May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
IscAHscA
Genes: A B A+B
Length: 107 616 722
Sequences: 2921 5112 379
Seq/Len: 27.3 8.3 0.52
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.03
2 0.00 0.02 0.48
5 0.01 0.02 0.51
10 0.01 0.03 0.52
20 0.02 0.03 0.54
100 0.03 0.04 0.77
∞ 0.09 0.08 1.86
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
64_V 368_I 1.73 0.73 0.01
44_F 147_G 1.43 0.52 0.01
39_A 41_A 1.37 0.48 0.01
12_R 114_L 1.35 0.46 0.00
44_F 18_R 1.33 0.44 0.00
6_S 405_V 1.31 0.43 0.00
31_R 132_D 1.30 0.42 0.00
44_F 135_K 1.29 0.42 0.00
14_N 7_S 1.27 0.40 0.00
8_S 314_A 1.25 0.38 0.00
26_L 603_S 1.25 0.38 0.00
60_V 507_S 1.25 0.38 0.00
13_V 316_R 1.23 0.37 0.00
18_A 288_V 1.22 0.36 0.00
44_F 13_A 1.22 0.36 0.00
26_L 14_A 1.20 0.34 0.00
42_L 308_V 1.17 0.33 0.00
41_V 315_C 1.17 0.33 0.00
45_V 296_S 1.17 0.33 0.00
66_G 528_M 1.17 0.32 0.00
64_V 419_R 1.16 0.32 0.00
2_S 98_Q 1.15 0.31 0.00
38_M 524_V 1.14 0.30 0.00
66_G 138_A 1.14 0.30 0.00
97_D 528_M 1.14 0.30 0.00
66_G 13_A 1.12 0.30 0.00
45_V 196_D 1.12 0.29 0.00
42_L 596_A 1.11 0.29 0.00
26_L 542_S 1.11 0.28 0.00
12_R 589_D 1.10 0.28 0.00
6_S 85_V 1.10 0.28 0.00
76_Q 107_F 1.10 0.28 0.00
68_S 164_Q 1.08 0.27 0.00
33_S 135_K 1.08 0.27 0.00
24_F 484_T 1.08 0.27 0.00
33_S 361_D 1.07 0.26 0.00
5_L 30_N 1.06 0.26 0.00
28_L 35_T 1.05 0.25 0.00
3_I 385_E 1.04 0.24 0.00
79_F 489_S 1.04 0.24 0.00
95_V 407_K 1.04 0.24 0.00
33_S 248_Y 1.04 0.24 0.00
67_K 475_V 1.04 0.24 0.00
33_S 13_A 1.03 0.24 0.00
28_L 562_I 1.03 0.24 0.00
24_F 505_T 1.02 0.23 0.00
97_D 584_A 1.02 0.23 0.00
54_V 301_N 1.02 0.23 0.00
106_H 191_I 1.01 0.23 0.00
95_V 318_A 1.01 0.23 0.00
13_V 215_I 1.00 0.22 0.00
47_E 507_S 1.00 0.22 0.00
39_A 252_Q 1.00 0.22 0.00
44_F 7_S 1.00 0.22 0.00
75_T 478_D 1.00 0.22 0.00
49_T 490_T 0.99 0.22 0.00
33_S 147_G 0.99 0.22 0.00
19_N 606_R 0.99 0.22 0.00
12_R 316_R 0.98 0.21 0.00
75_T 345_R 0.98 0.21 0.00
17_L 309_K 0.97 0.21 0.00
66_G 89_M 0.97 0.21 0.00
79_F 30_N 0.97 0.20 0.00
44_F 66_V 0.97 0.20 0.00
7_D 262_R 0.97 0.20 0.00
66_G 468_H 0.96 0.20 0.00
50_P 245_L 0.96 0.20 0.00
39_A 39_G 0.96 0.20 0.00
50_P 60_Q 0.96 0.20 0.00
44_F 275_K 0.95 0.20 0.00
61_K 549_A 0.95 0.20 0.00
79_F 125_N 0.95 0.20 0.00
51_E 368_I 0.95 0.20 0.00
95_V 447_D 0.95 0.19 0.00
95_V 392_I 0.94 0.19 0.00
62_V 511_S 0.94 0.19 0.00
47_E 266_E 0.93 0.19 0.00
62_V 64_H 0.93 0.19 0.00
72_L 135_K 0.93 0.19 0.00
95_V 552_A 0.93 0.18 0.00
30_V 177_L 0.93 0.18 0.00
62_V 205_V 0.93 0.18 0.00
33_S 52_L 0.92 0.18 0.00
8_S 11_L 0.92 0.18 0.00
64_V 107_F 0.92 0.18 0.00
57_D 341_V 0.92 0.18 0.00
33_S 593_Q 0.92 0.18 0.00
3_I 552_A 0.91 0.18 0.00
33_S 533_K 0.91 0.18 0.00
72_L 132_D 0.91 0.18 0.00
39_A 418_A 0.91 0.17 0.00
67_K 443_E 0.91 0.17 0.00
42_L 608_L 0.91 0.17 0.00
98_E 447_D 0.90 0.17 0.00
12_R 530_A 0.90 0.17 0.00
6_S 447_D 0.90 0.17 0.00
45_V 472_T 0.90 0.17 0.00
4_T 564_D 0.90 0.17 0.00
38_M 508_E 0.90 0.17 0.00
66_G 167_G 0.89 0.17 0.00
13_V 576_D 0.89 0.17 0.00
38_M 310_R 0.88 0.17 0.00
66_G 517_M 0.88 0.16 0.00
3_I 285_T 0.88 0.16 0.00
41_V 115_P 0.88 0.16 0.00
75_T 558_E 0.88 0.16 0.00
50_P 532_Q 0.87 0.16 0.00
2_S 83_S 0.87 0.16 0.00
43_E 406_E 0.87 0.16 0.00
62_V 254_G 0.86 0.16 0.00
24_F 575_G 0.86 0.16 0.00
47_E 215_I 0.86 0.16 0.00
33_S 14_A 0.86 0.16 0.00
3_I 475_V 0.86 0.15 0.00
24_F 148_E 0.86 0.15 0.00
64_V 76_L 0.86 0.15 0.00
96_K 590_K 0.86 0.15 0.00
49_T 551_A 0.86 0.15 0.00
18_A 507_S 0.85 0.15 0.00
17_L 463_P 0.85 0.15 0.00
20_R 421_Q 0.85 0.15 0.00
16_F 383_D 0.85 0.15 0.00
20_R 406_E 0.85 0.15 0.00
79_F 310_R 0.85 0.15 0.00
48_P 583_Q 0.85 0.15 0.00
47_E 615_E 0.85 0.15 0.00
64_V 409_I 0.85 0.15 0.00
89_K 246_A 0.85 0.15 0.00
17_L 254_G 0.85 0.15 0.00
42_L 589_D 0.85 0.15 0.00
63_V 375_D 0.85 0.15 0.00
42_L 129_V 0.85 0.15 0.00
48_P 315_C 0.84 0.15 0.00
26_L 30_N 0.84 0.15 0.00
24_F 438_M 0.84 0.15 0.00
48_P 582_E 0.84 0.15 0.00
77_L 318_A 0.84 0.15 0.00
44_F 376_I 0.84 0.15 0.00
72_L 601_D 0.83 0.14 0.00
95_V 270_A 0.83 0.14 0.00
63_V 330_L 0.83 0.14 0.00
57_D 530_A 0.83 0.14 0.00
77_L 482_S 0.83 0.14 0.00
30_V 502_Y 0.83 0.14 0.00
81_K 279_S 0.83 0.14 0.00
83_G 172_A 0.83 0.14 0.00
70_Q 524_V 0.82 0.14 0.00
51_E 318_A 0.82 0.14 0.00
24_F 576_D 0.82 0.14 0.00
68_S 15_P 0.82 0.14 0.00
26_L 241_F 0.82 0.14 0.00
81_K 381_K 0.82 0.14 0.00
2_S 306_P 0.82 0.14 0.00
38_M 311_T 0.81 0.14 0.00
30_V 167_G 0.81 0.14 0.00
44_F 60_Q 0.81 0.14 0.00
12_R 511_S 0.81 0.14 0.00
62_V 300_F 0.81 0.14 0.00
71_F 577_D 0.81 0.14 0.00
2_S 52_L 0.81 0.14 0.00
38_M 444_L 0.81 0.14 0.00
97_D 457_R 0.81 0.14 0.00
31_R 609_K 0.81 0.14 0.00
91_T 295_I 0.81 0.14 0.00
72_L 286_V 0.81 0.14 0.00
2_S 588_V 0.81 0.13 0.00
19_N 334_M 0.81 0.13 0.00
71_F 506_D 0.80 0.13 0.00
64_V 58_H 0.80 0.13 0.00
6_S 131_A 0.80 0.13 0.00
70_Q 535_E 0.80 0.13 0.00
38_M 178_H 0.80 0.13 0.00
71_F 164_Q 0.80 0.13 0.00
31_R 91_R 0.80 0.13 0.00
38_M 473_F 0.80 0.13 0.00
62_V 505_T 0.80 0.13 0.00
83_G 164_Q 0.80 0.13 0.00
47_E 576_D 0.80 0.13 0.00
44_F 497_Q 0.79 0.13 0.00
72_L 95_D 0.79 0.13 0.00
42_L 22_A 0.79 0.13 0.00
95_V 286_V 0.79 0.13 0.00
79_F 245_L 0.79 0.13 0.00
26_L 482_S 0.79 0.13 0.00
44_F 42_E 0.79 0.13 0.00
48_P 572_V 0.79 0.13 0.00
62_V 494_A 0.79 0.13 0.00
51_E 517_M 0.79 0.13 0.00
64_V 262_R 0.78 0.13 0.00
6_S 301_N 0.78 0.13 0.00
62_V 219_R 0.78 0.13 0.00
14_N 598_R 0.78 0.13 0.00
89_K 105_Y 0.78 0.13 0.00
30_V 175_A 0.78 0.13 0.00
24_F 398_L 0.78 0.12 0.00
79_F 608_L 0.78 0.12 0.00
24_F 329_V 0.78 0.12 0.00
45_V 517_M 0.78 0.12 0.00
13_V 312_L 0.78 0.12 0.00
17_L 344_V 0.78 0.12 0.00
22_K 279_S 0.78 0.12 0.00
47_E 551_A 0.78 0.12 0.00
26_L 324_V 0.77 0.12 0.00
76_Q 17_Q 0.77 0.12 0.00
4_T 50_R 0.77 0.12 0.00
78_D 131_A 0.77 0.12 0.00
45_V 518_S 0.77 0.12 0.00
80_V 246_A 0.77 0.12 0.00
63_V 275_K 0.77 0.12 0.00
33_S 508_E 0.77 0.12 0.00
98_E 43_T 0.77 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.1539 seconds.