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OPENSEQ.org

1BXR_A - 1BXR_B
PDB: 1BXR Query Sequences:

Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.
Length: 1452
Sequences: 1004
Seq/Len: 0.70
I_Prob: 0.90
GREMLIN Results (Scaled_score > 1):

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.

Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score I_Prob
459_D 89_S 2.33 0.90
494_R 82_R 2.32 0.89
254_Q 56_Y 1.94 0.72
537_A 123_E 1.82 0.62
266_N 360_H 1.79 0.60
494_R 111_D 1.78 0.59
464_V 86_L 1.39 0.26
8_K 109_I 1.34 0.22
537_A 287_F 1.22 0.15
268_S 53_T 1.14 0.11
686_K 105_N 1.12 0.10
74_V 334_G 1.12 0.10
439_I 255_Q 1.08 0.09
448_S 121_L 1.07 0.08
470_V 215_L 1.06 0.08
333_D 297_K 1.05 0.08
449_V 335_T 1.04 0.07
534_A 355_A 1.02 0.07
564_V 345_P 1.02 0.07
471_R 86_L 1.01 0.07
31_A 213_C 1.01 0.07
355_V 314_A 1.01 0.06
260_E 92_R 1.00 0.06
590_R 212_G 1.00 0.06
293_G 92_R 0.99 0.06
1067_E 73_Q 0.99 0.06
112_G 112_I 0.98 0.06
962_A 255_Q 0.98 0.06
564_V 314_A 0.97 0.06
341_G 285_M 0.97 0.06
695_V 275_A 0.97 0.05
1013_I 335_T 0.96 0.05
534_A 119_R 0.96 0.05
594_Y 20_G 0.96 0.05
465_Q 58_H 0.94 0.05
771_E 215_L 0.93 0.04
202_K 339_I 0.93 0.04
815_K 13_Q 0.93 0.04
465_Q 83_D 0.93 0.04
639_I 105_N 0.93 0.04
946_L 129_G 0.92 0.04
184_N 112_I 0.92 0.04
452_V 215_L 0.92 0.04
469_L 370_I 0.91 0.04
903_V 345_P 0.91 0.04
109_E 235_I 0.91 0.04
487_D 99_S 0.91 0.04
484_L 80_V 0.90 0.04
95_A 294_H 0.90 0.04
704_K 82_R 0.90 0.04
681_A 93_N 0.90 0.04
261_Y 36_T 0.89 0.04
835_N 49_R 0.89 0.04
581_C 330_S 0.89 0.04
225_N 144_E 0.89 0.04
257_T 62_V 0.89 0.04
476_V 14_F 0.89 0.04
66_I 90_N 0.88 0.04
390_T 83_D 0.88 0.04
271_V 19_I 0.88 0.04
509_R 175_T 0.88 0.04
957_V 215_L 0.88 0.04
661_V 71_S 0.88 0.04
390_T 112_I 0.87 0.04
439_I 280_A 0.87 0.03
704_K 351_G 0.87 0.03
362_F 127_Q 0.87 0.03
198_L 9_E 0.87 0.03
597_I 103_R 0.87 0.03
747_D 339_I 0.86 0.03
70_H 287_F 0.86 0.03
518_D 80_V 0.86 0.03
206_I 94_T 0.86 0.03
661_V 55_T 0.85 0.03
986_I 160_E 0.85 0.03
174_M 370_I 0.85 0.03
997_G 118_T 0.85 0.03
782_I 108_A 0.85 0.03
464_V 87_I 0.84 0.03
167_I 198_F 0.84 0.03
88_P 32_N 0.84 0.03
231_V 308_A 0.84 0.03
583_V 337_Q 0.84 0.03
276_G 351_G 0.84 0.03
172_F 10_D 0.84 0.03
38_R 17_R 0.84 0.03
284_V 294_H 0.83 0.03
766_A 129_G 0.83 0.03
978_A 313_F 0.83 0.03
294_R 80_V 0.83 0.03
474_E 106_I 0.82 0.03
150_H 316_D 0.82 0.03
474_E 102_K 0.82 0.03
692_N 313_F 0.82 0.03
1013_I 132_I 0.82 0.03
636_K 175_T 0.82 0.03
293_G 90_N 0.82 0.03
207_D 285_M 0.81 0.03
1038_V 317_E 0.81 0.03
55_M 39_Q 0.81 0.03
491_Q 17_R 0.81 0.03
70_H 98_S 0.81 0.03
254_Q 247_C 0.80 0.03
437_W 56_Y 0.80 0.02
126_A 206_R 0.80 0.02
387_I 71_S 0.80 0.02
960_L 64_T 0.80 0.02
674_D 42_L 0.80 0.02
867_R 236_F 0.79 0.02
695_V 292_G 0.79 0.02
583_V 309_Q 0.79 0.02
395_L 258_L 0.79 0.02
145_R 247_C 0.78 0.02
455_L 9_E 0.78 0.02
703_E 371_E 0.78 0.02
394_S 53_T 0.78 0.02
218_M 56_Y 0.78 0.02
121_D 228_L 0.78 0.02
1001_I 316_D 0.78 0.02
502_L 75_H 0.78 0.02
168_I 329_K 0.78 0.02
904_D 70_E 0.77 0.02
549_E 116_K 0.77 0.02
182_A 274_L 0.77 0.02
287_A 301_K 0.77 0.02
492_L 335_T 0.77 0.02
231_V 211_R 0.77 0.02
277_V 127_Q 0.77 0.02
662_I 195_A 0.77 0.02
771_E 111_D 0.77 0.02
237_F 121_L 0.77 0.02
172_F 127_Q 0.77 0.02
630_V 213_C 0.77 0.02
112_G 340_H 0.77 0.02
1051_A 111_D 0.76 0.02
701_A 265_F 0.76 0.02
229_I 79_L 0.76 0.02
825_L 59_I 0.76 0.02
903_V 39_Q 0.76 0.02
534_A 327_T 0.76 0.02
436_I 228_L 0.76 0.02
872_K 255_Q 0.76 0.02
291_K 255_Q 0.76 0.02
565_L 111_D 0.76 0.02
452_V 121_L 0.76 0.02
254_Q 357_P 0.76 0.02
254_Q 79_L 0.75 0.02
840_I 166_A 0.75 0.02
450_D 323_N 0.75 0.02
680_H 164_A 0.75 0.02
79_E 108_A 0.75 0.02
341_G 120_L 0.75 0.02
271_V 100_Y 0.75 0.02
764_V 83_D 0.75 0.02
11_L 235_I 0.75 0.02
453_F 89_S 0.75 0.02
596_T 271_H 0.75 0.02
204_L 235_I 0.75 0.02
228_C 4_A 0.75 0.02
60_M 108_A 0.75 0.02
1027_R 294_H 0.75 0.02
472_L 80_V 0.75 0.02
613_S 93_N 0.74 0.02
181_I 216_T 0.74 0.02
804_E 261_D 0.74 0.02
524_P 195_A 0.74 0.02
836_E 275_A 0.74 0.02
708_I 147_R 0.74 0.02
395_L 301_K 0.74 0.02
970_E 231_N 0.74 0.02
38_R 84_L 0.74 0.02
522_L 375_Q 0.74 0.02
233_S 56_Y 0.74 0.02
387_I 102_K 0.74 0.02
538_T 213_C 0.73 0.02
297_V 200_A 0.73 0.02
54_I 357_P 0.73 0.02
122_A 132_I 0.73 0.02
684_R 371_E 0.73 0.02
258_D 357_P 0.73 0.02
399_L 287_F 0.73 0.02
1036_Y 175_T 0.73 0.02
839_L 26_V 0.73 0.02
109_E 101_L 0.73 0.02
100_L 29_V 0.72 0.02
931_A 298_D 0.72 0.02
490_R 202_R 0.72 0.02
391_Q 361_D 0.72 0.02
84_D 108_A 0.72 0.02
266_N 159_K 0.72 0.02
115_M 308_A 0.72 0.02
559_R 335_T 0.72 0.02
109_E 103_R 0.72 0.02
455_L 165_E 0.72 0.02
516_L 214_R 0.72 0.02
263_I 176_L 0.72 0.02
986_I 221_Q 0.72 0.02
431_A 106_I 0.72 0.02
984_A 299_V 0.72 0.02
450_D 375_Q 0.72 0.02
594_Y 234_G 0.72 0.02
780_E 5_L 0.72 0.02
583_V 307_T 0.72 0.02
105_Q 173_S 0.72 0.02
436_I 111_D 0.72 0.02
864_V 308_A 0.71 0.01
267_A 43_T 0.71 0.01
585_A 236_F 0.71 0.01
868_V 111_D 0.71 0.01
403_E 52_V 0.71 0.01
390_T 373_I 0.71 0.01
399_L 213_C 0.71 0.01
815_K 320_L 0.71 0.01
450_D 94_T 0.71 0.01
921_G 118_T 0.71 0.01
1048_F 80_V 0.71 0.01
510_E 72_S 0.71 0.01
1044_L 73_Q 0.71 0.01
1034_L 269_L 0.71 0.01
292_N 326_V 0.71 0.01
454_N 281_K 0.71 0.01
77_I 220_A 0.71 0.01
47_V 229_K 0.71 0.01
688_K 66_D 0.71 0.01
816_L 285_M 0.71 0.01
172_F 207_M 0.71 0.01
526_Y 250_A 0.71 0.01
840_I 107_V 0.71 0.01
1003_D 106_I 0.71 0.01
130_R 148_A 0.71 0.01
242_I 105_N 0.71 0.01
697_A 374_E 0.71 0.01
284_V 32_N 0.71 0.01
928_F 237_L 0.71 0.01
292_N 108_A 0.71 0.01
1033_A 252_T 0.70 0.01
272_L 304_V 0.70 0.01
149_A 129_G 0.70 0.01
148_I 324_L 0.70 0.01
17_P 289_H 0.70 0.01
442_A 265_F 0.70 0.01
908_G 224_A 0.70 0.01
762_V 78_G 0.70 0.01
682_V 303_V 0.70 0.01
596_T 211_R 0.70 0.01
509_R 72_S 0.70 0.01
710_Y 126_A 0.70 0.01
271_V 345_P 0.70 0.01
943_G 54_L 0.70 0.01
630_V 126_A 0.70 0.01
38_R 305_M 0.70 0.01
813_V 129_G 0.70 0.01
632_I 34_S 0.70 0.01
706_K 255_Q 0.70 0.01
257_T 65_N 0.70 0.01
706_K 235_I 0.70 0.01
121_D 245_A 0.70 0.01
515_K 112_I 0.70 0.01
1071_Q 177_T 0.70 0.01
803_Q 93_N 0.70 0.01
531_T 348_S 0.70 0.01
201_T 162_T 0.70 0.01
906_L 335_T 0.70 0.01
121_D 235_I 0.70 0.01
386_A 345_P 0.70 0.01
657_A 255_Q 0.69 0.01
736_R 124_K 0.69 0.01
221_V 332_F 0.69 0.01
436_I 83_D 0.69 0.01
162_V 134_G 0.69 0.01
710_Y 82_R 0.69 0.01
508_V 178_G 0.69 0.01
231_V 34_S 0.69 0.01
867_R 192_H 0.69 0.01
519_Q 210_D 0.69 0.01
686_K 243_D 0.69 0.01
662_I 246_P 0.69 0.01
192_C 131_I 0.69 0.01
504_K 131_I 0.69 0.01
198_L 345_P 0.69 0.01
275_I 276_L 0.69 0.01
639_I 111_D 0.69 0.01
931_A 285_M 0.69 0.01
583_V 290_H 0.69 0.01
82_R 118_T 0.69 0.01
1034_L 335_T 0.69 0.01
392_Q 337_Q 0.69 0.01
229_I 285_M 0.69 0.01
565_L 193_V 0.69 0.01
561_K 292_G 0.69 0.01
556_S 309_Q 0.69 0.01
167_I 29_V 0.69 0.01
430_D 121_L 0.69 0.01
86_V 139_A 0.69 0.01
774_L 78_G 0.69 0.01
9_S 330_S 0.69 0.01
250_V 45_P 0.69 0.01
839_L 105_N 0.69 0.01
331_T 331_L 0.69 0.01
563_M 223_S 0.69 0.01
192_C 91_F 0.69 0.01
187_E 59_I 0.69 0.01
710_Y 195_A 0.69 0.01
537_A 51_I 0.69 0.01
524_P 205_L 0.69 0.01
864_V 335_T 0.69 0.01
110_E 93_N 0.69 0.01
351_S 223_S 0.69 0.01
874_L 287_F 0.69 0.01
780_E 372_L 0.68 0.01
642_Y 108_A 0.68 0.01
246_D 294_H 0.68 0.01
77_I 372_L 0.68 0.01
390_T 375_Q 0.68 0.01
450_D 67_A 0.68 0.01
595_E 92_R 0.68 0.01
Legend: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the UniProt sequences. The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Text file of predictions
(includes both intra and inter preds)

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