.00
433_R 170_A 1.08 0.12 0.00
519_A 213_T 1.08 0.12 0.00
377_T 229_A 1.08 0.12 0.00
200_A 133_C 1.08 0.12 0.00
25_A 23_V 1.08 0.12 0.00
492_A 119_A 1.08 0.12 0.00
234_L 43_V 1.08 0.12 0.00
289_Q 48_A 1.08 0.12 0.00
6_V 169_V 1.08 0.12 0.00
438_A 89_G 1.08 0.12 0.00
315_D 115_Q 1.07 0.12 0.00
420_Q 52_L 1.07 0.12 0.00
479_P 52_L 1.07 0.12 0.00
324_S 132_A 1.07 0.12 0.00
414_V 213_T 1.06 0.12 0.00
249_I 151_E 1.06 0.12 0.00
194_L 161_I 1.06 0.11 0.00
247_G 222_Q 1.06 0.11 0.00
17_I 133_C 1.05 0.11 0.00
269_R 124_T 1.05 0.11 0.00
435_I 48_A 1.05 0.11 0.00
230_A 14_V 1.05 0.11 0.00
380_V 190_N 1.05 0.11 0.00
95_D 188_P 1.05 0.11 0.00
64_Y 118_R 1.04 0.11 0.00
194_L 229_A 1.04 0.11 0.00
408_A 207_W 1.04 0.11 0.00
279_T 179_H 1.04 0.11 0.00
469_Q 159_L 1.04 0.11 0.00
365_L 48_A 1.03 0.11 0.00
249_I 124_T 1.03 0.11 0.00
7_R 39_R 1.03 0.11 0.00
199_L 142_L 1.03 0.11 0.00
272_V 39_R 1.03 0.11 0.00
403_Y 96_A 1.03 0.11 0.00
358_V 49_T 1.03 0.11 0.00
414_V 115_Q 1.03 0.11 0.00
363_A 214_L 1.02 0.11 0.00
229_M 119_A 1.02 0.11 0.00
301_E 158_M 1.02 0.11 0.00
287_Q 109_I 1.02 0.11 0.00
223_V 103_V 1.02 0.10 0.00
99_A 33_A 1.01 0.10 0.00
463_V 49_T 1.01 0.10 0.00
119_F 19_N 1.01 0.10 0.00
465_E 100_L 1.01 0.10 0.00
206_I 45_A 1.01 0.10 0.00
431_M 88_L 1.01 0.10 0.00
412_T 116_R 1.01 0.10 0.00
23_L 178_I 1.01 0.10 0.00
481_V 160_I 1.00 0.10 0.00
440_S 203_G 1.00 0.10 0.00
412_T 48_A 1.00 0.10 0.00
542_V 47_A 1.00 0.10 0.00
313_S 140_L 1.00 0.10 0.00
11_L 109_I 1.00 0.10 0.00
7_R 37_H 1.00 0.10 0.00
179_S 44_Y 1.00 0.10 0.00
235_T 31_R 1.00 0.10 0.00
294_E 127_R 0.99 0.10 0.00
190_E 201_V 0.99 0.10 0.00
481_V 124_T 0.99 0.10 0.00
331_S 115_Q 0.99 0.10 0.00
275_T 120_L 0.99 0.10 0.00
310_A 37_H 0.99 0.10 0.00
249_I 160_I 0.98 0.10 0.00
96_Q 143_E 0.98 0.10 0.00
244_D 52_L 0.98 0.10 0.00
525_E 48_A 0.97 0.10 0.00
358_V 60_D 0.97 0.10 0.00
58_S 131_V 0.97 0.10 0.00
3_N 203_G 0.97 0.10 0.00
434_E 103_V 0.97 0.10 0.00
167_L 137_G 0.97 0.10 0.00
519_A 192_A 0.97 0.10 0.00
509_T 189_P 0.97 0.10 0.00
189_A 130_L 0.97 0.10 0.00
198_L 153_R 0.97 0.10 0.00
44_D 62_L 0.96 0.10 0.00
337_G 161_I 0.96 0.09 0.00
296_A 111_S 0.96 0.09 0.00
95_D 194_G 0.96 0.09 0.00
447_D 39_R 0.96 0.09 0.00
78_E 143_E 0.96 0.09 0.00
118_G 58_R 0.95 0.09 0.00
519_A 190_N 0.95 0.09 0.00
477_L 135_S 0.95 0.09 0.00
440_S 131_V 0.95 0.09 0.00
474_V 92_W 0.95 0.09 0.00
464_G 48_A 0.95 0.09 0.00
84_A 134_L 0.95 0.09 0.00
325_G 108_P 0.95 0.09 0.00
326_A 170_A 0.95 0.09 0.00
226_L 100_L 0.95 0.09 0.00
178_A 124_T 0.94 0.09 0.00
57_R 31_R 0.94 0.09 0.00
180_E 34_E 0.94 0.09 0.00
6_V 213_T 0.94 0.09 0.00
242_R 227_S 0.94 0.09 0.00
351_V 48_A 0.94 0.09 0.00
355_A 227_S 0.94 0.09 0.00
163_Y 85_V 0.94 0.09 0.00
209_F 90_E 0.94 0.09 0.00
324_S 53_D 0.94 0.09 0.00
25_A 213_T 0.94 0.09 0.00
465_E 142_L 0.94 0.09 0.00
497_Q 127_R 0.93 0.09 0.00
184_N 23_V 0.93 0.09 0.00
122_V 209_E 0.93 0.09 0.00
98_I 90_E 0.93 0.09 0.00
279_T 133_C 0.93 0.09 0.00
270_S 19_N 0.93 0.09 0.00
176_D 58_R 0.93 0.09 0.00
385_Q 136_L 0.93 0.09 0.00
349_H 43_V 0.93 0.09 0.00
190_E 14_V 0.92 0.09 0.00
165_N 165_G 0.92 0.09 0.00
22_L 200_H 0.92 0.09 0.00
267_A 100_L 0.92 0.09 0.00
293_T 39_R 0.92 0.09 0.00
510_G 170_A 0.92 0.09 0.00
35_V 31_R 0.92 0.09 0.00
521_F 213_T 0.92 0.09 0.00
152_P 209_E 0.92 0.09 0.00
452_E 43_V 0.92 0.09 0.00
242_R 228_L 0.92 0.09 0.00
340_G 53_D 0.92 0.09 0.00
527_N 49_T 0.91 0.09 0.00
176_D 34_E 0.91 0.09 0.00
62_D 27_K 0.91 0.09 0.00
224_R 76_D 0.91 0.09 0.00
517_R 43_V 0.91 0.09 0.00
145_A 134_L 0.91 0.09 0.00
118_G 195_Q 0.91 0.09 0.00
229_M 190_N 0.91 0.09 0.00
207_C 160_I 0.91 0.09 0.00
529_V 112_L 0.91 0.09 0.00
264_V 20_R 0.91 0.08 0.00
534_R 204_V 0.91 0.08 0.00
87_I 201_V 0.91 0.08 0.00
351_V 26_D 0.91 0.08 0.00
56_V 219_P 0.91 0.08 0.00
302_I 111_S 0.90 0.08 0.00
165_N 43_V 0.90 0.08 0.00
445_G 168_V 0.90 0.08 0.00
215_I 117_S 0.90 0.08 0.00
46_A 180_A 0.90 0.08 0.00
492_A 91_E 0.90 0.08 0.00
6_V 202_A 0.90 0.08 0.00
145_A 100_L 0.90 0.08 0.00
312_T 26_D 0.90 0.08 0.00
123_R 82_S 0.90 0.08 0.00
426_Y 51_L 0.90 0.08 0.00
497_Q 26_D 0.90 0.08 0.00
466_Q 127_R 0.89 0.08 0.00
50_M 217_E 0.89 0.08 0.00
414_V 131_V 0.89 0.08 0.00
135_E 178_I 0.89 0.08 0.00
257_A 74_Q 0.89 0.08 0.00
332_T 142_L 0.89 0.08 0.00
68_Q 106_M 0.89 0.08 0.00
31_K 143_E 0.89 0.08 0.00
542_V 197_S 0.89 0.08 0.00
286_K 158_M 0.89 0.08 0.00
266_Q 226_R 0.89 0.08 0.00
487_G 130_L 0.89 0.08 0.00
500_Q 214_L 0.89 0.08 0.00
459_E 224_V 0.89 0.08 0.00
440_S 160_I 0.89 0.08 0.00
276_T 210_R 0.89 0.08 0.00
330_T 118_R 0.88 0.08 0.00
221_K 33_A 0.88 0.08 0.00
80_S 224_V 0.88 0.08 0.00
492_A 36_V 0.88 0.08 0.00
20_I 142_L 0.88 0.08 0.00
202_V 75_S 0.88 0.08 0.00
461_G 107_N 0.88 0.08 0.00
371_N 82_S 0.88 0.08 0.00
33_L 34_E 0.88 0.08 0.00
440_S 19_N 0.88 0.08 0.00
134_L 103_V 0.88 0.08 0.00
63_N 36_V 0.88 0.08 0.00
285_S 27_K 0.88 0.08 0.00
314_R 228_L 0.88 0.08 0.00
264_V 228_L 0.88 0.08 0.00
349_H 201_V 0.88 0.08 0.00
355_A 48_A 0.88 0.08 0.00
51_Y 205_L 0.88 0.08 0.00
481_V 117_S 0.88 0.08 0.00
506_G 170_A 0.88 0.08 0.00
496_E 48_A 0.88 0.08 0.00
42_V 221_L 0.88 0.08 0.00
395_I 92_W 0.88 0.08 0.00
331_S 131_V 0.88 0.08 0.00
458_A 43_V 0.88 0.08 0.00
408_A 172_V 0.87 0.08 0.00
6_V 42_E 0.87 0.08 0.00
271_S 229_A 0.87 0.08 0.00
253_F 103_V 0.87 0.08 0.00
511_Q 127_R 0.87 0.08 0.00
247_G 80_T 0.87 0.08 0.00
509_T 107_N 0.87 0.08 0.00
26_A 50_Y 0.87 0.08 0.00
459_E 205_L 0.87 0.08 0.00
226_L 160_I 0.87 0.08 0.00
307_R 100_L 0.87 0.08 0.00
62_D 208_R 0.87 0.08 0.00
190_E 44_Y 0.87 0.08 0.00
286_K 54_R 0.87 0.08 0.00
530_A 43_V 0.87 0.08 0.00
494_G 27_K 0.86 0.08 0.00
358_V 84_L 0.86 0.08 0.00
3_N 133_C 0.86 0.08 0.00
464_G 28_S 0.86 0.08 0.00
517_R 158_M 0.86 0.08 0.00
448_K 92_W 0.86 0.08 0.00
73_V 208_R 0.86 0.08 0.00
287_Q 124_T 0.86 0.08 0.00
285_S 138_E 0.86 0.08 0.00
78_E 11_T 0.86 0.08 0.00
328_E 30_E 0.86 0.08 0.00
249_I 31_R 0.86 0.08 0.00
250_E 100_L 0.86 0.08 0.00
286_K 195_Q 0.86 0.08 0.00
61_T 31_R 0.86 0.08 0.00
42_V 194_G 0.85 0.08 0.00
287_Q 56_A 0.85 0.08 0.00
306_S 64_S 0.85 0.08 0.00
124_K 161_I 0.85 0.08 0.00
222_I 107_N 0.85 0.08 0.00
308_E 92_W 0.85 0.08 0.00
531_N 212_I 0.85 0.08 0.00
275_T 204_V 0.85 0.08 0.00
366_N 171_P 0.85 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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