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OPENSEQ.org
2Y69_A - 2Y69_C
PDB: 2Y69 Query Sequences:

 Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.
Length: 772
Sequences: 863
Seq/Len: 1.13
I_Prob: 1.00
GREMLIN Results (Scaled_score > 1):

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.

Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score I_Prob
203_A 94_G 3.46 1.00
214_L 33_F 1.86 0.89
99_M 18_G 1.61 0.76
495_N 6_Y 1.49 0.67
154_V 25_M 1.40 0.58
319_V 70_T 1.35 0.52
154_V 18_G 1.32 0.50
99_M 19_A 1.32 0.49
86_I 78_R 1.27 0.44
147_F 26_T 1.18 0.34
278_S 248_L 1.17 0.34
339_W 168_G 1.14 0.30
415_I 29_L 1.13 0.29
390_G 99_F 1.12 0.29
6_L 16_L 1.10 0.27
164_I 83_L 1.09 0.26
169_N 76_G 1.09 0.26
188_M 93_T 1.07 0.24
257_V 172_T 1.07 0.24
216_T 186_I 1.07 0.24
31_A 50_L 1.06 0.23
317_V 5_A 1.06 0.23
43_P 51_T 1.04 0.22
504_F 4_H 1.04 0.22
463_A 163_I 1.04 0.22
263_K 168_G 1.03 0.21
452_I 222_K 1.03 0.21
462_T 169_V 1.02 0.20
274_W 94_G 1.02 0.20
165_T 121_P 1.01 0.20
503_T 19_A 1.01 0.20
282_L 101_H 1.01 0.19
446_Y 189_G 1.00 0.19
471_I 46_T 1.00 0.18
317_V 108_P 1.00 0.18
34_L 141_S 0.99 0.18
154_V 46_T 0.99 0.18
27_M 45_L 0.98 0.17
154_V 204_L 0.97 0.17
391_G 133_S 0.97 0.16
338_M 52_M 0.97 0.16
86_I 31_M 0.97 0.16
41_G 231_F 0.96 0.16
154_V 51_T 0.96 0.16
151_L 22_A 0.96 0.16
336_A 21_S 0.96 0.15
281_F 220_Q 0.95 0.15
317_V 100_Y 0.94 0.15
214_L 186_I 0.94 0.14
455_M 196_F 0.93 0.14
313_I 215_V 0.93 0.14
306_S 83_L 0.93 0.14
214_L 189_G 0.92 0.14
96_M 20_L 0.92 0.13
452_I 149_L 0.92 0.13
323_L 11_P 0.92 0.13
504_F 33_F 0.91 0.13
324_A 93_T 0.91 0.13
323_L 117_T 0.91 0.13
264_K 248_L 0.91 0.13
155_S 196_F 0.91 0.12
161_I 151_E 0.91 0.12
462_T 207_I 0.91 0.12
84_L 32_W 0.90 0.12
313_I 89_V 0.90 0.12
20_L 119_I 0.90 0.12
159_G 16_L 0.90 0.12
157_I 201_F 0.90 0.12
337_M 227_S 0.90 0.12
158_L 52_M 0.89 0.12
418_V 173_L 0.89 0.12
134_N 34_H 0.89 0.11
400_S 187_S 0.88 0.11
403_T 182_A 0.88 0.11
313_I 210_S 0.88 0.11
195_L 7_H 0.88 0.11
31_A 47_T 0.88 0.11
507_P 110_L 0.88 0.11
139_G 73_V 0.87 0.11
28_V 20_L 0.87 0.10
6_L 169_V 0.87 0.10
504_F 47_T 0.86 0.10
499_P 4_H 0.86 0.10
214_L 31_M 0.86 0.10
214_L 78_R 0.86 0.10
85_M 141_S 0.86 0.10
274_W 226_T 0.85 0.10
349_V 214_I 0.85 0.10
169_N 7_H 0.85 0.10
411_I 149_L 0.85 0.10
439_Y 168_G 0.85 0.10
466_L 59_V 0.85 0.10
136_A 151_E 0.85 0.10
285_I 107_T 0.85 0.10
160_A 225_F 0.85 0.09
281_F 214_I 0.84 0.09
488_T 117_T 0.84 0.09
402_Y 2_Q 0.84 0.09
319_V 71_P 0.84 0.09
397_P 3_T 0.84 0.09
418_V 163_I 0.84 0.09
154_V 22_A 0.83 0.09
55_V 10_N 0.83 0.09
478_K 68_H 0.83 0.09
192_V 63_S 0.82 0.09
117_V 149_L 0.82 0.08
147_F 85_I 0.82 0.08
331_I 65_F 0.82 0.08
465_M 226_T 0.82 0.08
261_S 218_F 0.82 0.08
333_W 254_I 0.82 0.08
32_L 35_F 0.82 0.08
106_P 23_L 0.81 0.08
451_T 23_L 0.81 0.08
297_D 5_A 0.81 0.08
374_A 246_V 0.81 0.08
353_T 116_P 0.81 0.08
266_P 3_T 0.80 0.08
390_G 145_A 0.80 0.08
167_I 141_S 0.80 0.08
400_S 236_A 0.80 0.08
19_L 43_I 0.80 0.08
274_W 19_A 0.80 0.07
107_S 207_I 0.80 0.07
418_V 162_F 0.80 0.07
422_M 173_L 0.80 0.07
446_Y 30_T 0.80 0.07
391_G 20_L 0.80 0.07
38_A 19_A 0.80 0.07
285_I 105_A 0.80 0.07
19_L 16_L 0.79 0.07
261_S 210_S 0.79 0.07
165_T 235_A 0.79 0.07
113_A 185_T 0.79 0.07
105_P 174_L 0.79 0.07
356_V 18_G 0.79 0.07
433_S 133_S 0.79 0.07
387_A 165_I 0.79 0.07
298_V 136_L 0.79 0.07
35_L 71_P 0.79 0.07
506_E 159_Q 0.79 0.07
205_I 146_H 0.79 0.07
82_V 105_A 0.79 0.07
163_F 249_F 0.78 0.07
477_S 20_L 0.78 0.07
153_G 209_G 0.78 0.07
462_T 49_M 0.78 0.07
187_V 99_F 0.78 0.07
298_V 50_L 0.78 0.07
158_L 237_A 0.77 0.07
507_P 152_G 0.77 0.07
96_M 52_M 0.77 0.07
465_M 169_V 0.77 0.07
391_G 127_V 0.77 0.07
28_V 214_I 0.77 0.07
323_L 49_M 0.77 0.06
504_F 189_G 0.77 0.06
88_A 141_S 0.77 0.06
491_L 149_L 0.77 0.06
109_L 225_F 0.77 0.06
393_V 3_T 0.77 0.06
443_P 58_D 0.77 0.06
259_Y 127_V 0.76 0.06
475_F 48_N 0.76 0.06
302_A 13_P 0.76 0.06
445_A 183_P 0.76 0.06
341_L 187_S 0.76 0.06
459_I 249_F 0.76 0.06
338_M 47_T 0.76 0.06
121_A 19_A 0.76 0.06
508_T 185_T 0.76 0.06
388_I 196_F 0.76 0.06
109_L 23_L 0.76 0.06
180_T 29_L 0.76 0.06
100_S 87_S 0.76 0.06
323_L 90_L 0.75 0.06
140_A 166_T 0.75 0.06
259_Y 134_V 0.75 0.06
297_D 101_H 0.75 0.06
143_D 139_G 0.75 0.06
466_L 45_L 0.75 0.06
270_M 125_L 0.75 0.06
34_L 170_Y 0.75 0.06
119_A 93_T 0.75 0.06
404_L 158_L 0.74 0.06
313_I 142_I 0.74 0.06
366_L 23_L 0.74 0.06
124_G 115_P 0.74 0.06
186_S 63_S 0.74 0.06
489_T 227_S 0.74 0.06
326_L 248_L 0.74 0.06
490_N 5_A 0.74 0.06
181_P 204_L 0.74 0.06
197_S 86_I 0.74 0.06
260_Y 94_G 0.74 0.05
387_A 17_T 0.74 0.05
217_T 112_G 0.74 0.05
393_V 177_S 0.74 0.05
317_V 103_S 0.73 0.05
179_Q 237_A 0.73 0.05
504_F 259_S 0.73 0.05
448_M 99_F 0.73 0.05
34_L 8_M 0.73 0.05
63_V 214_I 0.73 0.05
281_F 93_T 0.73 0.05
402_Y 11_P 0.73 0.05
94_P 240_W 0.73 0.05
17_L 230_H 0.73 0.05
270_M 142_I 0.73 0.05
345_F 256_W 0.73 0.05
84_L 34_H 0.73 0.05
217_T 155_K 0.73 0.05
486_L 72_A 0.72 0.05
85_M 81_M 0.72 0.05
32_L 248_L 0.72 0.05
25_A 72_A 0.72 0.05
Legend: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the UniProt sequences. The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Text file of predictions (includes both intra and inter preds)
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