May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org

DPO3B - GYRB
UniProt: P0A988 - P0AES6
Length: 1170
Sequences: 809
Seq/Len: 0.69
I_Prob: 0.01

DPO3B - DNA polymerase III subunit beta
Paralog alert: 0.05 [within 20: 0.00] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: DPO3B
GYRB - DNA gyrase subunit B
Paralog alert: 0.41 [within 20: 0.01] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: GYRB PARE
GREMLIN Results (Scaled_score > 1):

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.

Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score I_Prob
178_A 325_V 1.55 0.01
142_T 224_A 1.49 0.00
357_A 94_I 1.48 0.00
175_H 327_V 1.43 0.00
170_V 225_F 1.36 0.00
174_G 282_L 1.35 0.00
244_Y 225_F 1.34 0.00
244_Y 41_F 1.29 0.00
151_V 494_I 1.27 0.00
152_R 68_S 1.19 0.00
147_A 186_I 1.16 0.00
263_L 479_G 1.14 0.00
330_A 256_L 1.12 0.00
244_Y 282_L 1.11 0.00
160_F 422_L 1.10 0.00
175_H 90_A 1.09 0.00
288_N 460_K 1.09 0.00
206_M 438_R 1.08 0.00
248_L 539_K 1.08 0.00
159_L 225_F 1.08 0.00
48_D 138_G 1.08 0.00
263_L 74_D 1.07 0.00
319_F 381_A 1.07 0.00
203_L 88_V 1.07 0.00
244_Y 193_E 1.07 0.00
320_N 52_L 1.07 0.00
355_Q 313_D 1.06 0.00
65_P 217_H 1.06 0.00
256_L 74_D 1.06 0.00
3_F 74_D 1.06 0.00
242_P 327_V 1.05 0.00
195_V 345_V 1.05 0.00
174_G 264_E 1.05 0.00
68_T 736_I 1.04 0.00
49_L 756_D 1.04 0.00
174_G 488_L 1.04 0.00
324_V 515_Y 1.03 0.00
248_L 246_E 1.03 0.00
142_T 400_L 1.02 0.00
49_L 412_E 1.02 0.00
205_R 213_E 1.02 0.00
159_L 383_E 1.02 0.00
51_M 171_P 1.02 0.00
241_F 515_Y 1.01 0.00
218_I 396_G 1.01 0.00
236_L 143_Q 1.00 0.00
3_F 232_N 1.00 0.00
172_T 538_K 1.00 0.00
247_V 90_A 0.99 0.00
32_N 270_T 0.99 0.00
137_R 61_V 0.99 0.00
104_S 361_L 0.99 0.00
237_V 136_R 0.98 0.00
82_L 111_V 0.98 0.00
50_E 94_I 0.97 0.00
175_H 307_K 0.97 0.00
324_V 210_D 0.97 0.00
199_G 422_L 0.97 0.00
359_Y 327_V 0.97 0.00
30_L 176_F 0.97 0.00
97_M 280_T 0.96 0.00
320_N 307_K 0.96 0.00
223_I 137_E 0.96 0.00
216_V 12_V 0.96 0.00
178_A 457_R 0.96 0.00
247_V 469_T 0.96 0.00
3_F 129_K 0.96 0.00
147_A 211_G 0.95 0.00
22_G 464_S 0.95 0.00
242_P 194_L 0.95 0.00
326_D 146_E 0.95 0.00
24_R 799_A 0.95 0.00
276_E 387_R 0.94 0.00
46_G 482_E 0.93 0.00
198_K 280_T 0.93 0.00
31_G 462_L 0.93 0.00
198_K 182_F 0.93 0.00
175_H 68_S 0.93 0.00
259_G 8_S 0.93 0.00
47_T 250_I 0.92 0.00
88_I 776_L 0.92 0.00
72_A 361_L 0.92 0.00
194_I 141_H 0.92 0.00
178_A 237_H 0.92 0.00
205_R 47_A 0.92 0.00
174_G 225_F 0.92 0.00
246_R 479_G 0.92 0.00
149_Q 41_F 0.91 0.00
340_L 352_Q 0.91 0.00
101_S 196_F 0.91 0.00
281_V 494_I 0.91 0.00
250_K 47_A 0.91 0.00
32_N 520_E 0.91 0.00
159_L 710_G 0.91 0.00
140_E 513_F 0.91 0.00
149_Q 362_L 0.91 0.00
3_F 269_F 0.90 0.00
359_Y 41_F 0.90 0.00
281_V 483_Y 0.90 0.00
190_S 256_L 0.90 0.00
285_V 307_K 0.90 0.00
35_L 120_V 0.90 0.00
362_M 86_E 0.89 0.00
18_S 756_D 0.89 0.00
37_V 89_S 0.89 0.00
175_H 328_P 0.89 0.00
176_R 196_F 0.89 0.00
46_G 471_I 0.88 0.00
25_P 170_W 0.88 0.00
242_P 470_L 0.88 0.00
77_D 327_V 0.88 0.00
135_M 495_I 0.88 0.00
128_F 48_I 0.88 0.00
174_G 89_S 0.88 0.00
84_E 485_P 0.88 0.00
309_T 141_H 0.88 0.00
289_Q 80_T 0.88 0.00
32_N 327_V 0.87 0.00
230_F 762_M 0.87 0.00
283_L 553_D 0.87 0.00
170_V 438_R 0.87 0.00
277_K 293_L 0.87 0.00
116_F 282_L 0.86 0.00
318_G 43_V 0.86 0.00
146_M 548_D 0.86 0.00
361_V 67_N 0.86 0.00
283_L 776_L 0.86 0.00
51_M 201_V 0.86 0.00
242_P 379_A 0.86 0.00
281_V 185_E 0.86 0.00
77_D 804_I 0.86 0.00
172_T 327_V 0.86 0.00
198_K 259_N 0.86 0.00
46_G 386_R 0.86 0.00
147_A 259_N 0.85 0.00
170_V 494_I 0.85 0.00
238_D 69_V 0.85 0.00
362_M 470_L 0.85 0.00
265_Q 422_L 0.85 0.00
315_M 311_T 0.85 0.00
245_R 537_V 0.85 0.00
77_D 346_K 0.85 0.00
336_V 387_R 0.85 0.00
174_G 224_A 0.85 0.00
136_K 421_Y 0.85 0.00
30_L 394_R 0.84 0.00
88_I 139_K 0.84 0.00
171_A 804_I 0.84 0.00
47_T 497_T 0.84 0.00
151_V 550_E 0.84 0.00
198_K 329_D 0.84 0.00
247_V 327_V 0.84 0.00
310_Y 305_K 0.84 0.00
205_R 307_K 0.84 0.00
10_L 786_E 0.84 0.00
116_F 227_E 0.84 0.00
108_L 94_I 0.84 0.00
353_A 157_T 0.84 0.00
55_A 795_N 0.84 0.00
241_F 343_S 0.83 0.00
218_I 481_D 0.83 0.00
51_M 460_K 0.83 0.00
174_G 41_F 0.83 0.00
340_L 88_V 0.83 0.00
96_R 322_V 0.83 0.00
244_Y 412_E 0.83 0.00
240_R 222_I 0.83 0.00
155_L 479_G 0.83 0.00
264_K 467_V 0.83 0.00
253_D 267_Y 0.83 0.00
312_G 294_N 0.83 0.00
29_I 231_K 0.83 0.00
3_F 492_S 0.83 0.00
259_G 360_Y 0.82 0.00
205_R 523_E 0.82 0.00
207_L 537_V 0.82 0.00
14_L 399_D 0.82 0.00
144_F 513_F 0.82 0.00
331_L 485_P 0.82 0.00
296_N 52_L 0.82 0.00
8_E 167_V 0.82 0.00
273_L 24_G 0.82 0.00
239_G 378_A 0.82 0.00
238_D 108_S 0.82 0.00
277_K 515_Y 0.82 0.00
50_E 456_A 0.82 0.00
202_E 540_G 0.82 0.00
247_V 225_F 0.82 0.00
116_F 552_M 0.81 0.00
244_Y 327_V 0.81 0.00
241_F 269_F 0.81 0.00
237_V 270_T 0.81 0.00
300_E 397_A 0.81 0.00
199_G 174_E 0.81 0.00
80_R 286_R 0.81 0.00
242_P 338_D 0.81 0.00
113_A 460_K 0.81 0.00
247_V 546_I 0.80 0.00
193_V 748_E 0.80 0.00
203_L 357_L 0.80 0.00
39_D 247_K 0.80 0.00
80_R 440_N 0.80 0.00
174_G 412_E 0.80 0.00
47_T 291_R 0.80 0.00
362_M 513_F 0.80 0.00
59_L 322_V 0.80 0.00
37_V 311_T 0.80 0.00
233_T 175_T 0.80 0.00
332_K 420_L 0.80 0.00
338_M 227_E 0.80 0.00
351_D 285_F 0.80 0.00
218_I 361_L 0.80 0.00
72_A 456_A 0.80 0.00
230_F 497_T 0.80 0.00
103_R 756_D 0.79 0.00
144_F 158_G 0.79 0.00
221_N 712_R 0.79 0.00
221_N 145_Y 0.79 0.00
82_L 30_T 0.79 0.00
207_L 238_P 0.79 0.00
130_L 236_I 0.79 0.00
100_R 756_D 0.79 0.00
318_G 286_R 0.79 0.00
31_G 686_E 0.79 0.00
56_R 74_D 0.79 0.00
49_L 789_R 0.79 0.00
123_Q 141_H 0.79 0.00
155_L 183_E 0.79 0.00
78_I 218_Y 0.79 0.00
10_L 521_I 0.79 0.00
41_T 360_Y 0.79 0.00
29_I 195_S 0.79 0.00
267_F 371_V 0.79 0.00
366_L 194_L 0.78 0.00
138_L 163_T 0.78 0.00
267_F 764_R 0.78 0.00
135_M 245_T 0.78 0.00
48_D 357_L 0.78 0.00
193_V 6_D 0.78 0.00
24_R 566_L 0.78 0.00
214_L 151_Q 0.78 0.00
194_I 201_V 0.78 0.00
121_D 390_E 0.78 0.00
45_T 800_A 0.78 0.00
318_G 549_D 0.78 0.00
128_F 94_I 0.78 0.00
197_R 274_P 0.78 0.00
108_L 345_V 0.78 0.00
110_T 367_D 0.78 0.00
338_M 361_L 0.78 0.00
77_D 537_V 0.78 0.00
175_H 270_T 0.78 0.00
101_S 420_L 0.77 0.00
26_T 421_Y 0.77 0.00
50_E 346_K 0.77 0.00
70_V 731_R 0.77 0.00
170_V 267_Y 0.77 0.00
142_T 94_I 0.77 0.00
365_R 270_T 0.77 0.00
18_S 348_A 0.77 0.00
277_K 412_E 0.77 0.00
273_L 527_V 0.77 0.00
280_G 43_V 0.77 0.00
175_H 763_L 0.77 0.00
18_S 184_Y 0.77 0.00
32_N 198_N 0.77 0.00
81_G 402_G 0.77 0.00
242_P 462_L 0.77 0.00
241_F 394_R 0.77 0.00
197_R 196_F 0.77 0.00
144_F 224_A 0.76 0.00
150_D 719_F 0.76 0.00
241_F 201_V 0.76 0.00
166_E 69_V 0.76 0.00
359_Y 24_G 0.76 0.00
86_A 39_M 0.76 0.00
135_M 223_K 0.76 0.00
238_D 89_S 0.76 0.00
244_Y 120_V 0.76 0.00
140_E 736_I 0.76 0.00
357_A 301_G 0.76 0.00
72_A 192_R 0.76 0.00
266_A 504_S 0.76 0.00
108_L 367_D 0.76 0.00
232_F 291_R 0.76 0.00
71_P 488_L 0.76 0.00
310_Y 108_S 0.76 0.00
144_F 265_N 0.76 0.00
276_E 321_A 0.76 0.00
147_A 401_A 0.76 0.00
235_K 39_M 0.76 0.00
135_M 136_R 0.76 0.00
306_L 303_S 0.76 0.00
24_R 139_K 0.76 0.00
247_V 412_E 0.76 0.00
20_P 97_V 0.76 0.00
267_F 186_I 0.76 0.00
342_D 180_T 0.76 0.00
33_L 137_E 0.76 0.00
324_V 303_S 0.76 0.00
72_A 260_D 0.75 0.00
285_V 465_Q 0.75 0.00
161_E 74_D 0.75 0.00
155_L 396_G 0.75 0.00
44_L 52_L 0.75 0.00
321_V 464_S 0.75 0.00
247_V 129_K 0.75 0.00
305_I 170_W 0.75 0.00
123_Q 202_S 0.75 0.00
24_R 194_L 0.75 0.00
155_L 412_E 0.75 0.00
310_Y 399_D 0.75 0.00
241_F 758_E 0.75 0.00
199_G 504_S 0.75 0.00
47_T 779_T 0.74 0.00
31_G 420_L 0.74 0.00
152_R 92_E 0.74 0.00
101_S 488_L 0.74 0.00
310_Y 162_K 0.74 0.00
106_F 357_L 0.74 0.00
14_L 543_E 0.74 0.00
219_G 236_I 0.74 0.00
205_R 776_L 0.74 0.00
242_P 507_R 0.74 0.00
130_L 212_K 0.74 0.00
309_T 43_V 0.74 0.00
48_D 387_R 0.74 0.00
108_L 86_E 0.74 0.00
80_R 250_I 0.74 0.00
28_P 402_G 0.74 0.00
174_G 349_V 0.74 0.00
305_I 762_M 0.74 0.00
Legend: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the UniProt sequences. The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Text file of predictions
(includes both intra and inter preds)

Page generated in 1.0069 seconds.