May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
IscSHscA
Genes: A B A+B
Length: 404 616 1016
Sequences: 31466 5112 436
Seq/Len: 77.89 8.3 0.43
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.02 0.01
2 0.09 0.02 0.03
5 0.11 0.02 0.43
10 0.12 0.03 0.55
20 0.15 0.03 0.75
100 0.25 0.04 1.87
∞ 0.29 0.08 3.51
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
399_I 39_G 1.71 0.66 0.00
7_L 7_S 1.44 0.47 0.00
383_L 260_D 1.39 0.44 0.00
30_D 152_V 1.35 0.41 0.00
25_Q 331_E 1.27 0.35 0.00
141_M 295_I 1.24 0.33 0.00
394_V 296_S 1.24 0.33 0.00
239_M 338_S 1.24 0.33 0.00
403_H 167_G 1.22 0.32 0.00
377_I 125_N 1.21 0.31 0.00
152_H 203_I 1.21 0.31 0.00
399_I 13_A 1.20 0.31 0.00
399_I 433_M 1.18 0.30 0.00
226_I 41_A 1.16 0.28 0.00
174_G 486_M 1.16 0.28 0.00
79_D 473_F 1.16 0.28 0.00
399_I 18_R 1.14 0.27 0.00
160_V 581_I 1.14 0.27 0.00
52_D 167_G 1.14 0.27 0.00
25_Q 203_I 1.14 0.27 0.00
5_I 279_S 1.12 0.26 0.00
399_I 66_V 1.12 0.26 0.00
21_E 516_S 1.12 0.26 0.00
383_L 308_V 1.10 0.25 0.00
194_Q 229_A 1.10 0.24 0.00
303_V 435_I 1.09 0.24 0.00
135_K 408_V 1.09 0.24 0.00
353_I 14_A 1.09 0.24 0.00
63_G 205_V 1.09 0.24 0.00
382_D 92_S 1.08 0.24 0.00
383_L 248_Y 1.07 0.23 0.00
98_I 327_D 1.06 0.23 0.00
166_I 539_V 1.06 0.22 0.00
372_L 266_E 1.05 0.22 0.00
31_G 331_E 1.05 0.22 0.00
383_L 332_V 1.04 0.22 0.00
366_I 92_S 1.04 0.22 0.00
398_S 131_A 1.04 0.22 0.00
184_S 203_I 1.04 0.22 0.00
377_I 345_R 1.04 0.21 0.00
400_E 279_S 1.04 0.21 0.00
141_M 296_S 1.03 0.21 0.00
298_P 447_D 1.02 0.21 0.00
373_V 587_N 1.02 0.21 0.00
25_Q 413_T 1.02 0.21 0.00
394_V 279_S 1.01 0.20 0.00
28_T 433_M 1.01 0.20 0.00
364_E 200_E 1.00 0.20 0.00
399_I 551_A 1.00 0.20 0.00
320_L 413_T 1.00 0.20 0.00
391_K 435_I 1.00 0.19 0.00
138_E 585_I 1.00 0.19 0.00
43_F 364_K 1.00 0.19 0.00
281_I 138_A 1.00 0.19 0.00
388_E 435_I 0.99 0.19 0.00
184_S 331_E 0.99 0.19 0.00
97_I 328_E 0.98 0.19 0.00
383_L 613_V 0.98 0.19 0.00
399_I 152_V 0.98 0.19 0.00
78_S 566_A 0.98 0.19 0.00
134_L 544_H 0.98 0.18 0.00
22_K 510_A 0.98 0.18 0.00
399_I 64_H 0.97 0.18 0.00
365_E 509_I 0.97 0.18 0.00
316_A 475_V 0.97 0.18 0.00
373_V 384_S 0.97 0.18 0.00
121_V 478_D 0.97 0.18 0.00
184_S 341_V 0.96 0.18 0.00
71_F 463_P 0.96 0.18 0.00
37_A 164_Q 0.96 0.18 0.00
392_Q 11_L 0.96 0.18 0.00
137_L 562_I 0.96 0.18 0.00
67_R 66_V 0.95 0.18 0.00
239_M 132_D 0.95 0.17 0.00
317_L 115_P 0.95 0.17 0.00
383_L 167_G 0.94 0.17 0.00
285_E 413_T 0.94 0.17 0.00
52_D 589_D 0.94 0.17 0.00
399_I 279_S 0.94 0.17 0.00
388_E 11_L 0.94 0.17 0.00
388_E 7_S 0.93 0.17 0.00
271_R 198_G 0.93 0.17 0.00
71_F 589_D 0.93 0.17 0.00
295_H 19_R 0.93 0.17 0.00
26_F 18_R 0.93 0.17 0.00
332_S 478_D 0.93 0.17 0.00
355_F 361_D 0.93 0.17 0.00
292_D 361_D 0.93 0.16 0.00
353_I 361_D 0.93 0.16 0.00
289_L 518_S 0.92 0.16 0.00
276_R 138_A 0.92 0.16 0.00
79_D 324_V 0.92 0.16 0.00
49_E 343_L 0.91 0.16 0.00
13_T 473_F 0.91 0.16 0.00
394_V 342_P 0.91 0.16 0.00
388_E 385_E 0.91 0.16 0.00
383_L 517_M 0.91 0.16 0.00
204_G 267_L 0.91 0.16 0.00
141_M 327_D 0.91 0.15 0.00
402_A 609_K 0.90 0.15 0.00
353_I 521_E 0.90 0.15 0.00
175_I 344_V 0.90 0.15 0.00
298_P 310_R 0.90 0.15 0.00
392_Q 577_D 0.90 0.15 0.00
185_V 360_I 0.90 0.15 0.00
248_Q 164_Q 0.90 0.15 0.00
365_E 409_I 0.90 0.15 0.00
146_I 296_S 0.90 0.15 0.00
403_H 506_D 0.89 0.15 0.00
224_V 496_I 0.89 0.15 0.00
239_M 524_V 0.89 0.15 0.00
135_K 139_A 0.89 0.15 0.00
355_F 30_N 0.89 0.15 0.00
397_N 582_E 0.89 0.15 0.00
203_S 295_I 0.89 0.15 0.00
71_F 530_A 0.89 0.15 0.00
176_I 496_I 0.89 0.15 0.00
172_A 360_I 0.88 0.15 0.00
388_E 249_I 0.88 0.15 0.00
52_D 539_V 0.88 0.15 0.00
353_I 13_A 0.88 0.14 0.00
403_H 447_D 0.88 0.14 0.00
18_R 596_A 0.88 0.14 0.00
289_L 533_K 0.87 0.14 0.00
316_A 562_I 0.87 0.14 0.00
307_Y 124_L 0.87 0.14 0.00
357_L 284_V 0.87 0.14 0.00
292_D 263_V 0.87 0.14 0.00
230_M 543_L 0.87 0.14 0.00
197_V 344_V 0.87 0.14 0.00
379_R 329_V 0.87 0.14 0.00
197_V 329_V 0.87 0.14 0.00
58_I 413_T 0.87 0.14 0.00
268_E 547_L 0.86 0.14 0.00
399_I 139_A 0.86 0.14 0.00
344_L 245_L 0.86 0.14 0.00
388_E 564_D 0.86 0.14 0.00
270_L 361_D 0.86 0.14 0.00
355_F 183_L 0.86 0.14 0.00
194_Q 7_S 0.86 0.14 0.00
245_P 462_L 0.86 0.14 0.00
141_M 288_V 0.86 0.14 0.00
176_I 297_R 0.86 0.14 0.00
133_D 284_V 0.86 0.14 0.00
368_Y 245_L 0.86 0.14 0.00
392_Q 71_R 0.86 0.14 0.00
291_G 481_L 0.86 0.14 0.00
391_K 116_M 0.85 0.14 0.00
67_R 345_R 0.85 0.14 0.00
21_E 295_I 0.85 0.14 0.00
261_E 361_D 0.85 0.14 0.00
399_I 12_S 0.85 0.14 0.00
377_I 279_S 0.85 0.14 0.00
226_I 138_A 0.85 0.14 0.00
382_D 17_Q 0.85 0.14 0.00
261_E 515_D 0.85 0.14 0.00
388_E 555_S 0.85 0.13 0.00
70_V 132_D 0.85 0.13 0.00
121_V 205_V 0.85 0.13 0.00
203_S 433_M 0.84 0.13 0.00
169_M 505_T 0.84 0.13 0.00
382_D 66_V 0.84 0.13 0.00
160_V 308_V 0.84 0.13 0.00
132_I 535_E 0.84 0.13 0.00
169_M 292_Q 0.84 0.13 0.00
42_R 203_I 0.84 0.13 0.00
392_Q 234_S 0.84 0.13 0.00
52_D 276_I 0.84 0.13 0.00
106_A 164_Q 0.84 0.13 0.00
127_Q 103_L 0.84 0.13 0.00
63_G 13_A 0.84 0.13 0.00
399_I 146_A 0.83 0.13 0.00
398_S 435_I 0.83 0.13 0.00
24_M 315_C 0.83 0.13 0.00
139_A 360_I 0.83 0.13 0.00
129_N 417_V 0.83 0.13 0.00
62_V 297_R 0.83 0.13 0.00
176_I 584_A 0.83 0.13 0.00
132_I 252_Q 0.83 0.13 0.00
344_L 593_Q 0.83 0.13 0.00
388_E 221_S 0.83 0.13 0.00
316_A 364_K 0.83 0.13 0.00
97_I 315_C 0.83 0.13 0.00
372_L 505_T 0.83 0.13 0.00
126_P 331_E 0.83 0.13 0.00
66_P 234_S 0.82 0.13 0.00
264_A 549_A 0.82 0.13 0.00
7_L 114_L 0.82 0.13 0.00
10_S 117_I 0.82 0.13 0.00
399_I 323_G 0.82 0.12 0.00
188_L 245_L 0.82 0.12 0.00
300_I 22_A 0.82 0.12 0.00
46_Q 14_A 0.82 0.12 0.00
189_P 71_R 0.81 0.12 0.00
111_C 315_C 0.81 0.12 0.00
174_G 167_G 0.81 0.12 0.00
4_P 7_S 0.81 0.12 0.00
303_V 271_A 0.81 0.12 0.00
301_L 137_L 0.81 0.12 0.00
320_L 89_M 0.81 0.12 0.00
351_S 226_E 0.81 0.12 0.00
403_H 13_A 0.81 0.12 0.00
141_M 177_L 0.81 0.12 0.00
25_Q 152_V 0.81 0.12 0.00
117_E 178_H 0.81 0.12 0.00
58_I 530_A 0.81 0.12 0.00
97_I 78_T 0.81 0.12 0.00
207_I 177_L 0.81 0.12 0.00
356_S 563_D 0.81 0.12 0.00
129_N 96_I 0.81 0.12 0.00
377_I 246_A 0.81 0.12 0.00
377_I 572_V 0.81 0.12 0.00
317_L 74_A 0.81 0.12 0.00
174_G 138_A 0.80 0.12 0.00
372_L 263_V 0.80 0.12 0.00
363_E 329_V 0.80 0.12 0.00
92_K 413_T 0.80 0.12 0.00
394_V 48_E 0.80 0.12 0.00
281_I 245_L 0.80 0.12 0.00
193_S 354_R 0.80 0.12 0.00
86_A 490_T 0.80 0.12 0.00
22_K 509_I 0.80 0.12 0.00
219_R 334_M 0.80 0.12 0.00
24_M 113_G 0.80 0.12 0.00
344_L 74_A 0.80 0.12 0.00
383_L 528_M 0.80 0.12 0.00
126_P 323_G 0.80 0.12 0.00
57_Q 422_D 0.80 0.12 0.00
150_I 308_V 0.79 0.12 0.00
382_D 279_S 0.79 0.12 0.00
394_V 65_S 0.79 0.12 0.00
119_F 228_L 0.79 0.12 0.00
267_M 205_V 0.79 0.12 0.00
377_I 245_L 0.79 0.12 0.00
184_S 315_C 0.79 0.12 0.00
173_R 107_F 0.79 0.12 0.00
388_E 417_V 0.79 0.12 0.00
197_V 284_V 0.79 0.12 0.00
355_F 43_T 0.79 0.12 0.00
287_V 526_A 0.79 0.12 0.00
11_A 173_R 0.79 0.12 0.00
224_V 559_R 0.79 0.12 0.00
63_G 173_R 0.79 0.12 0.00
397_N 551_A 0.79 0.12 0.00
306_N 117_I 0.79 0.12 0.00
314_I 14_A 0.79 0.12 0.00
267_M 58_H 0.79 0.12 0.00
95_K 334_M 0.79 0.11 0.00
53_I 384_S 0.79 0.11 0.00
246_V 276_I 0.79 0.11 0.00
370_I 102_H 0.79 0.11 0.00
43_F 79_A 0.79 0.11 0.00
317_L 375_D 0.78 0.11 0.00
400_E 542_S 0.78 0.11 0.00
314_I 533_K 0.78 0.11 0.00
286_E 398_L 0.78 0.11 0.00
113_Q 341_V 0.78 0.11 0.00
58_I 559_R 0.78 0.11 0.00
111_C 324_V 0.78 0.11 0.00
365_E 533_K 0.78 0.11 0.00
67_R 519_Y 0.78 0.11 0.00
226_I 98_Q 0.78 0.11 0.00
132_I 525_K 0.78 0.11 0.00
100_S 272_I 0.78 0.11 0.00
285_E 580_A 0.78 0.11 0.00
369_T 113_G 0.77 0.11 0.00
184_S 543_L 0.77 0.11 0.00
56_N 116_M 0.77 0.11 0.00
248_Q 226_E 0.77 0.11 0.00
52_D 359_S 0.77 0.11 0.00
141_M 145_L 0.77 0.11 0.00
226_I 522_Q 0.77 0.11 0.00
366_I 49_G 0.77 0.11 0.00
146_I 583_Q 0.77 0.11 0.00
388_E 559_R 0.77 0.11 0.00
281_I 131_A 0.77 0.11 0.00
388_E 569_L 0.77 0.11 0.00
25_Q 359_S 0.77 0.11 0.00
284_I 490_T 0.77 0.11 0.00
31_G 315_C 0.77 0.11 0.00
150_I 331_E 0.77 0.11 0.00
219_R 408_V 0.77 0.11 0.00
307_Y 37_R 0.77 0.11 0.00
271_R 398_L 0.77 0.11 0.00
49_E 297_R 0.77 0.11 0.00
42_R 488_K 0.77 0.11 0.00
202_F 329_V 0.77 0.11 0.00
175_I 66_V 0.77 0.11 0.00
356_S 41_A 0.76 0.11 0.00
365_E 265_R 0.76 0.11 0.00
383_L 488_K 0.76 0.11 0.00
289_L 131_A 0.76 0.11 0.00
398_S 244_L 0.76 0.11 0.00
394_V 13_A 0.76 0.11 0.00
164_A 143_E 0.76 0.11 0.00
317_L 7_S 0.76 0.11 0.00
403_H 249_I 0.76 0.11 0.00
394_V 110_S 0.76 0.11 0.00
31_G 203_I 0.76 0.11 0.00
195_L 606_R 0.76 0.11 0.00
397_N 613_V 0.76 0.11 0.00
269_R 279_S 0.76 0.11 0.00
143_D 331_E 0.76 0.11 0.00
132_I 261_N 0.76 0.11 0.00
261_E 548_A 0.76 0.11 0.00
314_I 37_R 0.76 0.11 0.00
397_N 58_H 0.76 0.11 0.00
399_I 143_E 0.76 0.10 0.00
66_P 505_T 0.76 0.10 0.00
391_K 215_I 0.75 0.10 0.00
247_H 119_T 0.75 0.10 0.00
295_H 498_V 0.75 0.10 0.00
182_T 528_M 0.75 0.10 0.00
289_L 561_V 0.75 0.10 0.00
70_V 85_V 0.75 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.8834 seconds.